一、崭露头角
蔡毓荣在清朝初期是一个非常重要的历史人物，他的仕途生涯始于顺治年间，并在康熙时期达到了顶峰。在顺治年间，蔡毓荣开始崭露头角，最初被授予佐领一职，同时兼任刑部郎中。不久之后，他又改任京畿道御史，并且兼任参领，显示出了他在朝堂上的快速晋升。随后，他升迁为秘书院学士，这表明他已经成为了朝中具有一定影响力的人物。
到了康熙五年（1666年），蔡毓荣被提拔为刑部侍郎，这是对他之前工作的肯定。两年后，即康熙七年（1668年），他又进一步升迁至吏部侍郎。这样的晋升速度，在当时并不是常见的现象，这表明蔡毓荣不仅有着出色的才能，而且得到了皇帝的信任和支持。
康熙九年（1670年），蔡毓荣被授予了四川湖广总督的重任，并驻扎在荆州。这一时期的中国正处于恢复和发展阶段，特别是经过了长期战争之后的四川地区，面临着人口锐减、土地荒芜的问题。蔡毓荣深刻理解到了这一点，因此在他上任不久后的康熙十年（1671年），他就向朝廷提出了几项重要的建议。他提议应该广泛招募民众来开垦荒地，并且提出了一种激励机制：如果能够招募到三百户以上的农民来开垦，那么给予这些人的管理者一定的奖励，同时规定开垦的土地在五年之内可以免税。此外，他还建议在四川的一些重要军事要地使用类似边境地区的标准来选拔军官。
在康熙十一年（1672年），蔡毓荣再次上书，这次他关注的是教育问题。他提出，那些被派往四川驻守的官兵们的子弟，应该获得在当地参加科举考试的权利，这样既能够解决官兵们的后顾之忧，也能够促进当地的文化发展。这一建议得到了朝廷的认可，并被付诸实施。
到了康熙十二年（1673年），当吴三桂发动叛乱，局势变得紧张之际，蔡毓荣再次展现了他的决断力和领导能力。他请求裁撤遵义的总兵官职位，并改由镇守松潘的将领负责，以提高军事效率和灵活性。
二、三藩之乱
三藩之乱是清朝初年一个重要的历史事件，发生在康熙十二年至康熙二十年（1673年至1681年）。这场叛乱是由平西王吴三桂领导的，旨在推翻清朝统治，恢复明朝的江山。在这场持续多年的冲突中，蔡毓荣作为清廷的重要将领，扮演了关键的角色。
康熙十二年（1673年）十二月，吴三桂在云南宣布反清复明，蔡毓荣立即上书朝廷，报告了吴三桂叛变的消息，并迅速采取行动，派遣沅州总兵崔世禄率兵进入贵州，以阻止叛军的进一步扩张。随后，康熙帝命令提督桑额前往沅州驻守，并任命顺承郡王勒尔锦为大将军，率领八旗军讨伐吴三桂。蔡毓荣则被委以筹备军需的任务，以确保前线作战部队的物资供应。
次年，即康熙十三年（1674年），清廷决定分设四川总督，蔡毓荣被任命为湖广总督。此时，吴三桂的势力已经扩展到了湖南境内，常德、澧州、长沙、岳州等重要城市相继沦陷。由于蔡毓荣未能及时采取有效措施防止常德的失陷，他被部议认为应被夺官。但是康熙帝从宽处理，留任蔡毓荣，并命令他戴罪立功。在此期间，蔡毓荣积极应对叛军，指挥绿营兵进行反击。
随着战争的持续，蔡毓荣不断调整战术，试图从多方向打击叛军。在康熙十四年（1675年），他提出了联合江西兵力共同围剿叛军的战略，并强调在战争过程中要尽量减少无辜百姓的伤亡，主张通过安抚政策来争取民心。这一建议得到了康熙帝的支持，并被下发到相关部门执行。
到了康熙十七年（1678年），蔡毓荣督造战舰，率军五千从岳州出发，与讨逆将军鄂纳等人一起在洞庭湖击败吴三桂的军队，成功收复了岳州，并继续推进，最终攻克了长沙、衡州等城市。同年，吴三桂病逝，其孙吴世璠继承其位，但叛军的士气已经大大受损。
在接下来的几年里，蔡毓荣继续指挥清军作战，逐步收复失地。康熙十九年（1680年），他率军攻克辰州、沅州等地，并恢复了泸溪、溆浦、麻阳等多个县。到了康熙二十年（1681年），蔡毓荣跟随大将军彰泰进军云南，最终于当年三月攻下了昆明，迫使吴世璠自杀，宣告了三藩之乱的彻底结束。
三、经营云南
康熙二十一年（1682年）六月，蔡毓荣被调任为云贵总督，肩负起了治理云南和贵州两省的重任。此时的云南，经历了三藩之乱后，社会秩序混乱，民生凋敝，亟需一位有能力的领导者来恢复秩序，推动地方发展。
蔡毓荣深知云南的重要性，上任伊始便着手制定了一系列治理措施。他首先上书朝廷，请求增加驻军兵力，指出云贵两省均为险要边疆之地，尤其是在新复之初，原有的四千督标兵不足以维护地方稳定，因此请求增兵一千，分为五营。他还提出对吴三桂在叛乱期间增设的十个镇进行改革，建议改为六个镇，分别在迤西和迤东地区设置，并明确每个镇的管辖范围。此外，他还注意到中甸地区在金沙江之外，原属丽江土府管辖，但被吴三桂割让给了蒙番。蔡毓荣建议恢复该地的原状，以便更好地管理当地的商业往来。
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