一、早年经历
祖大寿的早期军事生涯始于其继承父亲祖承训的职位。万历三十一年（1603年），随着祖承训因年迈而退出前线，祖大寿作为长子，自然而然地继承了宁远卫指挥佥事的职务，这标志着他正式步入了明朝的军事体系，开始了他长达半个世纪的戎马生涯。
万历三十七年（1609年），祖大寿的军事才能得到了辽东巡按熊廷弼的赏识。熊廷弼是一位颇具影响力的军事官员，他对祖大寿的推荐直接导致后者升任懿路备御，这不仅提升了祖大寿在军队中的地位，也预示着他在未来战争中的重要角色。
然而，祖大寿的仕途并非一帆风顺。万历四十年（1612年），当祖大寿担任宁远中右所（沙后所）游击时，遭遇了一次严重的军事挫折。那年的十一月，蒙古朵颜部的首领蟒金儿率部突然袭击了明军管辖下的曹庄，造成了一场惨烈的战斗。在这场突如其来的袭击中，蒙古骑兵迅速掠夺了大量的人口和牲畜，明军猝不及防，220多名士兵阵亡。
事件发生时，祖大寿正在附近打猎，未能及时做出反应，这被视为严重失职。根据明朝的军法，临阵先退是极其严重的罪行，通常会被判处死刑。兵部据此提出，应当按照临阵先退的律法对祖大寿进行严惩，即将其斩首。然而，这一判决并未立即执行，而是等待了两年半的时间，直到万历四十一年（1613年）的下半年，明神宗才下达了具体的处决命令，但最终是否执行，或者祖大寿如何逃脱了这一命运，历史记录中并没有详细的说明。
二、初抗后金
在明朝与后金的初战中，祖大寿扮演了至关重要的角色。万历四十六年（1618年），努尔哈赤首次挥师南下，侵犯辽东，祖大寿随即被杨镐调动，前往清河、抚顺一带加强防御。两年后，他晋升为靖夷营游击，在辽东经略熊廷弼的指挥下，开始正面迎战后金的挑战。
万历四十八年（1620年）六月，后金对白官人屯发起攻击，祖大寿率部奋力抵抗，但因指挥上的疏漏，被熊廷弼认为“提撕不严”，遭受了四十军棍的体罚，并在辽东巡按陈王庭的参奏下遭到革职，但仍被命令戴罪立功，驻守浑河南岸。熊廷弼的这一举动，实则是出于政治考量，用以平息朝廷中言官的批评声浪。八月，祖大寿在得知后金再次进犯的消息后，主动出击，在浑河北岸的灰山与敌军交锋，成功将其击退，展示了其卓越的军事才能和坚定的抗敌决心。
到了十月，熊廷弼在离任之际，回顾了过去两年多的战事，对祖大寿的战绩给予了高度评价，指出他亲手斩杀后金军首级多达三十余颗，积极向朝廷请愿，要求恢复祖大寿的职务。然而，命运的转折点发生在天启元年（1621年）三月，辽沈相继失陷，祖大寿侥幸脱险，撤退至辽西，同年九月，他被升任为参将，接替因病离职的尤世禄，负责管理辽东巡抚王化贞的中军事务，成为了王化贞亲信之一。
然而，真正的考验出现在天启二年（1622年）正月，后金大军压境，目标直指辽西广宁。祖大寿与孙得功受命前往救援西平堡，但在平阳桥遭遇后金主力，孙得功临阵叛变，明军陷入混乱，大败而逃。祖大寿率领仅存的六七百人（也有说法为八百多人）逃往觉华岛，这个岛屿因其家族产业而对他有着特殊的意义。此时，祖大寿的外甥白臂正在蒙古拱兔部落中服务，他一度考虑投靠蒙古部落以求庇护。
监军御史方震孺意识到祖大寿若降后金，将对山海关构成极大威胁，于是紧急行动，通过祖大寿的女婿吴良辅与他取得联系，展开招抚工作。祖大寿闻讯后，悲痛欲绝，最终决定归顺明朝，将家眷和一千五百名难民送至安全地带山海关，但自己选择留守觉华岛。辽东经略王在晋继任后，通过与祖大寿关系密切的阎鸣泰进一步实施招安计划，最终安排祖大寿与水师参将金冠共同守卫觉华岛，稳定了这一战略要地，也为后续的抗金行动奠定了基础。
三、驻守宁远
在明末的边疆防线上，宁远城成为了抵御后金侵扰的关键堡垒。天启三年（1623年），督师辅臣孙承宗派遣祖大寿带领觉华岛的七百士兵至宁远，招募当地辽人加入军伍，以增强边防力量。祖大寿在此地的任务不仅是扩军，还包括参与城池的建设。起初，由于对朝廷坚守宁远的决心持有怀疑，祖大寿在城墙的建设中并未严格按照标准施工，导致城墙尺寸缩小。孙承宗察觉后，制定了一套更为严格的城建规范，确保了宁远城的坚固，最终在天启四年（1624年）三月，一座坚不可摧的宁远城屹立于边疆之上。
祖大寿在宁远的驻守过程中，曾有一次因未遵从孙承宗的命令出塞招抚蒙古各部而差点面临军法处置。然而，这次事件在宁前道袁崇焕的求情下得以化解，从此祖大寿对袁崇焕心怀感激，这份恩情在之后的岁月中发挥了重要作用。实际上，孙承宗此举更多是一种策略性的警告，而非真心要惩处祖大寿，这也体现了当时高层将领在管理下属时的智慧与手腕。
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