护航军舰以4艘配置于船队的四角，形成盒状警戒圈，其余军舰则位于船队正前方扇面。
最初英军使
用战列舰或巡洋舰担任护航军舰，当德军水面舰只的威胁消除后，便不再使用战列舰或巡洋舰护航了。
因为在潜艇威胁面前，使用宝贵的战列舰或巡洋舰为运输船护航有些得不偿失。
有些人对护航船队体制持否定态度，认为大批船只在装完货物或卸完货物后，必须停留在港口，等待与其他船只编成护航船队，这样既浪费了时间又减低了船舶运载量。
但事实胜于雄辩，护航运输船队体制的实行，大大降低了船只的损失，在战争爆发后的四个月中，编入护航运输船队的5756艘船只中，只有12艘被击沉，而且这12艘中还有5艘是在掉队的情况下被击沉的。
而同一时间里单独航行的船只有102艘被击沉。
这一阶段，英国共损失运输船114艘，计 42.3万吨。
战争初期，英国的反潜措施除了采取护航运输船队体制以外，就几乎没有其他有效的措施了。
航母编队的攻击性反潜战术，因“勇敢”号被击沉而夭折；反潜飞机装备的mk1型雷达性能欠佳，只能发现5000米外水面状态航行的潜艇。
在能见度好的情况下，潜艇甚至通过目视观察能先发现飞机！
而且反潜飞机由于使用的炸弹性能不佳，投向潜艇后反而会被水面反弹到空中爆炸，对飞机所造成的损害竟然更甚于对潜艇的损害！
有2架飞机就这样被自己的炸弹所击落。
加之反潜飞机数量严重不足，英国只得采取“稻草人”战术，即征用大量民间飞行俱乐部无武装的飞机，沿海岸飞行，以迫使德军潜艇下潜，并及时发现被击沉的运输船，这种落后的战术竟然一直使用到1940年5月法国沦陷后。
要使反潜飞机真正在作战中发挥作用，不仅要对炸弹进行改装，还要安装轰炸瞄准具和新型的探测仪，完成这些工作至少需要一年的时间。
为了弥补护航舰只的不足，英国开始加紧建造轻型护卫舰，这种护卫舰排水量在2000吨以下，装备火炮、深水炸弹和声纳，在武装拖网渔船和其他小型舰艇的支援下，是一种能在近岸海域有效进行反潜作战的舰艇。
在1939年9月至1940年5月的
同时组织潜艇在英国海岸附近海域进行了大面积布雷，所布的水雷先后炸沉12艘船只炸伤6艘，损失船只的吨位达12万吨。
1939年11月中旬，邓尼兹再次出动4艘潜艇进行集群作战尝试，u—53号潜艇发现了ks—27护航运输船队，尽管多次遭到英军护航军舰和水上飞机的压制和驱赶，但仍一直保持着与船队的接触，并引导其他3艘潜艇赶来。
但因种种原因没能达成集群攻击，潜艇只对掉队的船只进行了攻击。
尽管集群攻击战术未能如愿，但德军潜艇多以单艇在英国港口和近岸航线实施阵地伏击或机动伏击，或在护航运输船队可能航线或广阔海域实施游猎作战，仍取得了不小的战果。
9月击沉41艘同盟国及中立国的船只计15.3万吨，10月击沉27艘计 13.5万吨，11月击沉21艘计5.2万吨，12月击沉25艘计8.1万吨，被潜艇击沉的船只占损失船只总数的51.7%。
其中11月和12月战绩下降的原因是战争爆发后出击的潜艇陆续返回基地补充给养，德军由于潜艇数量少，基地距离作战海域又远，在大西洋活动的潜艇数量大为降低，通常只有3至5艘，从未超过8艘。
至1939年底德军共损失潜艇9艘，几乎占其潜艇总数的六分之一。
最使邓尼兹高兴的是，有关破交作战的种种限制逐渐被取消，9月23日获许可以攻击命令停止航行但仍在使用无线电报警的船只；
9月24日获准可以攻击法国船只；9月30日可以攻击任何在北海航行的船只；10月2日从英法沿岸至西经15度海域航行的所有船只均可以予以攻击；
10月17日获准攻击除客轮以外的任何敌方船只；10月19日从英法沿岸至西经20度海域航行的船只只要实行灯火管制均可予以攻击；
11月17日终于取消所有限制，开始实施无任何限制的潜艇战！——至此，邓尼兹终于可以彻底放开手脚大干一场了！
1939年11月，美国终于逐渐认识到纳粹德国的残暴本性，开始改变了禁止向交战双方出售武器或贷款的中立立场，国会通过了中立法的修正案，允许在“现金交易运输自理”的原则下出售武器。
也就是购买武器的国家必须用现金支付，并用自己的船只运输，从纸面上看这对双方都是公平的，其实由于德国海军力量非常薄弱，根本无力保护自己的船只，所以这一修正案是明显倾向于英国的。
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