尽管取得了一些胜利，但断断续续的搜套并没能从根本上遏制蒙古入犯。
早在天顺中，石彪镇大同，请置城于威宁海，不果。在王越取得红盐池之战、威宁海之战、黑石涯之战、收橐驼城的胜利后，成化二十年，李晟上奏威宁海、河套可耕可牧，请置城移民，因以荐用旧臣，非所宜言，降调为通判，下锦衣卫狱。
致使后世明朝北虏之众凡有三窟，一屯河套，近延绥；一屯威宁海子之北，近大同；一屯北口青山，近宣府。
成化二十年（1485年）之后蒙语部族犯庄浪卫，以及正德朝亦不剌入居西海一带，于是在“套寇”之外，又逐渐形成了“陕西三大寇”中的“松寇”“海寇”。
在复套、搜套并未取得理想效果的情况下，遂有人倡筑墙防守之说，也就是修筑长城以防御蒙古族不时的入掠，此议为宪宗采纳，于是开始了明代在河套地区大规模修筑长城的活动。
都掌蛮是古代南方僰人的后裔，明代居于四川省叙州府，明代以前，历代中央政府对“都掌蛮”采取的是羁縻之策，明初在当地改土归流，由于流官不谙地方事务，官民矛盾与民族矛盾交织。
朱见深登基后，初欲征讨，经周洪谟奏请改为招抚之策；明廷准备在当地重设土司，任用“都掌蛮”首领管理。
但是，在叙州负责招抚事宜的都御史汪浩却设计诱骗诸首领进见，一举残杀了270余人，造成明政府与“都掌蛮”矛盾的彻底激化。
在战争中，都掌蛮充分利用了熟悉地形的优势且骁勇善战，歼灭贵州、四川的多路明军，先后攻破戎县、珙县、长宁、江安、纳溪等县。
成化三年（1467年），明廷以程信、李瑾为统帅，大规模调集军队围剿都掌蛮，至成化四年（1468年）战争结束，明军获胜。
是役明军付出很大代价，而都掌蛮亦遭重创，直到万历以前未再发生大规模暴乱。
明朝成化、弘治年间，帖木儿帝国使臣由陆路贡狮、海道回国，又从海路入贡过程以及明廷的反应。
表面上这是皇帝、宦官、政府官员对贡狮和贡路的争执，实际上反映了明朝中后期明朝对朝贡政策如何调整的问题。
由于明朝大臣竭力反对，帖木儿帝国来华贡路复归于陆路。
明朝也由此丧失了加强海路贸易的机会，为以后葡萄牙人东占满剌加留下了空隙，太监韦眷占极大因素。
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