“朕绍承大统，不敢暇逸，十八年于兹。乃今岁九月十五日，大内突有逆匪之变，实汉唐宋明未有之事！……此皆朕之过也。罪在朕躬，无可推诿。”（《嘉庆帝罪己诏》，载《清史稿·仁宗本纪》）
这份罪己诏言辞恳切，承认“吏治败坏，民生困苦”是起义根源，下令“宽免百姓欠赋，严查贪官污吏”。但朝野的震动远未平息：王公大臣们“或惊悸病倒，或闭门不出”，民间则流传着“天理教，闹皇宫，十八子，主神器”的谶语（暗指“李”姓将兴），人心惶惶。
更令清廷难堪的是，起义首领林清竟仍在黄村坐镇，直到九月十七日才被叛徒出卖被捕。审讯中，林清坦然承认“欲杀皇帝，立新君”，并供出宫中内应太监名单。嘉庆帝震怒之下，下令将林清凌迟处死，首级传示各省；涉案太监“皆剥皮实草，悬于宫门”，以儆效尤。
京城的变乱虽已平定，但河南李文成的起义仍在蔓延。早在九月初，李文成因打造兵器泄密被捕，其徒众提前举事，攻破滑县县城，救出李文成，“开仓放粮，旬日聚众数万”，并连克浚县、长垣等地。李文成在滑县建立政权，自称“大明天顺李真主”，设置官职，与清军对峙。
嘉庆帝急调陕甘总督那彦成、提督杨遇春率军镇压。清军采用“围点打援”战术，先肃清外围，再猛攻滑县。滑县城墙坚固，教众“以土袋筑垒，死守不降”（《靖逆记》），战斗持续三个月之久。至十二月，清军挖地道炸塌城墙，攻入城内，李文成突围至辉县司寨，兵败自焚而死。起义军余部坚持至次年正月，最终被清军屠戮殆尽，“滑县一带，尸积如山，血流成河”（《豫军纪略》）。
天理教起义虽历时短暂，却给清王朝带来沉重打击。它暴露了清廷统治的脆弱：京畿腹地竟能发生教众攻入皇宫之事，说明“康乾盛世”的荣光早已褪色；八旗、绿营的腐朽在战斗中尽显，若非旻宁临危开枪，后果不堪设想；而太监作为内应，更凸显了宫廷管理的混乱。
嘉庆帝在事后反思：“贼匪不过数十人，竟能直犯禁城，皆因守御懈怠，官吏无能。”（《清仁宗实录》卷二百七十四）他下令加强京城防卫，整顿吏治，但积弊已深——官员依旧贪腐，百姓依旧困苦，正如魏源在《圣武记》中所言：“林清之变，非独教匪之悍，实由国势之衰也。”
林清之变虽未动摇清朝统治根基，却成为王朝由衰转危的标志性事件。民间将其与白莲教起义并称为“乾嘉之乱”，视作“天变”的预兆。那枚留在隆宗门匾额上的箭镞，被嘉庆帝下令“永不拔除”，以“警示后世子孙，勿忘此奇耻大辱”（《清宫述闻》）。
此次事件也深刻影响了统治阶层的心态。皇次子旻宁因平乱有功，声望大增，为后来继位积累了资本；而嘉庆帝则变得更加保守多疑，“屡下谕旨禁绝邪教，严查民间结社”，却未能触及民生疾苦的根源。正如史学家萧一山所言：“林清之变，如同一记警钟，敲醒了清廷的迷梦，但统治者只知堵截，不知疏导，终致危机愈深。”
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