九月十八日，慈禧在热河行宫让她的妹夫、醇郡王奕譞草拟了一份谕旨，准备回京后发布。九月二十三日，咸丰帝的灵柩从避暑山庄启运回京，慈禧、慈安和同治帝在丽正门外恭送灵柩上车后，即从小路先行返回北京，同行的有载垣、端华、景寿、穆荫。肃顺则与奕?等人随灵柩后行，这样巧妙地将辅政大臣中的核心人物分割开来。
九月二十八日，慈禧一行抵达石槽，钦差大臣胜保奏请慈禧亲理大政，并简派近支亲王辅政。二十九日，慈禧一行进入北京德胜门回宫。三十日，大学士贾桢、周祖培，户部尚书沈兆霖、刑部尚书赵光联名上疏，请求慈禧亲操政权，并参照前朝太后临朝的先例，下令廷臣商议实施。
政变时机成熟，慈禧随即以皇帝的名义发布了早已在热河拟好的上谕，指控载垣、端华、肃顺等人未能尽心和议、阻挠咸丰帝回銮、反对太后垂帘等罪名，将他们解任，并令其余辅政大臣退出军机处。随后，载垣、端华、肃顺被革去爵职并被捕。不久，肃顺被处决，载垣、端华被赐死，其余辅政大臣均被革职。
肃顺临刑前曾抱怨自己“没想到上了小娘们的当”。之后，慈禧决定改年号为同治，以次年为同治元年。
咸丰十一年十一月一日（1861年12月2日），同治帝奉两宫皇太后前往养心殿，举行了垂帘听政的大典。奕?被任命为议政王、军机大臣，并负责总理各国事务衙门事务，集内政外交大权于一身。至此，“二宫垂帘，亲王议政”的格局正式确立
三、两宫垂帘
短暂的“中兴”
慈禧与慈安掌握最高权力后，清廷经历了一段相对稳定的时期，史称“同治中兴”。这一时期，慈禧与慈安合作，采取了一系列措施来巩固自身的统治地位，并在一定程度上稳定了清朝的内外局势。
首先，慈禧着手清除“肃党”，即以肃顺为首的反对派。肃顺等辅政大臣在辛酉政变中被罢黜，甚至被处决或赐死，这极大地削弱了反对慈禧的力量，使她得以更加稳固地掌控朝政。与此同时，慈禧任命奕?为议政王，并委派奕譞掌管神机营，训练精兵，进一步加强了她在军事上的实力。
在政治改革方面，慈禧听取了奕?的建议，鼓励朝臣直言朝政弊端，要求他们提出具体的意见和建议。这一举措显示了慈禧愿意听取不同意见的开放态度，也表明她希望通过改革来改善朝政。这一时期，慈禧对奕?的信任达到了顶峰，奕?在处理政务时享有较大的自主权，他任用了一批有才能的地方官员，如曾国藩、李鸿章、左宗棠等，这些人组织起了地方武装，如湘军、淮军和楚勇，成为镇压内乱的主要力量。
依靠这些地方武装，清廷在短时间内镇压了太平天国、捻军等大规模的农民起义，并平定了云南、贵州、陕西、甘肃等地的苗民和回民起义。这一系列的胜利不仅稳定了国内局势，还为清廷赢得了宝贵的喘息时间。
在对外政策上，慈禧采取了较为务实的态度。她支持洋务派提出的“自强”和“求富”方针，积极引进西方的军事技术和工业技术，创办了一批新式的军事工业和民用企业，如江南制造总局、福州船政局等。这些举措不仅增强了清朝的军事实力，也在一定程度上推动了中国的工业化进程。
然而，慈禧同时也支持顽固派对洋务派的牵制，以防止任何一方力量过大而威胁到她的统治。这种平衡策略在短期内有效地维护了清廷的稳定，但也限制了改革的深度和广度。总之，慈禧、慈安与奕?三人合作期间所取得的政绩，被时人誉为“同治中兴”。
叔嫂斗争
随着慈禧地位的巩固，她与奕?之间的矛盾逐渐加剧。同治四年（1865年）发生的“蔡寿祺事件”揭开了两人权力斗争的序幕。
当年三月四日，翰林编修蔡寿祺上疏弹劾奕?，指责他贪污、骄傲、揽权、徇私，并建议他归政朝廷，退居藩邸，另选贤能议政。蔡寿祺的奏折提交后，慈禧并未立即处理，而是将其“留中”处理。当奕?朝见时，慈禧告知他有人弹劾，并将折子给他看。奕?询问是谁所为，慈禧告知是蔡寿祺。奕?随即表示蔡寿祺不是好人，并要求将其逮捕审讯。慈禧与慈安对此非常愤怒，当日便召见大学士周祖培等人，打算以重罪处置奕?。然而，诸臣请求先查明事实再定罪。
随后，大学士倭仁、周祖培等在内阁讨论，并召蔡寿祺前来供述。最终，在三月初七日，他们上奏认为蔡寿祺的指控缺乏实据，并暗示奕?若能严格自律，就不会屡遭非议。慈禧接到这一模棱两可的覆议后，立即召见了他们，并交给他们一份措辞严厉的朱谕，指责奕?自议政以来妄自尊大、目无君上，甚至暗中离间他人。慈禧谕令革去奕?的一切职务，并要求众臣执行。
这一决定引起了众多亲王和大臣的反对。惇亲王奕誴上书慈禧，认为奕?并无明显劣迹，仅在语言上有所不检，建议慎重处理。慈禧随即召见了孚郡王奕譓及军机大臣文祥等人，指示他们召集王公大臣及翰詹科道在内阁会议，讨论此事。会议前，慈禧态度反复，先是表示对奕?仍有信心，后又严厉批评奕?，要求诸臣“为我平治之”。
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