乾隆五年（1740年），高斌上奏，建议对永定河进行治理。他认为永定河的关键在于保持尾闾的畅通，并提出在三角淀旁边开辟引河，连接大清河老河头与郑家楼水口。为了防止河水向北或南侧溢出，他建议在北岸筑坡埝，在南岸则根据需要进行加固。此外，他还提议在河口处随时进行疏通，并在双营、胡林店、小惠家庄等地点增建三合土滚坝，以降低河水的压力。这些措施旨在通过科学合理的规划来减轻永定河下游的洪涝风险。
乾隆七年（1742年），淮扬地区遭遇水灾，高斌被委派与侍郎周学健及总督德沛等前往灾区进行赈济工作。救灾任务完成后，他回到直隶，并继续关注永定河的治理问题。这一次，他提出了一个更长远的计划，即在永定河上游，也就是桑乾河区域，利用两岸的地形开渠灌溉农田。特别是从山西大同到直隶西宁这一段，他认为如果在山口处采用巨石堆叠的方式建造玲珑水坝，将有助于减缓水流速度，从而减少下游地区的河患。
乾隆九年（1744年），高斌因病接受治疗，期间，乾隆帝派遣太医前去诊视，体现了对他的关心。同年，他反对直隶藁城知县高崶提出的在山东开矿的建议，这一观点得到了朝廷的支持。
乾隆十年（1745年），高斌的官职进一步提升，被加封为太子太保，并担任吏部尚书，负责管理直隶的水利和河道工程。此外，他还被任命为议政处行走，并兼任总管内务府大臣。年底，他成为了经筵讲官，并担任协办大学士、军机处行走，这标志着他在朝中的地位更加显赫。
乾隆十一年（1746年），御史杨开鼎弹劾南河河道总督白锺山隐瞒黄河决堤的消息，高斌与总督尹继善被委派调查此事。最终，白锺山因失职被罢官。在此期间，高斌还提出了关于淮河与黄河水量监测的标准，并强调了闸坝开闭的重要性。同年，淮河水位上涨，乾隆帝再次派高斌前往视察，并采纳了他的建议，豁免了海州、沭阳、赣榆等地区的部分赋税和相关费用。
高斌认为黄水应当合并管理而非分散处理，清水则应当积蓄而不是排放，只有通过对湖泊和河流水势的精确测量，才能确定何时蓄水何时泄洪，从而避免泛滥成灾。这些见解展示了他对水利管理的深刻理解和前瞻性思考。
乾隆十二年（1747年），高斌被任命为文渊阁大学士，进一步巩固了他在朝中的地位。同年，他被派往江南与河道总督周学健共同监督防汛工作。在他的领导下，直隶的水利项目顺利完成，得到了乾隆帝的嘉奖。
四、屡遭贬职
乾隆十三年（1748年），高斌的仕途遭遇了第一次重大挫折。这一年三月，他与左都御史刘统勋一同前往山东查办赈灾事宜。紧接着，他又被派往浙江与总督顾琮一起审理浙闽总督喀尔吉善弹劾浙江巡抚常安贪污的案件。在这个过程中，高斌和其他审理人员对常安的行为采取了较为宽松的态度，这引起了乾隆帝的不满。乾隆帝指责高斌态度含糊，最终部议决定革除高斌的职务，但皇帝出于对其过往贡献的考虑，允许他留任。
闰七月，高斌又被指派兼管江南河道总督的事务，因为原本负责此职的周学健得罪了朝廷。然而，在处理周学健家产的查抄过程中，高斌再次表现出犹豫不决的态度，最终被革去了大学士的头衔，但仍保留了河道总督的职务。
乾隆十五年（1750年），由于之前修建的十字河竹络坝在临黄、临运两地的效果不佳，高斌又一次面临革职的风险，但乾隆帝给予了他宽恕的机会。
到了乾隆十六年（1751年），高斌的命运似乎有所好转。这一年三月，乾隆帝南巡期间，仍旧赋予他以大学士的名义管理河道总督的事务。闰五月，他暂时接管了两江总督的职责。同年八月，面对盱阳县阳武漫工未及时合拢的情况，高斌主动请缨前往协助修筑。乾隆帝对此表示赞赏，并称赞他为急公任事的大臣典范。
然而，好景不长，乾隆十七年（1752年），虽然高斌已经七十岁高龄，乾隆帝仍然对他寄予厚望，并赐诗一首以示表彰。然而，次年，即乾隆十八年（1753年），洪泽湖发生了严重的洪灾，导致邵伯运河的两个闸口被冲毁，高邮、宝应等县遭受水灾。在此背景下，学习河务的布政使富勒赫上奏指出南河公费存在亏空问题，乾隆帝派遣策楞和刘统勋前往调查。调查结果揭露了多名官员的贪腐行为，其中包括外河同知陈克济、海防同知王德宣以及通判周冕等人。乾隆帝对高斌未能及时制止这些违法行为感到极为不满，并因此将他与协办河务张师载一同撤职，但允许他们在工地上效力以赎罪。
同年九月，黄河在铜山张家路决口，水流南下注入灵、虹等县，最终汇入洪泽湖，导致淮河水位上升。乾隆帝对这一事件的发生表示不解，认为既然秋汛已过，为何还会出现如此严重的决堤？他命令高斌前往铜山，在限定的时间内完成堵口任务。在处理过程中，策楞上奏揭发同知李敦和守备张宾涉嫌贪污并延误工期，乾隆帝下令将二人斩首，并让高斌与张师载在场见证行刑，以此作为警示。然而，在行刑后，乾隆帝还是赦免了高斌与张师载，让他们继续留在工地效力。
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