一开始，王守仁来了个疑兵之计。
他深知如果宁王顺长江东下，那么应天肯定保不住。
作为留都的应天丢了，叛军在政治上就会占有一定的主动，平叛就会有困难。
当时王守仁平定盗贼后兵符已上交兵部，手中无兵。
在江西境内的朝廷官吏都来帮助守仁，又在袁州聚集各府县士兵，征调军粮、制造兵械船只。
王守仁假装传檄各地至江西勤王，在南昌到处张贴假檄迷惑宸濠，声称朝廷派了边兵和京兵共八万人，会同自己在南赣的部队以及湖广、两广的部队，号称十六万，准备进攻宁王的老巢南昌。
为争取时间集结军队，又写蜡书让朱宸濠的伪相李士实、刘养正劝宸濠发兵攻打南京，又故意泄露给宸濠。
此时，李、刘二人果然劝宸濠进兵南京，宸濠大疑，按兵不动。
宁王犹疑不定，等了十多天，探知朝廷根本没有派那么多的兵来，才沿江东下，攻下九江、南康两城，逼近安庆。
而在朱宸濠率兵六万自九江沿江而下、窥伺南京的时候，王守仁已经率领仓促组建的八万平叛军，直捣宁王的老巢——南昌，迫使朱宸濠回援。
当时有人建议王守仁往救安庆，他不肯，分析说：如果救安庆，与宁王主力相持江上，而南康和九江的敌人就会乘虚攻我后背，我们腹背受敌；而我们直捣南昌，南昌守备空虚，我们的军队锐气正足，必可一举而下；宁王必定回救，到时我们迎头痛击，肯定会取胜。
后来的事实果如王守仁所料。
此时守仁大军已集结完毕。
宸濠精锐都前往安庆，留守南昌的兵力空虚，守仁率兵攻打南昌，宸濠回兵救南昌。
最终双方在鄱阳湖决战，经过三天的激战，宁王战败被俘，宁王叛乱历时35天后宣告结束。
然而，平叛大功却没有得到武宗的认同。
武宗身边的佞幸之臣，平时与宁王交往密切，心态极端复杂。
一些佞幸之臣希望王守仁将朱宸濠释放，然后再让已经南巡的武宗亲自“擒获”朱宸濠，以满足武宗的虚荣心。
面对这样复杂的情势，王守仁急流勇退。
他将朱宸濠交付当时尚属正直的太监张永，然后称病，以避免卷入更多的政治事端中。
所以，终武宗一朝，王守仁平叛之功没有得到朝廷的封赏。
直到世宗即位以后，王守仁才加官晋爵。
正德十六年（1521年），明世宗即位，由藩王入继大统的世宗，在对王守仁有过短暂的赏识之后，便对这位非常能干的臣子采取了冷漠的态度。
在世宗即位之际，王守仁因父老请归，世宗说王守仁有擒贼平乱之大功，正要论功行赏，不许他辞官。
同年七、八月，先升其为南京兵部尚书，不许他推辞，稍后又准许他顺路回去探视父亲。
不久，加封王守仁为新建伯，世袭。
嘉靖元年（1522年），父亲王华去世，王守仁回乡守制。
嘉靖六年（1527年）九月，在赴广西平叛前夜，他在天泉桥留心学四句教法：无善无恶心之体，有善有恶意之动。知善知恶是良知，为善去恶是格物。
嘉靖六年（1527年），思恩、田州的民族首领卢苏、王受造反。
总督姚镆不能平定，于是下诏让守仁以原先的官职兼左都御史，总督两广兼巡抚。
黄绾借此机会上书争辩守仁的功绩，请赐给他铁券和岁禄，并叙录平定宁王叛乱功臣，世宗都答应。
十二月，守仁军至思恩，卢苏、王受早就听闻了守仁平定盗贼和叛乱的能力，所以心中十分害怕，直接投降了王守仁。
嘉靖七年（1528年）二月，王守仁率湖广兵抵达南宁，而卢苏、王受刚归降，愿意立功自赎。
王守仁于是派遣大臣商议，并命湖广佥事汪溱、广西副使翁素、佥事吴天挺及参将张经、都指挥谢佩监湖广土兵，袭剿断藤峡叛军。
此后仍然总督分永顺兵进剿牛肠等寨，保靖兵进剿六寺等寨，约好以四月初二各至抵达地点。
当时，叛军听闻明军檄湖广土兵抵达，均逃匿深险之中；又听闻卢苏、王受归降，王守仁进驻南宁，故以为王守仁以散遣诸兵布阵，于是防备弛缓。
叛军退守永安力山，仍然被王守仁围困的大军打败，溃军为副将沈希仪斩杀。
至此，断藤峡叛军几乎全军覆没。
平乱后，王守仁因肺病加重，向朝廷上疏乞求告老还乡，推荐勋阳巡抚林富代替自己，不等朝廷的批复就回去了。
嘉靖七年十一月二十九日卯时（1529年1月9日8时）病逝于江西南安府大庾县青龙港舟中。
临终之际，弟子问他有何遗言，他说：“此心光明，亦复何言！”
丧过江西境内，军民都穿着麻衣哭送守仁。
先前因平定宁王叛乱封特进光禄大夫、柱国、新建伯。
隆庆时追赠新建侯，谥文成。
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