五月初二（甲戌日），鲁秀等人招募勇士攻打大航（秦淮河上的浮桥），攻下了它。王罗汉听说官军已经渡过秦淮河，立刻放下武器投降，沿河的叛军队伍接连溃散，兵器、战鼓、仪仗堆满了道路。当天夜里，刘劭关闭皇宫六座大门，在门内挖壕沟、设栅栏；城里一片混乱，丹阳尹尹弘等文武官员争相翻墙出城投降。刘劭在皇宫里烧毁皇帝的车驾和皇冠礼服。萧斌向自己统领的士兵下令，让他们都放下武器，自己从石头城举着白旗来投降；孝武帝下诏，在军营门口斩杀萧斌。刘濬劝刘劭装些金银财宝逃到海上，刘劭因为人心已经散了，没敢这么做。
五月初三（乙亥日），辅国将军朱修之攻克东府（建康城东部官署）；初四（丙子日），各路官军攻克台城，分别从各个城门进入，在皇宫大殿上会合，抓获王正见，把他杀了。张超之逃到合殿宋文帝曾经的御床旁，被士兵杀死，士兵们剖开他的肚子、挖出心脏，将领们把他的肉切成小块生吃。建平王等七位王侯哭着从被囚禁的地方走出来。刘劭挖开西墙，躲进武库的井里，队副高禽抓住了他。刘劭问：“天子在哪里？”高禽说：“就在新亭附近。”把刘劭押到殿前，臧质见了他痛哭，刘劭说：“我是天地都不容的人，您为什么还为我哭呢？”又对臧质说：“能不能帮我向天子求情，让我流放到偏远地方？”臧质说：“皇上就在浮桥南边，自然会处置你。”士兵把刘劭绑在马上，押送到军营门口。当时没找到传国玉玺，问刘劭玉玺在哪，刘劭说：“在严道育那里。”士兵去严道育住处找到了玉玺。孝武帝下令，在军营门口斩杀刘劭和他的四个儿子。刘濬率领几十个手下，挟持南平王刘铄向南逃跑，在越城（今江苏南京南）遇上江夏王刘义恭。刘濬下马问：“刘骏（南中郎将军）现在在做什么？”刘义恭说：“皇上已经统治天下了。”刘濬又问：“我现在来归附，是不是太晚了？”刘义恭说：“确实太晚了，实在可惜。”刘濬再问：“那我还能活命吗？”刘义恭说：“你可以去皇上的行宫请罪。”刘濬还说：“不知道皇上会不会还怀疑我，能不能给我一个官职让我效力？”刘义恭又说：“这可不好说。”刘义恭让人把刘濬押回来，在路上杀了他和他的三个儿子。刘劭、刘濬父子的首级都被挂在大航示众，尸体扔在集市上。刘劭的妃子殷氏，以及刘劭、刘濬的女儿、姬妾，都被赐死在监狱里。刘劭曾经住过的房间被挖成池塘，灌满污水。殷氏临死前对狱丞江恪说：“你们刘家骨肉互相残杀，为什么要冤枉杀死我这个无罪的人？”江恪说：“你被封为皇后，这难道不是罪吗？”殷氏说：“我当皇后只是暂时的，刘劭本来打算立王鹦鹉为皇后。”褚湛之向南投奔刘骏时，刘濬就和褚湛之的女儿（自己的妃子）离婚了，所以褚妃免于被处死。严道育、王鹦鹉都在京城街市上被鞭打至死，尸体被焚烧，骨灰扔进长江。殷冲、尹弘、王罗汉和淮南太守沈璞都被处死。
五月初八（庚辰日），朝廷解除戒严。初九（辛巳日），孝武帝前往东府，文武百官前来请罪，孝武帝下诏赦免了他们。十二日（甲申日），孝武帝尊奉生母路淑媛为皇太后。路太后是丹阳人。十三日（乙酉日），册立妃子王氏为皇后。王皇后的父亲王偃，是王导的玄孙。十六日（戊子日），任命柳元景为雍州刺史。十九日（辛卯日），追赠袁淑为太尉，谥号“忠宪公”；追赠徐湛之为司空，谥号“忠烈公”；追赠江湛为开府仪同三司，谥号“忠简公”；追赠王僧绰为金紫光禄大夫，谥号“简侯”。二十日（壬辰日），任命太尉刘义恭为扬州、南徐州二州刺史，晋升为太傅，兼任大司马。
起初，刘劭任命尚书令何尚之为司空、兼领尚书令，何尚之的儿子征北长史何偃为侍中，父子二人都身居要职。等到刘劭战败，何尚之身边的人都逃散了，他自己打扫尚书省的办公场所（以示悔过）。殷冲等人被诛杀后，人们都为何尚之父子担忧。孝武帝因何尚之、何偃一向有好名声，而且他们在刘劭朝中虽任职，却用智谋周旋，时常帮助他人脱身，所以特意赦免了他们，还任命何尚之为尚书令，何偃为大司马长史，待遇和以前一样。
二十二日（甲午日），孝武帝拜谒初宁陵（宋武帝陵墓）、长宁陵（宋文帝陵墓）。追赠卜天与为益州刺史，谥号“壮侯”，让他和袁淑等四家的家属，长期享受官府供给的粮食俸禄。张泓之等人也分别追赠为郡守。二十六日（戊戌日），任命南平王刘铄为司空，建平王刘宏为尚书左仆射，萧思话为中书令、丹阳尹。六月初五（丙午日），孝武帝返回皇宫。
当初，孝武帝讨伐西阳蛮族时，臧质曾派柳元景率兵与他会合。等到臧质起兵，想拥戴南谯王刘义宣为君主，就暗中让柳元景率领部众向西返回（支援自己），柳元景当即把臧质的信呈给孝武帝，并对臧质的使者说：“臧冠军（臧质官职）大概是不知道殿下已经举义兵了。现在正该讨伐叛逆，不能向西返回。”臧质因此怨恨柳元景。后来柳元景被任命为雍州刺史，臧质担心他成为荆州、江州的后患，就向孝武帝建议，认为柳元景是心腹重臣，不应派到偏远地方。孝武帝难以违背他的意见，七月初七（戊申日），改任柳元景为护军将军，兼管石头城的防务。
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