尽管战场上硝烟未散，危险仍存，但他一心只为救治马匹，毫不畏惧。
征讨方腊时，南方气候潮湿闷热，马匹易患皮肤病和肠胃疾病。
皇甫端召集士兵们说：“南方气候与北方不同，马匹容易生病。大家听我说，要多采集这种草药，煮成药水给马洗浴，可以预防皮肤病。还有，这些调理肠胃的药剂，定时喂给马匹。”
在他的精心照料下，梁山的马匹在南方恶劣的环境中保持了较好的健康状态，为战斗胜利提供了有力支持。
然而，战争的残酷让许多梁山好汉不幸牺牲，最终战事结束，天下初定。宋徽宗听闻了皇甫端高超的相马、医马技艺，且宋徽宗本人对马极为喜爱，热衷于收集天下名马。于是，下令将皇甫端留在御前，任命为御马监大使，负责照料皇宫中的御马。
皇甫端虽不舍梁山兄弟，但皇命难违。临行前，梁山众兄弟为他设宴饯行。
酒过三巡，宋江起身说道：“皇甫兄弟，此去京城，虽不能与兄弟们并肩作战，但你在御前定能施展才华。梁山兄弟永远记得你的功劳。若有机会，记得回来看看。”
皇甫端眼眶泛红：“宋公明哥哥及各位兄弟的情谊，我皇甫端铭记于心。我在京城定会好好做事，若有机会，定当再与兄弟们相聚。”
皇甫端前往京城任职后，凭借其精湛技艺，将皇宫中的御马照料得膘肥体壮、神采奕奕。他在御马监不断总结经验，改良养马、医马之法，这些方法后来也流传到民间，造福了更多养马之人。
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