随着马士英、刘良佐的覆灭，以及江北四镇其他三名总兵高杰等人的臣服，江北四镇彻底偃旗息鼓，短时间内毫无对抗朝廷之意。
见到这种情况，明朝江南数省的军政大员们，也全部安定下来了。
以马士英凤阳总督的身份和手握数万重兵的实力，都被朝廷翻手间给剿灭了。其他总兵、指挥使什么的，还是安稳点，不要再挑战崇祯皇帝和朝廷的权威了。
随后数月，江南数省布政使征收押解到南京的税银开始增多；各省都指挥使、重镇的总兵等高级军官也纷纷上书朝廷，表达了对朝廷的耿耿忠心。
不仅如此，大家还纷纷开始在南京朝廷拉拢关系，讨好崇祯皇帝的亲信大臣。杨毅的亲信王承恩、史可法、刘源济、宋应星等人纷纷受到热捧，成为江南地方军政高官拉拢的对象。
看来，杨毅当机立断，以迅雷不及掩耳之势铲除马士英的做法，还是取得了很大的成效的。这次成功的平叛军事行动，终于让江南数省的文武百官们认识到：崇祯帝即使打了败仗，丢了北方大片领土，他也还是皇帝。
天子一怒、伏尸百万，崇祯帝一声令下，仍然有无数文官武将为他效力。要跟崇祯皇帝、跟朝廷对着干，永远都没有好处。
既然不想对着干，那就要主动靠拢啦。因此，王承恩这些崇祯帝的亲信大臣，就成了大家巴结和拉拢的对象了。
这是杨毅乐意见到的，来到明末四五个月后，终于是借着马士英的人头将威望竖立起来，不再是天下人眼中的流亡皇帝了。
只有到现在这样，他这个冒牌崇祯皇帝的命令，才能得到江南所有文武官员的拥护和执行。才谈得上进行各种改革，重整旗鼓，北伐中原。
大理寺在审理刘良佐等人叛乱案的时候，已经养好身体的刑部尚书张慎言觐见了崇祯皇帝。杨毅对他在凤阳遭受的委屈安抚了一番后，询问他对今后工作的想法。
其实这就是在考验张慎言的选择了。
如果他流露出惧怕，畏缩不前的心理，杨毅自然不会勉强他再去四处查案。但是，他刑部尚书的官帽子，恐怕也得换一个人来戴了。
张慎言自然不是蠢人，明白皇上话语中的考验味道，很是坚定地表达了他紧跟皇上的思维路线、继续严厉惩办违法官商的决心。
根据杨毅获得的情报，张慎言在被马士英关押、百般折磨的时候，始终不曾向马士英低头。现在再看到他不畏艰难，想要继续外出查案，惩办违法官商的决心，不由龙颜大悦。
既然张慎言不怕危险，要继续查下去，杨毅也没必要如前任朱由检那么瞎折腾，胡乱撤换大臣了。
如此，张慎言继续担任他的专案组组长，查办江南数省粮价暴涨案的不法商人和相关违法官员。刑部专案组成员四处出击，逮捕已经被其他案犯供出来的江南粮价暴涨案的相关案犯。
马士英叛乱案的前因后果已经传了出去，大家都知道最初就是因为刘良佐倒卖军粮，张慎言前去逮捕他，结果却被马士英扣押引起的。
随后发生的事，就天下皆知了。
皇上派兵部尚书为史可法，去跟马士英交涉。马士英却拥兵自重，拒不释放张慎言，还提出了许多苛刻的条件，惹怒了史可法。
于是，史可法联络了凤阳驻军中诸多忠君爱国的将领，于六月二十四日凌晨进入凤阳府城，包围突袭了凤阳总督府，将马士英当场斩杀，刘良佐也被俘虏捆到南京进行审判。
可以说，马士英叛乱被杀，起因就是受了刘良佐倒卖军粮的拖累。
如果不是刘良佐违法乱纪在前，朝廷也不会派刑部尚书去逮捕他。朝廷不逮捕他，马士英也不会为了保他而跟朝廷翻脸，最后被史可法当反贼给剿灭了。
如此，受到马士英、刘良佐一案的影响，江南数省官府和军队都不再敢跟专案组打马虎眼，拖延推诿了。无论涉及到谁，什么背景，他们都马上将此人停职，交给专案组处理。
七月末，安庆知府阮大铖被押解到南京，关入大理寺天牢；八月初，福王朱由崧被锦衣卫逮捕，带回了南京；同时被解职的还有淮安知府、扬州知府。
他们虽然没收受大额的贿赂，却在福王朱由崧的游说下，对淮安和扬州府不法粮商非正常涨价的事视而不见，要负一定的责任。
福王朱由崧被押解到南京后，以他的身份，却是不适宜关入大理寺天牢了。杨毅下旨，在皇宫边上找了一栋被查抄的官员府邸，将朱由崧安置了进去，进行监视软禁。
除了钱谦礼、阮大铖、刘良佐、朱由崧等主要案犯外，其他江南各省趁中原局势混乱，跟着钱谦礼等人囤积居奇、大发国难财的粮商和官员也被抓了起来，等待律法的严惩。
除了这些直接犯罪的官员和商人外，其他对此事应对不力的地方官府主事人，也被朝廷问责，拿下了不少人，贬谪到闲职上提前养老去了。
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