实际上，郑芝龙决定投降清军这件事在内部引发了轩然大波，遭到了来自各方的强烈抵制和反对。除了声名远扬的郑成功以及郑鸿逵兄弟二人外，像安南侯杨耿、来夷侯周崔芝还有安洋将军辛一根等等这些人都坚决不肯顺从。特别是郑芝龙的弟弟郑芝豹以及儿子郑成功，更是苦苦劝谏，极力阻止他做出这样的决定。当时的情况十分紧张，甚至周崔芝等人不惜采用极端的方式，比如自杀，以此来表示对郑芝龙降清之举的坚决抗议。
与此同时，曾樱、张肯堂等曾经效命于明朝的旧臣子们纷纷躲避到海岛上暂居，但即便如此，他们在郑芝龙的部队当中仍然具有不可小觑的影响力。所以说，在如此复杂且艰难的局势之下，郑芝龙最终竟然能够顺利地完成降清的各项部署安排，实在是一件非常不容易的事情。
那么，他究竟为何能够达成这一目标呢？关键就在于他牢牢掌控着自己的军队。而且，他提出的降清主张应该也获得了手下一些主要将领的支持与拥护。比如说施福、施琅等人，他们的立场始终偏向于清朝一方。正因如此，哪怕有着众多坚定的拥明派的激烈反对，郑芝龙依然毫不犹豫地下定决心向清军投降。在此之后，以施福所率领的队伍为核心力量的郑芝龙部下主力军，居然还跟随着李成栋等人一同去进攻广东地区。
施福所统领的那部分明朝军队，实际上乃是郑芝龙所属军队中的核心力量与中坚骨干。当这一支强大的军队向清朝投降以后，剩余下来的郑氏军队便大多成为了四处游荡、分散零乱的散兵游勇。这些人在战斗能力方面存在着明显的不足，多数情况下难以胜任激烈的战争任务。
除了施家叔侄以外，郑芝龙手下众多部将原本的态度和立场一直摇摆不定、模糊不清。然而，当他们亲眼目睹清廷使出卑劣手段，哄骗郑芝龙入京后便将他软禁起来时，心中顿时一片冰凉。这些人方才明白，即便投降清朝也得不到应有的尊重与善待，最终不过落得这般下场罢了。于是乎，众人纷纷心灰意冷，转而坚定地站在了拥护明朝、抗击清军的阵营之中。
倘若当初博洛能够信守承诺，不违背自己所说之话，真心实意地委以重任给郑芝龙，并让他去平定闽粤地区，那么想必不出几日便能大功告成。只可惜，清廷犯下大错，不仅失去了郑芝龙这样一位得力干将，还引发了一连串严重后果——使得东南一带的战事绵延不绝，持续长达数十年之久。对于这种局面，恐怕是清廷始料未及的啊！
只是自郑成功于海岛之上高高竖起反抗清朝统治的大旗之后，在接下来的数年时间里，他屡屡遭遇失败，战绩不佳。在最初的一到两年之间，局势更是毫无转机，始终处于低迷状态。造成这种状况的一个重要因素便是失去了施福所率的那支主力部队。虽然在此期间，郑成功也积极地招募新兵，但新入伍的兵员大都是些没有经过严格训练且缺乏实战经验的游兵散勇，根本无法形成有效的战斗力。
然而，情况终于迎来了转机。几乎在李成栋反清归明之时，施福以及施琅所率领的部队重新归队并加入郑成功一方之后，郑成功所统率的军队才逐渐发展壮大起来，并最终成长为一支英勇善战、令敌人闻风丧胆的威武之师。
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