大熊答应之后的半年里，贝加班克在治疗波妮的同时展开了克隆士兵的制造。
由于忙得不可开交，他产生了制造分身的想法。
工作之余，他和大熊、波妮、战桃丸、黄猿相处得其乐融融，而波妮也渐渐恢复的健康，并在半年后回到了索尔贝王国疗养。
大约三年前，贝加班克分离大脑，将其存储在了“班克记录”中。
他开始计划用“岛云”将研究所和“大脑”浮在空中 。
两年前司法岛事件后，贝加班克开始关注路飞。
大熊向贝加班克透露路飞是龙的儿子，并表示路飞的橡胶能力和他向往的尼卡非常相像。
顶上战争前夕，大熊的改造工作即将完成。
在贝加班克的请求下，大熊在备份了记忆的同时将自己的记忆存储在了一个气泡中 。
萨坦圣突然命令贝加班克在大熊身上安置自爆开关。
贝加班克表示想在大熊身上测试能够人格切换的脑回路，被萨坦圣无情否决。
萨坦圣表示他是在对贝加班克下达命令，并称自己也是科学家，贝加班克别想糊弄自己。
之后，即将失去意识的大熊让贝加班克给自己设置了保护草帽一伙的船只的任务。
伴随着悲伤和不舍，贝加班克拉下了最后的开关，大熊彻底失去了意识 。
而贝加班克并没有遵照萨坦圣的命令，他给大熊体内安装了“完全停止开关”，如果按下开关大熊则会陷入植物人状态，而不会引爆。
格赫德事件三个月前，约克联络五老星，向政府透露贝加班克正在研究“空白的一百年”。
在测试了母火种后，萨坦圣率领海军前往艾格赫德抹杀贝加班克 。
事件两周前，贝加班克和释迦、毕达哥拉斯在发现融合炉的数值异常后展开了调查。
一周后，他们发现叛徒是约克。
露西亚王国被毁灭之后的一天，贝加班克推测约克偷了一部分“母火种”并且用“海兽兵器”把它送到了世界政府那里。
但是，他认为抓住约克已经太迟，于是录制了一个影像来告知世界的“真相”，只要自己的心肺停止跳动，影像就会向全世界自动播放。
此外，他们还抹除了过去两周间的记忆，因为约克的记忆也会同时被抹去 。
进行瞬移测试时，贝加班克遇到了路飞、乔巴、甚平和波妮。波妮用光剑威胁贝加班克把大熊恢复原样。
但光剑引来的虫子吓晕了波妮。
贝加班克向路飞提及了人造恶魔果实、古代巨人的相关事宜，后请求路飞能带他上船离开艾格赫德 。
贝加班克向路飞、乔巴和甚平讲述了自己的梦想，但路飞并不感兴趣，但路飞认为贝加班克的脑袋好玩，于是答应带他离开。
这时CP0开始进攻艾格赫德，贝加班克瞬移到了研究层，发现路飞以五档姿态与罗布·路奇战斗，认为路飞的姿态就是历史文献所记载的“太阳神尼卡”。
随后，他又向草帽一伙的其他成员解释了恶魔果实的本质，以及他在人造恶魔果实方面的研究，解释了炽天使恶魔果实能力的由来。
收拾好行李后，贝加班克通过电话虫寻求了某人的帮助。
CP0开始攻击研发层时，贝加班克被波妮追击 。波妮撒娇骗过贝加班克并用果实能力将他变成了小孩模式，威胁他说出大熊的事。
贝加班克表示自己不能告诉她。
而后，波妮发现了存储大熊记忆的气泡的房间 。
波妮走进房间后，贝加班克被叛徒约克绑架，关押在研究层地下的旧实验室内。之后，释迦进入研究所发现了失踪的贝加班克。
就在释迦准备释放本尊时，约克枪杀了释迦，并向贝加班克透露了自己的背叛。
后来，草帽一伙成功控制住了约克和炽天使，贝加班克成功获救。
贝加班克回到存储大熊记忆气泡的房间，发现气泡已经破碎。
波妮通过接触气泡得知了大熊的过去，悲伤地变回了12岁的模样，抱着贝加班克痛哭。
波妮向贝加班克道歉，贝加班克则将大熊寄放在他那里的护身符交给了波妮 。
贝加班克和波妮回到研究层与草帽一伙以及其他贝加班克汇合，这时五老星率领的海军舰队已经包围艾格赫德。
贝加班克向娜美确定了下一个目的地是艾尔巴夫，随后和阿特拉斯、爱迪生一起攻克约克设置的密码，以解除“边界穹顶”。
这时，黄猿开始向艾格赫德发起进攻，利用光的特性突破了屏障。
路奇企图用指枪偷袭贝加班克，被斯图西用身体当下。
随后索隆开始和路奇对战，路飞则拦下了黄猿。
四档形态的路飞不敌黄猿，被踢飞撞毁了贝加之力01号。
贝加班克破解密码后得知了贝加之力01号被毁一事，这时黄猿突然出现在他的身后，路飞则变成五档巨人形态抓住了黄猿并扔飞了他。
因为担心波妮的安危，贝加班克和阿特拉斯、弗兰奇、山治乘坐贝加坦克08号前往工场层救助波妮并向和平主义者下达反击海军的命令 。
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