少有志节，通晓经学，才性敏畅，不以家势为名，交结英豪，在河南缑氏界中立精舍，门徒常有二百人。
汉灵帝时，杨琦便入补为侍中。
灵帝去世后，杨琦再次入朝，迁为侍中、卫尉，跟随刘协迁都长安，有功于国。
兴平二年，杨琦与黄门侍郎丁冲、钟繇、尚书左丞鲁充、尚书郎韩斌及李傕手下大将杨奉、军吏杨帛共同谋诛李傕。
恰逢李傕因其他事杀死杨帛，杨奉便率兵投向郭汜。
西凉军势力衰弱，献帝得以东归。
当时，刘协车驾出长安东归，到达宣平门，即将渡桥。
郭汜的士兵拦住桥问：“车上是天子吗？”
车驾不得向前，李傕的士兵都拿戟护在乘舆左右，侍中刘艾大呼：“车上正是天子！”
同时，杨琦高举车帷，维持刘协的威仪。
献帝才得以出面对士兵说道：“你们不退后，怎么还敢逼近至尊？”
郭汜士兵震慑于天子威仪，方才撤退。
车驾成功过桥后，随从士民皆呼万岁。
献帝迁都许县的时候，杨琦便病逝了，追论杨琦之功，封他的儿子杨亮为阳成亭侯。
而这，并不是结束，紧随其后的还有另一人站出来继续刺激士人的神经，并加剧内战。
刚刚在江夏打了胜仗而报捷的荆州刺史向郎，也就此事进行了上书。
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