战争结束后，轩辕收纳了九黎部落的百姓，合并炎帝、有熊、九黎等各个部落。为了让各个部落同心同德，他提取各个部落图腾的精华，把有熊部落的蛇身、东夷部落的鱼鳞、炎帝部落的鹿角、北狄部落的鹰爪、南蛮部落的虎掌融合在一起，创造出“龙”的图腾，向天下宣告：“从今天起，华夏一族，都是龙的后裔。”各个部落看到龙图腾既威严又包容，都真心信服，华夏民族共同体从此有了精神象征。
平定蚩尤后，轩辕取代神农氏成为天下共同的首领，号称“黄帝”。他知道天下刚刚安定，百姓需要教化引导，于是广泛招揽有才能的人，推行教化政策，创下了无数神奇的功绩。
首先是创造文字。黄帝看到先民们用结绳的方式记录事情，事情繁多的时候绳子就会混乱，常常出现差错，于是任命仓颉担任左史，让他创造文字。仓颉独自居住在阳虚山上，观察奎星弯曲的形状，留意鸟兽脚印的痕迹，看见山川起伏的轮廓像图画一样，草木生长枯萎的状态各有形态，于是领悟到“按照事物的类别描绘形状”的道理。最初创造“日、月、山、水”这些字，都模仿事物的真实形态；又创造“上、下”这两个字，用一条长横线作为界限，短横线在上面就是“上”，在下面就是“下”。文字创造完成的那天，天上降下粟米，鬼神在夜里哭泣——上天用降粟米的方式祝贺人间有了文明，鬼神用夜里哭泣的方式哀叹自己从此无法隐藏踪迹。黄帝得到文字后，命令手下人把文字刻在龟甲、兽骨上，传给各个诸侯，百姓都学习使用文字，从此华夏告别了野蛮落后的时代，开启了文字文明的开端。
其次是制定音律。黄帝听到天下的声音，有的悲伤、有的喜悦，有的刚劲、有的柔和，想要用音律调和百姓的心境，于是任命伶伦担任乐官。伶伦接受命令后，向西走到昆仑山的北面，采摘懈谷的竹子，把竹子截成竹筒，每根竹筒长三寸九分，吹起来的时候，声音像凤凰鸣叫一样动听，这就是“黄钟”律。他又选取十二根竹管，按照凤凰的鸣叫声，确定出十二律吕：雄凤鸣叫六声，对应六阳律（黄钟、太簇、姑洗、蕤宾、夷则、无射）；雌凰鸣叫六声，对应六阴吕（大吕、夹钟、仲吕、林钟、南吕、应钟）。黄帝又命令荣将铸造十二口钟，用来配合十二律吕，演奏《咸池》这首乐曲。每当举行祭天仪式时，钟鼓一起奏响，音律和谐美妙，连各种野兽都跟着节奏起舞，诸侯们都赞叹道：“这真是上天的乐曲啊！”
再就是开创医药。黄帝看到百姓遭受疾病折磨，有的死于瘟疫，有的死于伤痛，于是召集岐伯、雷公等医生，在明堂里讨论医学道理。黄帝问：“人为什么会生病呢？”岐伯回答说：“天地间有金、木、水、火、土五种元素，人体内有肝、心、脾、肺、肾五个脏器，五行之间相互滋生又相互制约，五脏之间相互辅助又相互影响，人生病的原因，都是因为五行失衡、五脏功能失调。”黄帝又问：“用什么方法治疗疾病呢？”雷公回答说：“草木有不同的药性和味道，金属、石头也有不同的特性，可以借助它们的特性来调节人体的失衡状态；还有针灸、艾灸的方法，可以疏通经络、引导气血运行。”黄帝于是和岐伯走遍山川，亲自品尝各种草木，辨别它们寒热温凉四种药性，酸苦甘辛咸五种味道，记录下哪种草木能治疗哪种病症——比如麻黄可以驱散风寒，甘草能调和各种药物的药性，丹参可以促进血液流通。两人把讨论的医学道理、药方，一一记录下来，编成《黄帝内经》十八卷，传给后代，拯救无数百姓脱离疾苦。直到现在，中医又叫做岐黄之术，源头就来自这里。
除此之外，黄帝还命令共鼓、货狄制造船只和船桨，方便人们渡过江河湖海；命令邑夷制造车子，方便交通运输，“轩辕”这个名字，也因为他造车的功绩而来；命令胡曹制作衣服，上身穿的叫衣，下身穿的叫裳，让百姓懂得礼仪规范；命令隶首创造算术方法，制定长度、容量、重量的标准，方便人们进行交易；命令宁封子担任管理制陶的官员，烧制陶器，让百姓抛弃简陋的土器改用陶器，饮食更加洁净。黄帝又划分田野、设置州郡，安排左右大监，监督天下各个部落，各个部落和睦相处，祭祀天地鬼神、名山大川的活动也越来越多——只要是天下的名山，黄帝都会亲自前往举行封禅仪式，祭拜天地，祈求天下太平、百姓安康、物产丰富。
黄帝治理天下一百年，天下安定太平，百姓安居乐业，晚上不用关门防盗，路上丢失东西也不会有人私自拿走。但黄帝清楚，人的寿命是有限的，而天道是无穷无尽的，他想寻求长生的方法，以便永远保护华夏百姓。后来听说崆峒山上有位叫广成子的上古仙人，住在石头屋子里，懂得天道的关键道理。黄帝于是放弃帝王的尊贵身份，穿着粗布衣服，踩着草鞋，前往崆峒山拜见广成子。
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