科举的废除，直接冲击了依附其上的产业链。苏州的书商们连夜将《制义精编》改印成《学堂国文读本》，南京夫子庙的笔墨店挂出"专卖学堂文具"的招牌，连代写八股文的"枪手"都转行给人翻译西文书信。安徽桐城的张氏家族，自康熙年间起靠科举出了11位进士，如今不得不送子弟去日本留学，族长在祠堂训话时叹道："今后的功名，要在洋学堂里求了。"
废科举的第二年，清廷设立学部，作为统管全国教育的最高机构。首任学部尚书荣庆颁布《奏定学堂章程》，规定学堂分为初等、中等、高等三级，课程涵盖数理化、外国史地、体操等科目，彻底打破了"四书五经"的垄断。在武昌，张之洞创办的两湖总师范学堂里，学生们既学《资治通鉴》，也读《天演论》，教习中既有前清翰林，也有留洋博士。
留学潮随之汹涌。1905年至1906年，赴日留学生从8000人骤增至1.2万人，东京的神田区成了"中国城"。鲁迅在仙台医专解剖人体，秋瑾在青山实践女校学习军事，汪精卫则在法政大学秘密组织反清团体。这些留学生带回的不仅是知识，更有"驱除鞑虏"的革命思想——正如孙中山所说："留日学生中十之八九皆持革命排满之说。"（《孙中山全集》）
但许多学堂仍保留着跪拜孔子的仪式，课程中"经学大义"仍是必修课。更讽刺的是，清廷为安抚旧文人，推出"学堂出身"制度——优级师范学堂毕业生等同于进士，高等学堂毕业生等同于举人，这使得一些学堂竟成了科举的"替代品"。江苏巡抚陈夔龙在奏折中抱怨："今之学生，求其真能通西学者十无一二，多是借学堂混出身，与昔日科举何异？"（《梦蕉亭杂记》）
在这场新旧交替中，最痛苦的莫过于转型中的读书人。湖南的王先谦，曾是岳麓书院山长，坚决反对废科举，却在1906年让孙子王葆心去日本留学；严复翻译《天演论》唤醒国人，却在1910年接受了"进士出身"的头衔。这种矛盾，恰如梁启超在《过渡时代论》中所说："今日之中国，过渡时代之中国也...人民既愤独夫民贼愚民专制之政，而未能组织新政体以代之，是政治上之过渡时代也。"（《饮冰室合集》）白话文的意思是：今天的中国，是处于过渡时代的中国...人民既痛恨独裁者愚弄百姓的专制政治，却没能组织新的政治体制来替代它，这是政治上的过渡时代。
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