吴匡念何进平日对自己有恩，发誓要杀死何苗，替何进报仇。他发动手下士兵，告诉他们说：“是车骑将军何苗勾结张让杀死了大将军，我们一定要替大将军报仇！”于是，吴匡便联合董卓的弟弟董旻共同攻杀何苗，何苗死后，董卓坐收渔翁之利，不费一兵一卒收编了何进、何苗的部队。
要控制中央政权，掌握洛阳卫戊军队的兵权极为重要！
董卓便具体部署，派心腹大将吕布杀掉执金吾，接收全部京城防卫部队，从此，董卓不仅控制大量常规部队，而且还掌握着洛阳的直属部队，完全具备了左右朝政的军事基础，这为他的野心进一步膨胀增加了相当分量的筹码。
当时，鲍信就对董卓军事势力的膨胀有较清醒的觉察和认识，他曾对袁绍说：“董卓拥有强兵，素有野心，如果现在不想办法除掉他，今后必将受其牵制。如今董卓军队人员混杂，军心不稳，组织不严，正可趁早除掉。”
可是袁绍因惧怕董卓，优柔寡断，未采取行动，有了强大的军事后盾，董卓便有恃无恐，为所欲为，首先他迫使朝廷免除司空刘弘的职务，自己取而代之，接着，为了进一步独揽中央政权，董卓决定召集文武百官商议废除少帝，另立新皇帝。
在一次朝会上，董卓肆无忌惮地说：“少帝愚昧懦弱，不能敬奉宗庙，没有资格担任天下的君主。为了国家和汉室江山着想，我想效法伊尹放太甲，霍光废昌邑的故事，废掉少帝，改立陈留王刘协为天子！”
在场官员大多慑于董卓的淫威，对他独断专行、随心所欲的行为敢怒不敢言，只有尚书卢植当面提出反对意见，认为少帝只是年纪幼小，行为品性根本就不能与太甲和昌邑王相提并论。
董卓大怒，没想到卢植如此不敬，胆敢当众反对自己，便立即命令士兵将他推出斩首，幸亏侍中蔡邕极力劝阻，卢植才免于一死，之后，董卓废掉少帝，将他贬为弘农王；另立陈留王刘协，即为汉献帝。
废立皇帝之后，董卓又对何太后看不顺眼，认为她有碍自己在朝廷上下自由行动和树立威信，于是董卓又大会群臣，向大臣们数落太后所谓的罪行，说她如何如何逼迫婆母永乐皇太后，以致皇太后忧虑而死，这种违背婆媳常理、不讲孝顺礼节的令法，应当受到严厉惩处。
之后，董卓便责令何太后迁居永安宫，不久，董卓又借故杀死少帝刘辩，毒死何太后。
通过对中央政权最高阶层人员的更换和处理，整个东汉政府几乎完全受制于董卓：皇帝的废立、朝臣的任免、重大政策的制定，都由董卓说了算，此时，野心极度膨胀的董卓，已经目空一切。
改立献帝之后，董卓将自己升迁为太尉，成为三公之一，掌管全国军事和前将军事务，后又自封郡侯，拜国相，跃居三公之首，掌宰相权。
董卓虽然名为“一人之下，万人之上”的国相，但实际上却远远超越皇帝，享有“赞拜不名、入朝不趋、剑履上殿”等特权。
自己加官进爵后，董卓还利用自己手中的特权，大肆加封董氏家族成员，他首先封自己的母亲为池阳君，越礼配备家令和家臣，地位与皇家公主相当，同时，董卓又拜弟弟董旻为左将军，封雩侯，另外还封自己年幼的孙女为谓阳君，更有甚者，“卓侍妾怀抱中子，皆封侯，弄以金紫”。
为了更有效地控制皇帝，董卓不顾朝臣反对，胁迫献帝将都城从洛阳西迁至长安，董卓还无视礼制和皇威，在自己的封地修筑了与长安城墙规模相当的坞堡，高厚达七丈，明目张胆地用“万岁坞”来命名，并规定任何官员经过他的封地时，都必须下马，恭恭敬敬地对他行大礼。
初到洛阳时，董卓手下虽然也集结了一批心腹亲信，但是，要在庞大的中央官僚体系中纵横捭阖，单靠这些人是远远不够的。，况且当时朝中许多有一定势力和影响的官僚，根本就不服董卓。
对此，董卓在玩弄权术的过程中，暗中培养爪牙，广为收罗亲信，用拉拢、诱惑、排挤等手段打击和陷害一切于己不利的势力和集团，封侯后，董卓极力拉拢司徒黄琬，司空杨彪，抬举和扶植已被贬斥的陈蕃、窦武等人。
董卓不光全部恢复陈蕃等人以前的爵位，还擢升他们的子孙，以使他们世世代代为己所用，但实际上士人几乎没有人被董卓所收买的。
董卓除了在中央各部布置亲己势力外，还通过任命太守、刺史等手段安插地方爪牙，这样，董卓通过层层安置耳目，基本上已经控制了中央和地方的主要政治力量，只要是不满他的官员稍有动作，他便毫不留情地予以彻底铲除，杀鸡骇猴，威慑朝野。
早在废立皇帝之前，董卓就想利用袁绍来支持他，可是遭到袁绍的极力反对，袁绍曾言：“东西两汉王朝恩德布满四海，万民拥戴，国豢民安。今皇上年纪虽小，但并没有恶行传布天下。你如果要罢黜皇上，改立新帝，恐怕没有人赞同你的意见。”
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