（起于癸卯年四月，止于乙巳年五月，总计两年有余。）
太宗文武大圣大广孝皇帝中之下贞观十七年（癸卯，公元 643 年）
夏季四月庚辰朔日，纥干承基上书告发重大事变，检举太子李承乾谋反。太宗敕令长孙无忌、房玄龄、萧瑀、李世积，会同大理寺、中书省、门下省官员共同审讯，查证太子谋反的形迹已经确凿。太宗对身边的大臣说：“该如何处置承乾呢？” 群臣没人敢回答，通事舍人来济进言说：“陛下如果能不失为慈父，让太子得以终享天年，就是最好的结果了！” 太宗听从了他的建议。来济，是来护儿的儿子。
乙酉日，太宗下诏废黜太子李承乾，贬为平民，囚禁在右领军府。太宗原本想赦免汉王李元昌的死罪，群臣坚决反对，于是太宗下诏赐李元昌在家中自尽，同时宽恕了他的母亲、妻子和儿女。侯君集、李安俨、赵节、杜荷等人都被处斩。左庶子张玄素、右庶子赵弘智、令狐德棻等人，因为没能及时劝谏太子，都被牵连罢官，贬为平民。其余应当被连坐的人，全部予以赦免。太子詹事于志宁因为屡次劝谏太子，唯独受到太宗的慰劳和勉励。太宗任命纥干承基为佑川府折冲都尉，封爵平棘县公。
侯君集被逮捕入狱后，他的女婿贺兰楚石再次前往皇宫，告发侯君集参与谋反的详细情况。太宗召见侯君集，对他说：“朕不想让办案的刀笔小吏侮辱你，所以亲自来审问你。” 侯君集起初拒不认罪。太宗召来贺兰楚石，让他详细陈述事情的始末，又拿出侯君集与李承乾往来的书信作为证据出示给他，侯君集理屈词穷，才俯首认罪。太宗对身边的大臣说：“君集曾经立下大功，朕想饶他一命，是否可行？” 群臣都认为不可。太宗于是对侯君集说：“与你永别了！” 说完流下眼泪，侯君集也扑倒在地，痛哭流涕；最终侯君集在街市被斩首。侯君集临刑前，对监刑的将军说：“我侯君集落到这个地步，实在是罪有应得！但我当年在秦王府侍奉陛下，后来又率军平定了两个国家，恳请陛下保全我一个儿子的性命，让他为我祭祀祖先。” 太宗于是赦免了侯君集的妻子和儿子，将他们流放到岭南。朝廷查抄侯君集的家产时，搜出两个美人，她们自幼只喝人乳，不吃别的食物。
起初，太宗让李靖教授侯君集兵法，侯君集曾对太宗说：“李靖将要谋反了。” 太宗问他原因，侯君集回答说：“李靖教我兵法时，只教我粗浅的内容，却隐藏了其中精妙的部分，由此可知他心怀异志。” 太宗以此事询问李靖，李靖回答说：“这恰恰说明侯君集想要谋反啊。如今中原已经平定，我所教的兵法，足以制服四方的夷狄，可侯君集却执意要学尽我所有的兵法谋略，这不是想要谋反，又是什么呢！” 江夏王李道宗曾经从容地对太宗说：“侯君集志向远大，但智谋短浅，他仗着自己立下的些许功劳，耻于位居房玄龄、李靖之下，虽然官居吏部尚书，却未能满足他的野心。依臣看来，他日后必定会作乱谋反。” 太宗说：“君集的才能器识，做什么事情不能胜任呢！朕难道是吝惜高官显位吗？只是授官任职要按照资历和次序，不能越级提拔罢了，怎么可以凭空猜测，随意生出猜忌之心呢！” 等到侯君集谋反被诛之后，太宗才对李道宗道歉说：“果然像你说的那样啊！”
李安俨的父亲，已经九十多岁了，太宗怜悯他年老无依，赏赐给他奴婢，让他们侍奉他的饮食起居。
太子李承乾获罪被废之后，魏王李泰每天入宫侍奉太宗，太宗当面许诺要立他为太子，岑文本、刘洎也趁机劝说太宗册立李泰；长孙无忌却坚决请求太宗立晋王李治为太子。太宗对身边的大臣说：“昨天青雀（李泰的小名）扑到我的怀里说：‘臣今天才得以成为陛下真正的儿子，这是臣重生的日子啊。臣有一个儿子，等臣死的时候，一定会为陛下杀了他，然后把皇位传给晋王。’哪有父亲不爱自己的儿子的，朕看到他这么说，心里十分怜悯他。” 谏议大夫褚遂良说：“陛下说的这番话，实在是大错特错。希望陛下仔细思考，千万不要耽误了大事！哪有陛下百年之后，魏王占据了天下，还肯杀死自己的爱子，把皇位传给晋王的道理呢！陛下当初既然已经册立承乾为太子，又格外宠爱魏王，对他的礼遇和赏赐超过了承乾，这才酿成了今天的祸患。前朝的教训就在眼前，足以作为借鉴。陛下如今要是执意立魏王为太子，希望先妥善安置晋王，这样才能保证晋王的安全啊。” 太宗听后流下眼泪，说：“我不能那样做啊！” 说完起身，回到宫中。魏王李泰担心太宗会立晋王李治为太子，就去威胁李治说：“你平时和汉王李元昌关系密切，现在李元昌谋反失败，你难道就不担心受到牵连吗？” 李治因此整日忧心忡忡，面带愁容。太宗觉得奇怪，屡次追问他原因，李治才把李泰威胁自己的事情告诉了太宗。太宗听后，心中怅然若失，这才开始后悔之前许诺立李泰为太子的话。太宗当面斥责李承乾的罪行，李承乾说：“臣身为太子，还有什么不满足的呢！只是因为被李泰算计陷害，所以时常和朝中大臣谋划保全自己的办法，那些心怀不轨的人趁机教唆臣做出了谋逆的事情。如今陛下要是立李泰为太子，那可就正中了他的圈套啊。”
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