九月十八日，慈安和慈禧在热河行宫命令醇郡王奕譞起草了一份谕旨，并将其藏于自己的衣服内，准备回到北京后立即发布。为了分散八大臣的力量，她们巧妙地安排了行程，使得载垣、端华、肃顺三人被分隔开来。
九月二十三日，慈安、慈禧与同治帝从热河返回北京。途中，胜保奏请两宫太后亲理大政，并另 简 近 支亲王辅政。二十九日 未 时 ，慈安与同治帝同乘一辆车，慈禧随后，一行人进入德胜门回宫。
九月三十日，大学士贾桢、周祖培，户部尚书沈兆霖，刑部尚书赵光联名上书，请求两宫太后亲操政权。当天，两宫太后以同治帝的名义发布了早已准备好的上谕，宣布将载垣、端华、肃顺革去爵职，并予以逮捕。不久，肃顺被处斩，载垣、端华被赐令自尽，其余大臣如景寿、穆荫、匡源、杜翰、焦佑瀛等均被革职或发配边疆服役。
四、两宫垂帘
咸丰十一年（1861年）十一月初一（12月2日），随着同治帝载淳正式即位，两宫皇太后慈安与慈禧开始了她们长达数十年的垂帘听政。这一天，载淳在养心殿首次与两宫皇太后一起垂帘听政，标志着“二宫垂帘，亲王议政”的格局正式确立。同时，恭亲王奕?被任命为议政王、军机大臣，并管理总理各国事务衙门，年号也被改为“同治”。
同治元年（1862年）正月，慈安与慈禧在慈宁宫接受了同治帝及王公大臣们的朝贺，这一仪式此后成为了每年的传统。同年四月二十五日（5月23日），同治帝为两宫皇太后上徽号册宝，正式尊称慈安为“慈安皇太后”，她也因此获得了“东太后”、“东佛爷”的称号。
慈安的性格被描述为“浑厚”，在面对大臣时，她通常沉默寡言，需要慈禧在一旁为其解读奏疏内容。因此，在两宫垂帘期间，慈安经常让位于“性机敏，锐于任事”的慈禧。然而，慈安的信任并没有让慈禧独揽大权，后者仍然会在涉及重大朝政决定时征求慈安的意见，显示出对嫡庶之分的尊重。恭亲王奕?的存在也为两人之间的合作提供了一定程度的协调作用。
尽管慈安在日常政务处理上显得较为退让，但在一些关键性的决策中，她仍然发挥了重要作用。例如，在平定太平天国起义过程中，她支持诛杀何桂清、处死胜保，并赏赐曾国藩、左宗棠、李鸿章等重要将领以爵位。特别是1869年，慈安授权山东巡抚丁宝桢诛杀了违规出京的内监安德海，这一决定赢得了广泛的赞誉，体现了她在关键时刻的决断力。
同治十一年（1872年），随着同治帝大婚，慈安的徽号被加上了“端裕”二字。次年，同治帝年满十八，慈安与慈禧撤帘归政，但这一短暂的归政并未持续太久。同治帝于同治十三年（1874年）十一月初十（12月18日）病逝后，慈安与慈禧再次垂帘听政，并立奕譞之子载湉继位，即后来的光绪帝。
光绪二年（1876年）慈安迎来了她的四十岁生日，徽号增加了“昭和庄敬”四字，至此她的全称为“慈安端裕康庆昭和庄敬皇太后”。光绪帝即位后，慈安逐渐退出了具体的政务处理，将更多的事务交由慈禧处理或是委托军机处。然而，在某些特定场合，如光绪六年（1880年）致祭东陵时，慈安依然展示了她在礼仪问题上的权威，使得慈禧不得不作出妥协。
五、中年病崩
光绪七年（1881年），对于晚清政坛来说是一个重要的转折点。这一年，慈禧太后突然患病，无法处理政事，慈安太后不得不独自承担起处理朝政的责任。然而，慈安素来不擅长处理复杂的政务，这一突如其来的重任让她感到压力巨大。
三月初九日，慈安太后突然感到不适，起初只是轻微的风寒症状。宫廷医生立即为她开具了药方，并给予了精心的治疗。然而，病情的发展超出了所有人的预期，不到一个时辰，慈安的病情急剧恶化。她出现了严重的类似风痫的症状，如神志不清、牙关紧闭、呼吸困难、痰阻气道、大小便失禁等一系列严重症状。
次日（即三月初十日，公元1881年4月8日），慈安太后的病情进一步加重，最终在戌时（相当于现在的晚上七点到九点之间），在钟粹宫内不幸逝世，享年仅四十五岁。慈安的突然离世震惊了整个朝廷，人们对于她的突然病逝感到非常意外和悲痛。
慈安去世后，朝廷立即着手准备丧葬事宜。五月十三日（6月9日），朝廷追赠她为“孝贞慈安裕庆和敬仪天祚圣显皇后”。九月十七日卯时（凌晨五点到七点之间），慈安的灵柩被安葬于昌瑞山南麓偏西的普祥峪定东陵。九月二十二日，慈安的牌位被供奉于太庙，完成了最后的祭祀仪式。
慈安的去世意味着晚清政坛失去了一位重要的领导者。她的逝世不仅对当时的政局产生了影响，也成为了历史上的一个重要节点。慈安在世时，虽然在日常政务上不如慈禧活跃，但在关键时刻，她展现了自己的政治智慧和决断力，为晚清政府维持了一定的稳定局面。
到了宣统元年（1909年）四月，慈安的谥号又被追加了“诚靖”二字，至此，她的完整谥号为“孝贞慈安裕庆和敬诚靖仪天祚圣显皇后”。这一追赠体现了后世对其一生功绩的高度评价，以及对其品德的认可。
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