桓温后事也是纷乱如麻，诸子才能平庸，品行低劣，考虑到世子桓熙实在不行，桓温把统领兵众的权利交给了弟弟桓冲。
这就惹恼了他的两个嫡子，桓熙和桓济。这两个逆子，联合那个被贬的叔叔桓秘，暗中谋划，要一起去做掉桓冲。
桓冲颇有兄长风范，文韬武略是一等一的，早有所防备，他知道有埋伏，并没有着急入府吊唁，而是派身强力壮的士兵先拘捕了桓熙、桓济，然后才前去吊丧，最后桓秘被废黜，桓熙、桓济也被迁徙到长沙的荒远之地。
可能这也是桓温事先预料到的，他的遗嘱里跟本没提那两个儿子，而是立小儿子桓玄为继承人，当时桓玄才五岁，继承了南郡公爵。
孝武帝司马昌明下诏，依据汉代霍光及安平献王司马孚的旧例安葬桓温。
桓冲既代桓温，极其尽忠王室；有人劝他进一步，专执时权；
桓冲严词拒绝了。
原来桓温在时，死罪皆专决不请，说杀就杀。桓冲认为生杀大权太过重大，把审批权利还给了朝廷。
可以这么说，桓温比祖逖强，他有个好弟弟，最终明白了哥哥的苦心。
这也是北方如火如荼，十六国大多胡族的主要原因，汉族有个最大的问题，起兵之时要不要自立为帝？立了就是反晋，不忠不义，难得人心，不立左右擎肘，啥也干不成！胡族没有这个顾虑，于是跃马中原，开创帝业！
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