收复开封府后，河南巡抚杨天锡带着宣武卫、陈州卫接管祥符县城，此时的开封府经过半年多的民乱肆虐，已是田地荒芜、十室九空。
杨天锡开始着手清理废墟、掩埋尸体、关押俘虏，劝返当初避祸河北的百姓，准备恢复生产，重建家园。
二月下旬，官军完成了对义军的清扫行动，开封府、河南府、汝州等地基本平定，之前逃离家园的大量开封府、河南府等地的百姓、士绅开始陆陆续续返回家园，河南各州府的官员也逐步返回各司其职。
河南锦衣卫千户所全体返回开封府祥符县锦衣卫衙门，很快就收到了全部暂留开封、协助管理祥符县治安工作的指令。
三月二十二日，晋绥军驻守河南府，孙传庭受命重新组建潼关卫、弘农卫、河南卫；卢象升负责整顿改组宣武卫、汝州卫、睢阳卫、归德卫、陈州卫。
三月三十日，曹文耀率五军营第四师押送主要义军匪首返回京师；兖州卫、青州卫开始返回山东驻地；曹文诏率登莱军移驻中都凤阳府；杨国柱率天雄军前军移驻陈州；祖宽率天雄军后军移驻许州。
天雄军、登莱军到达新驻地后就地进行新军制的重组整编。
四月一日，朱由校下旨：迁卢象升为河南总督，总督河南各处军务；任命曹文诏为凤阳总督，总督凤阳府、庐州府、安庆府三府军务，整顿各卫所，设立“下直军指挥使司”，组建“下直军”。
河南除南部的汝宁府、南阳府外，各地基本光复，朝廷大军控制住各地，一大批新的官员以及一大批新的锦衣卫也随之悄悄进入开封府。一场庞大的行动，也随之悄悄展开。
四月十二日，锦衣卫都指挥佥事许显纯出现在开封府，召集河南锦衣卫千户所全员集合城中校场。
河南锦衣卫千户杨宽谄媚地道：“许佥事远道而来，在下已在城中最好的酒楼为大人准备好了酒宴，为大人接风洗尘。”
许显纯眼底一股冷意，面无表情道：“先处理公事，别的再说。”
杨宽点头哈腰：“那是自然！那是自然！”
许显纯问道：“河南千户所在册人数是多少？今天集合在这里的有多少人？”
杨宽拿出一本名册：“禀大人，河南千户所在册总人数一千二百二十七人，除南阳府、汝宁府那边还有贼军作乱，有二百一十七人无法召集外，其余各处锦衣卫人员皆已在开封府城中。”
许显纯点头：“全部都在这里？打了这么长时间的仗还能这么齐人么？点名报到！每一个百户把手底下人名单全部报上来，有失踪死亡的详细全都要上报，不允许错漏一人！本官今天就在这里等着，今天不完成，所有人都不许离开！如有空缺、有人敢吃空饷，我拿你杨宽问罪！”
杨宽慌忙躬身：“遵命！请大人您稍候。”说完就去吩咐去了。
开封府祥符县校场中，上千名身着飞鱼服的锦衣卫逐渐分成一排排，各自点名登记。
不到一个时辰，点名登记完成。
杨宽禀报道：“禀大人，清点已完成。在场除南阳、汝宁两府人员外应到一千零一十人，实到八百八十二人，其中已知明确死亡人数为九十六人，失踪或无法获知现状的有三十二人。”
“嗯！”许显纯接过名册，交给身后一名主簿：“核对一下名单。”
杨宽虽然心中疑惑，但上级办事自己也不好多问，只好在一旁候着。
在主簿核对名单时，从城外进来大批锦衣卫和天雄军第一师一团，隐隐对校场中的河南锦衣卫呈包围之势。
天雄军第一师是由原天雄军中军改制而成。
师长罗岱来到许显纯面前拱手道：“许大人，我受卢督师命令带一个团来这里听你调遣。”
许显纯拱手：“麻烦罗师长了！”
不久，主簿靠近许显纯耳语几句。
许显纯听完点点头，拔出腰间绣春刀：“来人！动手！给我把杨宽拿下！”
两名锦衣卫从后面将杨宽反手按住。
杨宽不解地大叫：“许大人，不知属下所犯何事？”
许显纯冷冷笑道：“杨宽，去年四月张瑞图张大人府邸失火一家一百六十口尽数惨死一事你可记得？”
杨宽浑身一震，嘴硬道：“下官自然知道，这是为何……”
许显纯一刀背抽在杨宽脸上，道：“无须为你自己开脱，此事朝廷自会查处。”
居高临下，看向校场中，新来的锦衣卫和天雄军已经把河南锦衣卫团团围住。
许显纯大声道：“你们全部放下武器，接受审查，否则视为叛逆，当场诛杀！”
突然，人群中一名百户举刀大喊：“不要相信他们，他们是……”
“砰！”一声枪响，百户头颅开花，许显纯吹了吹手中的火铳，道：“皇上有旨，敢有反抗者，诛九族！”
那些锦衣卫见状，纷纷放下武器，蹲在地上。
天启九年四月，河南锦衣卫千户所全体被缴械押解上京，朝廷派来新一批锦衣卫全面接手河南千户所。同月底，河南大批官员被批捕，杨天锡带着一批新官员全面接手河南政务。
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