后醍醐天皇在推行建武新政时出现诸多失误。在赏赐方面，他未能满足武士们的期望，导致武士对新政越来越失望。希望复兴武家政治的武士越来越多，而足利尊氏成为了这些武士的希望寄托所在。在这种形势下，公家与武家之间产生了激烈的对抗。足利尊氏与对足利尊氏抱有警戒心的护良亲王的对立表面化。护良亲王策划袭击足利尊氏，但因足利尊氏用强大的兵力守卫自身，护良亲王的计划未能成功。
建武元年（1334年）十月，足利尊氏对后醍醐天皇施加强大压力，迫使后醍醐天皇向足利尊氏屈服，下令捉拿护良亲王。
六、反叛朝廷
建武二年（1335年）七月，北条高时的遗子北条时行在关东举兵，对建武新政不满的近国武士们迅速聚集，形成了极大的势力。北条时行带领大军迫近镰仓，足利直义迎击，但战败，之后他杀死了幽闭中的护良亲王，并奉成良亲王西走。足利尊氏接报后，向朝廷请求让自己东下讨伐北条时行，并要求担任征夷大将军，管领东国，但未得到敕许。结果，成良亲王被任命为征夷大将军，足利尊氏仅被任命为征东将军。足利尊氏在没有得到朝廷准许的情况下，于八月二日离京，在三河国与足利直义的势力合流，击破各地叛军，陆续前进，十九日收复镰仓。此即中先代之乱。
八月三十日，后醍醐天皇遥授足利尊氏从二位。十月，后醍醐天皇派藏人头中院具光赴镰仓，催促足利尊氏返京。足利尊氏有意回京，但被足利直义阻止，于是他拒绝奉诏，并在源赖朝旧址开置府治，自署征夷将军东国管领，对诸将进行赏赐，笼络人心，甚至连北条氏的党羽也争相归附他。足利尊氏欲借后醍醐天皇之手除掉新田义贞，乃夺新田氏在东国的地邑，全部分配给部下。足利直义也秘密移书四方，招集兵士，而京都公卿也“屡奏尊氏反状”，后醍醐天皇只是派僧人惠镇到镰仓借宣旨之名打探情况而已。惠镇尚未成行，足利尊氏请讨新田义贞的上书就在十一月十八日传至京都，将新田义贞比作赵高，自比章邯，导致京都震动。后醍醐天皇这才确认足利尊氏要反，遂派尊良亲王、新田义贞等领兵讨伐足利尊氏，并在十一月二十六日正式削夺足利尊氏官爵。
足利直义与诸将戎装见足利尊氏，请求他出兵迎战官军。足利尊氏不愿蒙受反叛之名，默然良久后，对足利直义等人说：“我以源氏之宗，承久已来，为北条氏所抑制，今日乃获位二品。职忝阃寄，虽以微功，亦帝恩矣，义不可背。今者被谴，正以戕亲王与招兵故也，而二者皆非我所为。陈情控诉，冀其弭疑；或不见听，便当薙发遁世以自明无罪耳。卿等善为身图，我不敢弯弓向王师矣。”还没说完，就“作色而起”，令足利直义等“相顾错愕”。他遁入建长寺，欲剃发为僧，在左右的劝阻下没有马上剃发。其后，足利直义与诸将私下决定迎战官军，结果在十二月五日兵败手越河原，新田义贞率军追至伊豆。在此千钧一发的时刻，足利直义与上杉重能等伪造数十道纶旨，要求追捕足利尊氏兄弟，“以正朝宪”。足利直义将这些纶旨带到建长寺，出示给足利尊氏，并怂恿道：“是手越之战所获。上意如此，公纵遁于桑门，恐不得免，愿思门户之计。”足利尊氏便奋然而起，说：“死生与汝俱！”马上脱下僧服，穿上锦直垂，领兵出战。十二月十一日，足利尊氏在竹下、足利直义在箱根山击败官军，翌日战于佐野山，大友贞载、盐冶高贞倒戈投奔足利尊氏，官军溃败。十三日，又败官军于伊豆。足利尊氏遂率军长驱西进。
建武三年（1336年，延元元年）正月，足利尊氏至近江国，攻陷伊岐洲城，在山崎击破胁屋义助所率官军。正月十一日，攻入京都。其后一个月，足利尊氏欲进攻后醍醐天皇所在的延历寺，与胁屋义助、楠木正成等反复拉锯，战局不利。赤松则村劝足利尊氏到九州募兵，再取京都。于是足利尊氏于二月十二日率兵渡海赴九州，二十日抵达大宰府之赤间关，期间十分狼狈，士兵两千人溺死海中，接着又分遣诸将守备在本州的根据地，所以只有五百人与他相随，受到当地豪族少贰赖尚的迎接。三月初二日，足利尊氏在多多良滨击败菊池武敏所率数万官军，在九州站稳脚跟。后醍醐天皇又派新田义贞西征足利尊氏，足利尊氏也决意东进，为师出有名，他请来持明院上皇（光严天皇）的院宣，从而造成“两帝争国”的局面。四月初三日，足利尊氏让一色范氏等留在九州，率领少二、大友等九州势力离开博多。途中与中国、四国势力会合，兵分两路，足利尊氏从海路率七千艘水师、足利直义取陆路率二十万大军向东进发。四月二十五日，在兵库和田岬击败新田义贞军，在凑川之战全歼楠木正成的军队。后醍醐天皇在二十七日逃往比叡山。二十九日，足利直义的军队进入京都。足利尊氏也在六月十四日奉光严天皇及其皇弟丰仁亲王进京。八月十五日，丰仁亲王在没有神器的情况下即位，是为光明天皇。之后两军持续交战，由于名和长年等人的战死，后醍醐天皇方面败相毕露。后醍醐天皇命令新田义贞奉恒良、尊良两亲王前往北陆，自己则于十月十日按照足利尊氏之前的邀请返京，十一月二日，授予光明天皇神器。建武新政在仅仅两年半后就宣告结束。
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