在处置了齐泰、黄子澄、方孝孺等一众建文旧臣之后，朱棣心中却依旧觉得此事做得还不够彻底。这些人过往的言行举止，已然让朱棣清醒地意识到，若要让大明的黎民百姓真心承认自己乃是正统所在，那就必须彻底消除大哥朱标以及侄子朱允炆身上所承载的正统名分。
回想起此前自己曾下令以天子之礼安葬朱允炆，朱棣此刻不禁微微感到懊悔。而念及大哥朱标时，朱棣更是忍不住再次喟然长叹，他深知若大哥尚在人世，定然不会如朱允炆那般对待宗亲，而自己恐怕也绝不会萌生出一丝一毫谋逆篡位的念头。
虽说自己已然从大哥之子手中夺过了皇位，内心深处对大哥着实愧疚万分，可朱棣经过深思熟虑后，还是毅然决定废除大哥和侄子朱允炆的皇帝称号，试图以此来大力宣扬自己的正统地位，同时也期望能够消除他们父子二人在大明百姓心中留下的影响。
就在二十六日这一日，南京城中处处弥漫着肃穆的氛围。众人皆依照旨意行事，将兴宗孝康皇帝的牌位迁移至陵园之中，曾经的尊号不再继续沿用，而是仍旧称其为懿文太子。这看似仅仅只是一个名号上的简单更改，然而却仿佛在无声之间宣告着一个旧时代已然彻底落下了帷幕，而崭新的秩序正有条不紊地逐步建立起来。
秋七月初一，明媚的阳光倾洒在南郊的广袤大地上。朱棣身着庄重华贵的冕服，亲自莅临主持那大祭天地的隆重仪式。在这庄严肃穆的场合之中，朱棣向着天地郑重宣告自己已然成为大明的帝王，同时也顺带着祭奉明太祖。
待祭礼完毕之后，一道诏书颁布至天下各处：“今年以洪武三十五年作为纪年，明年则定为永乐元年。建文帝在位之时所更改的成文法制，全部恢复为旧有的制度。”
此诏令一经下达，意味着过往建文朝所留下的诸多施政痕迹都将要被一一抹去，一切都要重新回归到太祖时期的旧模样。这对于整个大明的官场以及民间而言，无疑是引发了一场不小的震动。
随后的近半年，陆陆续续的旨意从京城发出，宣布着朱棣这位新皇对朝堂的一系列改革。
为恢复民生，朱棣还下达旨意：“山东、北平、河南这些遭受兵祸侵扰的州县，免除徭役三年；未曾遭受兵祸的州县以及凤阳、淮安、徐、滁、扬三州，减免租税一年；而余下的全国其他州县，则全部减免今年田租的一半。”
这道诏令，恰似给那些历经战乱之苦的百姓们送来了一丝难得的喘息之机。在那些饱受兵灾折磨的地方，百姓们听闻可以免除徭役，眼眸之中瞬间燃起了些许希望的火苗，仿佛已然看到了往后的日子能够慢慢恢复生机的那一抹曙光。
而其他地区的人们，也因田租得到减免而暗自松了一口气，内心对新皇的这一惠民举措满是感恩之情。
七月二日，朱棣下诏任命前北平按察使陈瑛为左副都御使，并且做出了一项至关重要的决定，那就是将建文朝废弃的官员全部予以恢复任用。这一举措，一方面是为了填补当下朝堂由于大肆诛杀建文旧臣而出现的诸多空缺，另一方面也是在向天下人昭示，自己并非是那种一味排斥旧人的君主，只要愿意为新朝尽心尽力地效力，过往的一切皆可既往不咎。
七月三日，朝廷恢复太祖时期的官制，整个朝堂旋即开始紧锣密鼓地重新梳理起官员体系，各方都在齐心协力地进行调整，盼望着能够尽快让朝堂恢复正常的运转秩序。
同样也是在这一天，朱棣下旨改封吴王允熥为广泽王、衡王允熞为怀恩王、徐王允熙为敷惠王，让他们随同母妃吕氏一同居住在懿文太子的陵园之中。这几位皇子，在这场靖难风云的席卷之下，已然失去了曾经所拥有的尊贵地位，只能在那陵园之中伴着往昔的回忆默默度日。他们望着那熟悉却又透着几分陌生的宫墙，心中满是对命运无常的无尽感慨，可事已至此，也唯有默默接受这已然既定的安排了。
七月底，朱棣再次下旨，任命江阴侯吴高总督河南、陕西两地的兵备事务，让其肩负起安抚军民的重要职责。尚书严震直、王纯以及府尹薛正言等人纷纷领命，踏上了巡视山西、山东、河南、陕西等地的路途。他们一路巡查，目睹那些因战乱而变得破败不堪的村落，看到百姓们流离失所、面容憔悴且面黄肌瘦的凄惨模样，不禁在心中暗暗发誓，定要竭尽全力让这片饱经沧桑的土地重新回归安宁，使百姓们能够再次过上安稳祥和的日子。
在坐稳皇位之后，朱棣深切体会到了治理国家的千辛万苦，也明白自己迫切需要一批贤能的肱股之臣来辅佐自己治理大明江山。
八月一日，侍读解缙、编修黄淮进入文渊阁开始供职。没过多久，又下令让侍读胡广、修撰杨荣、编修杨士奇、检讨金幼孜、胡俨一同入朝为官，参与军国大事的商讨与决策。
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