随着战斗的深入，清军迅速向大金川的腹地推进。阿桂下令福康安率领第一队取道达乌围进攻噶拉依，福康安不负众望，夺取了达河布果碉及当噶克底、绰尔丹等地的诸多山寨。到了十月，福康安进攻达噶木时，亲自带领部队从侧面绕到碉堡背后，成功摧毁了两座坚固的碉堡。
乾隆四十一年（1776年）正月，清军全面围攻大金川叛军的老巢噶拉依。福康安率领部队包围了叛军右翼，攻占了两座大石卡，并用大炮猛轰敌寨。在清军的猛烈攻势下，大金川的首领索诺木终于在压力之下带领其亲属和手下投降，标志着大金川的叛乱被彻底平定。为此，清廷在该地建立了懋功厅来纪念这一胜利。
在大小金川叛乱平定后，清廷对有功之臣进行了奖励。福康安因其卓越的贡献被封为三等嘉勇男。原来福康安继承的云骑尉头衔，则由其兄长福隆安的次子丰绅果尔敏继承。当西征军凯旋回京之时，乾隆帝亲自到京城南郊迎接，并举行了隆重的欢迎仪式。在仪式上，乾隆帝赐给了福康安一匹御用鞍辔马，并在紫光阁设宴款待群臣，赐福康安十二端缎匹和五百两白银作为奖励。此外，乾隆帝还将包括福康安在内的百位功臣的画像收藏于紫光阁，并亲自撰写赞语赞誉福康安：“代兄以往，继父而奋。矜许康励，王臣之茛。登碉夺砦，那须蒙甲。嘉勇锡名，世传勋业。”
随后，福康安由户部右侍郎转任左侍郎。同年四月，他又被晋升为镶白旗蒙古都统，七月份，获得了双眼花翎的荣誉，九月，被调任为正白旗满洲都统，到了十月，甚至得到了在紫禁城内骑马的特权，彰显了他在朝中的崇高地位。
三、总领一方
福康安在大小金川之役中的优异表现，不仅展现了他的军事才能，也赢得了乾隆帝的高度认可。乾隆四十二年（1777年），福康安被任命为吉林将军，负责东北地区的军政事务。次年（1778年），他又被调任为盛京将军，这表明他在军界的地位愈发重要。
乾隆四十五年（1780年），福康安被授予云贵总督的职位，这标志着他正式成为总领一方军政的封疆大吏。上任之初，他就关注到了当地铜厂的问题，并上奏乾隆帝，提出需要详细制定法律法规来规范铜厂运作，并强调用人必须讲求诚信，以此来防止贪污和欺诈行为，确保货币系统的稳定，并禁止非法铸造铜钱。这一建议体现了福康安对治理工作的认真态度和长远眼光。
乾隆四十六年（1781年）七月，南掌国（今老挝）向清朝进贡了四头大象，并请求用其中一头换取一门火炮，以便抵御邻近的交趾等国的侵扰。福康安意识到，如果同意此请求，可能会引发周边国家之间的矛盾，因此他以国家法令规定不得随意提供武器为由拒绝了这个请求，并将大象归还给了南掌国。乾隆帝得知此事后，对福康安的做法表示了高度赞赏。
同年八月，福康安被调任为四川总督，并暂时兼任成都将军的职务。四川和陕西地区历来被视为清朝的军事重地，因此其总督和巡抚的选拔极为严格，通常只由满洲重臣担任。福康安上任后，被赋予了严厉打击“咽匪”的任务。这里的“咽匪”指的是活跃在山区的盗贼或反抗分子，他们经常扰乱地方秩序。
到了乾隆四十七年（1782年）五月，福康安向朝廷汇报说，蜀中的“匪徒”已经被控制住。八月，福康安被提升为御前大臣，并被加封为太子太保，这表明他在朝中的地位进一步稳固。次年初（1783年），福康安回到京城，担任工部尚书的职务。五月，他又被任命为总管銮仪卫大臣、阅兵大臣和总管健锐营事务。到了乾隆四十九年（1784年）三月，福康安再次获得晋升，担任兵部尚书和总管内务府大臣。
福康安因其在战场上的卓越贡献，以及在治理地方和维护国家安全方面的出色表现，逐渐成为了乾隆帝最为倚重的大臣之一。
四、平定民变
乾隆四十六年（1781年），甘肃、青海的回族新教徒因宗教分歧与老教地主之间发生了冲突，引发了大规模的起义，遭到清政府的严厉镇压。到了乾隆四十九年（1784年）四月，回族新教阿訇田五等人在甘肃通渭石峰堡再次领导民众起义，反抗清廷的统治。面对这次起义，西安副都统明善率军前往镇压，但在与起义军交战时，清军不慎落入了起义军设下的埋伏圈，导致全军覆没，明善也在战斗中牺牲。
面对严峻的形势，清廷迅速作出反应，任命福康安为钦差大臣，并授权他带领军队前往甘肃平息民变。福康安随即驰骋千里，赶赴甘肃前线，并被授予参赞大臣的职务，与将军阿桂共同负责此次平叛行动。随着军队的推进，福康安被进一步任命为陕甘总督，负责整个区域的军政事务。
到达甘肃后，福康安与阿桂一起制定了详细的作战计划。他们首先切断了起义军的水源供给，并在各个战略要点布置兵力，逐步压缩起义军的活动空间。起义军的首领马四圭等人试图突围，但阿桂早已命参赞大臣海兰察在各处设下埋伏，阻止起义军的突围。福康安则在前线督战，指挥士兵作战，最终在激烈的战斗中消灭了大量起义军。
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