然而，富察·奎林的性格中有着嗜酒和急躁的一面，这或许是他日后遭遇更多麻烦的原因之一。乾隆五十二年（1787年），参赞海禄上书弹劾富察·奎林，导致他被解职并押送回京接受调查。在经过皇子、军机大臣会同刑部的审理后，富察·奎林因擅自处死罪人而被判杖刑。另一方面，海禄的指控并非完全属实，他也因此受到了相应的处罚。
考虑到富察·奎林是孝贤皇后的侄子，乾隆帝决定给予他改过自新的机会，免除了重罚，改为让他在上虞备用处担任拜唐阿。尽管如此，富察·奎林并未就此沉寂，很快他又被任命为蓝翎侍卫，并逐步晋升为台湾镇总兵。此时正值林爽文起义刚刚平息，但台湾地区仍然存在盗匪横行的现象，严重威胁到了当地百姓的安全。乾隆帝特别指示富察·奎林要严厉打击犯罪行为，富察·奎林也确实按照圣旨行事，多次抓捕并惩治了严重的盗匪，并对那些涉及贪污或参与犯罪活动的军中人员进行了严厉的处罚，从而恢复了当地的秩序。
乾隆五十六年（1791年），富察·奎林被提升为福建水师提督。不久之后，他又被任命为成都将军兼参赞大臣，率领军队前往西藏对抗廓尔喀的入侵。然而，在乾隆五十七年（1792年），当他率军行进至江卡时，突然病发，背上毒疮恶化，最终不治身亡。
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