马士英的次子马锡，计六奇《明季南略》曰：“（弘光元年三月）十二乙未，自劾师久无功。请荫内官三人，各锦衣千户世袭。阮大铖荐马锡充总兵，仍莅京营。锡即士英长子，以白衣径仕。”作者计六奇将马锡误作“士英长子”。刘廷锡《广阳杂记》记录了其结局：“马锡，士英子也，为禁军提督。大兵渡江，枭首于市。”
马士英的堂妹夫杨龙友坚持抗清，于1646年被杀害，同时遇害的还有其全家三十六口人。可是杨龙友因为是马士英的亲戚，也遭到各种诋毁和污蔑。
也就夏完淳父子因为给马士英说了几句公平话，还遭到黄宗羲的恶毒谩骂。到处编造野史，马士英之死明明没有任何疑问，东林党人也承认是“事具国史”，却偏偏加一段“野史”，故意写马士英被俘后，大铖、国安父子投降，暗示马士英也同时投降了，随后清廷发现马士英、阮大铖、国安父子有通敌文书，于是才将已经投降的马士英等人杀害。杀害的地点居然是福建延平城（事实上马士英始终在浙江北部，和福建根本风牛马不相及）。
就是马士英这个贪腐问题……“弘光即位南京，无一善政，用马士英为相，卖官鬻爵，贿赂公行。民间传诵，京中有西江月词一阕云：“弓箭不如私荐，人材怎比钱财。吏兵两部挂招牌，文武官员出卖。四镇按兵不举，东奴西寇齐来。虚传阁部过江淮，天子烧刀醉坏。”歌谣甚多，余但录此，以见时事大都如此。”（《历年记》）
朱媺娖提点道:“我意加百官俸禄，马先生在这方面名声就不好，还请多加注意。”
“臣不敢。”马士英连忙跪下受宠若惊地说道。
“好了马先生，你且回府，无旨不得外出，待我登基以后，自会相召。”朱媺娖说完以后，马士英连连叩首谢恩。
马士英心情非常的好，朱媺娖也因为多了一只黑手套而心情愉悦，用马士英做黑手套，她可一点儿都不心疼。
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