联盟迅速将这一技术应用到武器系统上，经过紧急改装的战舰发射出携带着特殊能量波的炮弹。当炮弹击中堡垒的能量护盾时，产生了强烈的共振效果。能量护盾开始剧烈波动，出现了一道道裂缝。联盟舰队抓住机会，集中所有火力对护盾的裂缝进行攻击。在一阵耀眼的光芒和强烈的能量爆炸中，堡垒的能量护盾终于被成功突破。
联盟远征军趁势发动总攻，战舰如潮水般涌向黑色堡垒。然而，黑暗势力并不甘心失败，他们从堡垒中派出了大量的新型战舰和强大的能量武器，对联盟舰队进行疯狂反击。战场上，能量光束纵横交错，战舰爆炸的火光此起彼伏。联盟舰队与黑暗势力展开了一场惊心动魄的近身肉搏战。
在激烈的战斗中，联盟舰队的一艘旗舰遭到了敌方的重点攻击。多道高能激光同时击中旗舰，舰体多处受损，动力系统也出现故障。旗舰舰长临危不惧，指挥船员们全力抢修战舰，同时组织火力进行反击。就在旗舰陷入危机之时，塔洛斯文明加入联盟的舰队及时赶到，他们发射出强大的脉冲能量炮，击退了围攻旗舰的敌方战舰，为旗舰争取到了宝贵的修复时间。
经过一番激烈的战斗，联盟远征军终于成功攻入黑色堡垒内部。在堡垒的核心区域，他们发现了一个巨大的能量装置，正源源不断地向四周散发着黑暗能量。这个装置与特别行动小组在秘密基地发现的能量装置类似，但规模更为庞大，能量也更为强大。
与此同时，科研团队根据在堡垒内获取的资料，结合之前对生命种子的研究，终于找到了“启动密钥”的具体线索。原来，“启动密钥”并非是一个实体物品，而是一种特定的能量频率组合，这种组合能够激活生命种子中隐藏的力量，进而对抗黑暗势力试图唤醒的古老邪恶力量。
联盟总部得知这一消息后，立即命令科研团队尽快研发出能够产生这种特定能量频率组合的设备。同时，远征军在堡垒内继续搜寻关于黑暗势力计划的更多信息，以便制定下一步的应对策略。
在堡垒内部的深入探索中，联盟部队发现了一些隐藏的实验室和数据存储中心。在这些实验室中，他们找到了大量关于黑暗势力对各个文明进行控制和改造的实验记录，以及他们唤醒古老邪恶力量的详细计划。通过对这些资料的分析，联盟了解到黑暗势力计划在一个特定的宇宙时间节点，利用遍布宇宙的能量网络，将所有收集到的黑暗能量汇聚到一起，从而唤醒沉睡在宇宙深处的古老邪恶力量。
而这个宇宙时间节点已经越来越近，留给联盟的时间不多了。联盟总部迅速做出决策，一方面加快研发能够产生“启动密钥”能量频率组合的设备；另一方面，继续加强对黑暗势力的军事打击，破坏他们构建能量网络的其他关键节点，延缓他们唤醒古老邪恶力量的计划。
联盟远征军在黑色堡垒内与黑暗势力的残余力量展开了最后的清剿行动。经过一番激烈的战斗，他们成功控制了黑色堡垒，并摧毁了堡垒内与能量网络相关的关键设施。随后，远征军兵分多路，前往黑暗势力在其他区域构建的能量网络节点，展开全面的破坏行动。
在科研基地，伊芙琳和她的团队经过日夜奋战，终于成功研发出了能够产生“启动密钥”能量频率组合的设备——“秩序共振器”。这个设备外形如同一个巨大的水晶塔，内部集成了最先进的能量转换和频率调制技术。
联盟立即将“秩序共振器”运往各个关键战场，并开始在生命种子周围部署相关的能量引导装置。当“秩序共振器”启动时，一道道绚丽的能量光束射向生命种子，与生命种子中的基因编码产生了强烈的共鸣。生命种子开始释放出一种纯净而强大的光芒，这种光芒逐渐蔓延开来，形成了一个巨大的能量场。
在能量场的作用下，黑暗势力构建的能量网络开始受到干扰，部分节点出现了能量紊乱的现象。联盟远征军抓住这个机会，对各个能量网络节点发动了更加猛烈的攻击。在联盟的全力打击下，黑暗势力的能量网络逐渐土崩瓦解。
然而，黑暗势力并不打算就此放弃。他们察觉到了联盟的计划，开始集中所有剩余力量，试图阻止联盟启动“秩序共振器”。一场决定宇宙命运的最终对决在宇宙的舞台上拉开了帷幕。黑暗势力的庞大舰队如乌云般向联盟舰队和“秩序共振器”所在的区域涌来。
联盟舰队迅速组成防御阵型，将“秩序共振器”严密保护在中间。双方舰队在宇宙空间中展开了一场史无前例的激战。黑暗势力的战舰发射出各种奇异的黑暗能量光束，试图突破联盟舰队的防线；联盟舰队则凭借着先进的武器和紧密的配合，顽强地抵御着黑暗势力的攻击。
在激烈的战斗中，联盟舰队的一些战舰不幸被敌方击中，壮烈牺牲。但其他战舰毫不退缩，继续奋勇作战。宇宙文明的战舰发射出强大的粒子束，对黑暗势力的舰队进行大面积打击；星灵族的灵能者们释放出更为强大的心灵风暴，干扰黑暗势力的战舰操控和指挥系统；影族联盟的战舰则利用空间扭曲技术，在敌方舰队中制造出混乱和破绽。
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