同治元年（1862年），随着战争形势的发展，杨岳斌调整了自己的部署，将主力移至乌江一带，准备发起新的攻势。在金柱关、龙山桥等地的战斗中，杨岳斌指挥部队斩杀了太平军首领陈绪宾，并摧毁了护驾墩、石垝等地的敌军营垒，从而稳固了江宁大营的后方防线。
次年，即同治二年（1863年），杨岳斌随曾国藩前往天京前线进行实地考察，并参与制定了合围天京的战略计划。与此同时，他还率领部队清理了长江沿岸的各个关隘，确保了整个水域的安全。同年十月，湘军各部完成了对天京的包围，为最终攻克这座太平天国的心脏奠定了基础。
当同治三年（1864年）到来时，清廷赋予了杨岳斌更大的权力，任命他督办江西和皖南地区的军务，并允许他节制各路援军。不久之后，杨岳斌又被授予陕甘总督一职，但他需要先完成平定太平军的任务才能正式赴任。随着天京城破的消息传来，杨岳斌因功加封太子太保和一等轻车都尉世职。此后，他带领部队先后攻克南昌、赣州等地，并接收了十多万投降的太平军残余势力，彻底肃清了该区域内的反抗力量。
四、总督甘肃
同治四年（1865年），杨岳斌率领新组建的十个营抵达西安，准备前往甘肃赴任陕甘总督。然而，就在这个时候，北方的局势发生了剧变——蒙古王公僧格林沁在与捻军作战时阵亡，这对清廷来说是一个沉重的打击。为了加强京畿地区的防御，朝廷命令杨岳斌暂时放弃前往甘肃，转而负责拱卫京师。面对这一新的任务，杨岳斌向朝廷上表，请求解除陕甘总督的职务，专注于剿灭捻军。但是，他的请求并未得到批准，最终他还是被派往甘肃兰州府担任总督。
当时，甘肃正面临严重的内部动乱。回民起义导致了军政体系的严重混乱，雷正绾和曹克忠在金积堡的战役中遭受了重大失败，都兴阿和穆图善虽然围攻宁夏，但进展缓慢。整个甘肃省的军队疲惫不堪，各省的援军迟迟未到，加上粮道受阻，府库空虚，使得局势更加艰难。杨岳斌到达后，立即着手解决这些紧迫的问题，多次上书朝廷请求从其他省份调拨钱粮，并计划进军灵州以稳定局势。然而，不久之后，陶茂林和雷正绾的部队相继发生叛乱，这进一步加剧了甘肃的动荡。
到了同治五年（1866年），杨岳斌亲自前往泾州和庆阳视察军队，希望能够提振士气并加强前线的防御。但就在这时，兰州爆发了一场兵变，士兵们逼迫布政使林之望向朝廷上书，指控杨岳斌分配粮饷不公。面对这一突发情况，杨岳斌迅速采取行动，命令曹克忠返回平息叛乱，并处决了百余名主要的叛乱分子。尽管如此，由于他在处理过程中私自拆阅了林之望的奏折，违反了官场规矩，最终被革职留任，降为三品顶戴。这一事件不仅影响了他的个人声誉，也反映了当时地方官员之间复杂的权力斗争。
随后，清廷决定由左宗棠接替杨岳斌出任陕甘总督，以期能够更好地应对甘肃的复杂局势。然而，在左宗棠尚未正式到任之前，杨岳斌已经感到力不从心。同治六年（1867年），他再次向朝廷上书，声称自己的病情加重，无法继续履行职责，请求允许他返回家乡养病。考虑到当时的实际情况，清廷同意了他的请求，并任命穆图善暂时代理总督一职，直到左宗棠到来。
五、晚年复出
光绪元年（1875年），随着长江水师的建立，清廷认识到需要一位经验丰富的将领来整顿和管理这支新成立的部队。由于提督以下的许多将领都是杨岳斌的旧部，朝廷决定任命杨岳斌与彭玉麟共同巡阅长江，以整顿水师并加强江防。这一任命不仅显示了对杨岳斌军事才能的认可，也反映了他在湘军中的威望和影响力。
尽管被赋予重任，杨岳斌却多次上书请求辞去差使，希望回乡奉养父母。然而，他的请求直到光绪五年（1879年）才得到朝廷的批准。在这几年中，杨岳斌在长江沿岸进行了大量的工作，包括训练士兵、整顿军纪、加强防御设施等，为长江水师的稳定和发展做出了重要贡献。
到了光绪九年（1883年），中法战争爆发，法国侵略越南，并威胁到中国的南部边境。面对这一新的挑战，清廷再次想起了杨岳斌，任命他为会办福建军务。但此时杨岳斌的母亲已经年迈且病重，因此他上书朝廷请求辞去职务，以便照顾母亲。清廷虽然理解他的处境，但仍希望他能在母亲病情稍有好转时赴任福建。
光绪十年（1884年），随着战局的发展，清廷认为“军情万紧”，不能再等待下去，于是要求杨岳斌“移孝作忠”，改任他为帮办江南军务。不久后，当法军占领台湾基隆时，杨岳斌又被任命为帮办福建军务。在这一系列变动中，杨岳斌展现了高度的责任感和服从精神，迅速前往漳州、泉州一带驻军，并积极联络当地缙绅，准备渡海支援台湾。
光绪十一年（1885年），杨岳斌终于率十二营军队赴援台湾。他的到来极大地鼓舞了台湾军民的士气，人们欢腾不已。在台湾期间，杨岳斌不仅组织防御，还积极参与战斗，有效地抵御了法军的进攻。随着中法和议的达成，杨岳斌完成了使命，返回家乡继续奉养双亲。为了表彰他的贡献，清廷将他的画像绘制于紫光阁，这是对功臣的一种极高荣誉。
然而，好景不长，光绪十六年（1890年），杨岳斌因病在乾州家中逝世，享年六十九岁。清廷追赠他为太子太保，并赐谥号“勇悫”。此外，朝廷还按照总督的标准给予抚恤，并修建专祠以纪念这位杰出的将领。
六、结语
杨岳斌一生戎马倥偬，经历了从地方武装力量领袖成长为国家重臣的过程。他对维护清朝统治稳定作出了巨大贡献，尤其是在镇压太平天国以及保卫中国沿海安全方面表现尤为突出。
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