孔子在列国周游14年。晚年最终回到鲁国，回到家的孔子继续从事教育及整理文献工作。这一年冬天，孔子的儿子孔鲤去世。孔鲤是孔子的独子，想当年孔子夫人诞下一子。正巧这时鲁昭公送来一尾鲤鱼。于是就此得名孔鲤，姓子，孔氏，名鲤，字伯鱼，孔鲤先孔子而亡，孔鲤之妻于夫死后改嫁。孔鲤一生虽无建树，但他尊礼守纪，胸襟豁达，留下了“孔鲤过庭”的典故，“伯鱼”一词也被后世用作对别人儿子的美称。
孔鲤不像他父亲的学生那么有才华。纵观整个论语，孔鲤出现的次数比较少。而在相关的文献中，也几乎没有孔子对他儿子学业上的夸赞。相反，却常常向国君推荐他的优秀弟子。
孔鲤是个胸襟豁达的人。作为孔丘的儿子，自己比不过他的师兄弟，从来就不会嫉妒他的师兄弟，也决不埋怨自己父亲的一视同仁。
相传，一次孔鲤对孔汲说：“你父不如我父。”对孔子说“你子不如我子。”这也说明他是一个乐天派，看到了别人的短处以及自己的长处。他懂得用自己的优点跟别人的短处相比，说明他在思想上是一个懂得变通的人。孔鲤比孔子先故，一生无建树，终年50岁。孔子在他六十九岁的时候失去了自己的独子，悲痛可想而知。但他遵循丧葬礼仪，他儿子死时“有棺无椁”。
孔子一向主张复古尊礼，尽管他痛失爱子，但是对儿子依然“有棺无椁”，这是圣人的忘情、执着之处。到了第二年，孔子的得意弟子颜回也死了。因为他家里很穷，安葬的时候只有棺，同在孔子门下求学的颜回的父亲颜路于心不忍，就劝孔圣人变卖他的马车给弟子买椁。孔子断然答道：“（虽然颜渊和鲤）一个有才一个无才，但各自都是自己的儿子。孔鲤死的时候，也是有棺无椁。我没有卖掉自己的车子步行而给他买椁。自己曾经担任过大夫的官，有不可步行的礼的规定。因为孔鲤是至圣之子，述圣之父，故被宋徽宗封为“泗水侯”，孔氏子孙尊为“二世祖”。
孔子还没有失去独子以及学生的悲痛中走出来，孔子他的另一得意门生子路死于卫国内乱，而且还被剁成肉酱。经过这一系列打击后，孔子知道自己时日不多。第2年他的弟子子贡来见孔子，孔子柱杖依于门前遥遥相望。他责问子贡为何那么晚来见自己。于是叹息说泰山将要坍塌了，梁柱将要腐朽折断了，哲人将要如同草木一样枯萎腐烂了。孔子流下了眼泪，说：“天下无道已经很久很久了，没有人肯采纳自己的主张。自己的主张不可能实现了。夏朝的人死时在东阶殡殓，周朝的人死时在西阶殡殓，殷商的人死时在两个楹柱之间。昨天黄昏梦见自己坐在两楹之间祭奠，自己的祖先就是殷商人啊。
鲁哀公十六年二月十一日（公元前479年4月11日），孔子患病不愈而卒，终年七十三岁，葬于鲁城北泗水岸边。
孔子卒后，不少弟子为之守墓三年，唯独子贡为孔子守墓六年。弟子及鲁国人从墓而家者上百家，得名孔里。孔子的故居改为庙堂，受到人们的奉祀。孔子创立了以仁为核心的道德学说，他自己也是一个很善良的人，富有同情心，乐于助人，待人真诚、宽厚。“己所不欲，勿施于人”、“君子成人之美，不成人之恶”、“躬自厚而薄责于人”等等，都是他的做人准则。“吾十有五而志于学，三十而立，四十而不惑，五十而知天命，六十而耳顺，七十而从心所欲，不逾矩。”这是孔子对自己一生各阶段的总结。
孔子的仁说，体现了人道精神。孔子的礼说，则体现了礼制精神，即现代意义上的秩序和制度。人道主义这是人类永恒的主题，对于任何社会，任何时代，任何一个政府都是适用的，而秩序和制度社会则是建立人类文明社会的基本要求。孔子的这种人道主义和秩序精神是中国古代社会政治思想的精华。孔子的政治思想核心内容是“礼”与“仁”，在治国的方略上，他主张“为政以德”，用道德和礼教来治理国家是最高尚的治国之道。这种治国方略也叫“德治”或“礼治”。这种方略把德、礼施之于民，严格遵循等级制，把贵族和庶民截然划分为治者与被治者，打破了贵族和庶民间原有的一条重要界限。
后世很多名着经典都有孔子的故事，就比如：《史记》记载，一日孔子乘着一辆马车周游列国来到一个地方，见有一孩子用土围成了一座“城”，坐在里面。孔子就问：“你看见马车为什么不躲开呀？”
那孩子回答：“人们说您孔老先生上晓天文，下知地理，中通人情。可是，今天我见您却并不怎么样。因为自古到今，只听说车子躲避城，哪有城躲避车子的道理呢？”
孔子愣了一下，问：“你叫什么名字？”孩子答道：“我叫项橐。”孔子为了挽回面子，就想出了一连串问题来为难项橐，但是都被项橐巧妙地化解了。孔子觉得这孩子知识渊博，连自己也辩不过他，只得长叹一声，俯下身子和蔼地对项橐说：“后生可畏，我当拜你为师。”回头对弟子们讲：“三人行必有我师，要不耻下问。”
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