在橘子群岛的边缘，亚西亚岛上，小智三人由于海上风云莫测，被迫停留于此，恰逢岛上的盛大庆典。
小巫女芙卢丝向小智提出一个请求：前往三座小岛的神庙，取回神秘的“宝物”，为庆典添彩。小智欣然答应，并准备启程。
“那么，我们即将出发，不再久留。”小智站立在夜色中，向同伴们询问：“小霞、小建，你们愿意一同前往吗？”
“哼，我才不奉陪。”小霞语气中透露出不满：“我可不是你的随从或是恋人。别指望我为你效劳！”
话毕，皮卡丘突然叼起小智的帽子，疾速冲向未知的旅程。
“皮卡丘这是什么意思？”小智疑惑地追随着皮卡丘的脚步。
此时，游艇的主人小美追了上来，提议带领他们前往其他小岛。“我来指引你们。”
于是，在夜幕的掩护下，小智、皮卡丘和小美一同启航，向着未知的岛屿进发。
途中，游艇在行进中发出一声沉闷的巨响。小智皱眉思索：“这声响总给我一种不祥的预感……”
他们刚刚从闹腾的鲤鱼王群中艰难逃脱，游艇只剩下底座的水上
与此同时，火箭队三傻顽强地骑着破烂不堪的潜水艇残骸逃离。他们朝着亚西亚岛的方向艰难前行。
然而，命运似乎与他们开了个大玩笑。在夜幕的掩护下，尚未抵达亚西亚岛，他们便遭遇了急于出港的小智一行人。
深夜时分，小智连那三个家伙的面都没见上，游艇便直接撞飞了火箭队三傻。
夜深人静之际，小智未能一睹那三个冤种的面庞，却听闻游艇撞击的巨响。瞬间，那三人如飞燕般被巨轮撞散。唯有皮卡丘立于游艇的船头，神情凝重，仿佛在缅怀逝去的同伴。小智轻抚皮卡丘的脑壳，不禁纳闷究竟是何事如此严肃。
离开亚西亚岛后，天色骤变，乌云压顶，随即倾盆大雨如注。海面波涛汹涌，卷起千堆雪。小智凝望远方，眉头紧锁，心知雷之神恐怕难逃此劫。
航行的小船从平稳到颠簸再到劈波斩浪，一路乘风破浪。突然，一阵巨浪迎面而来，泼湿小智的面庞。他淡定地转过头，吐出一口海水，感慨道：“曾听闻有人言，寻觅宝藏易如反掌，如今看来，实非易事。”
亚西亚岛上，暴风雨的怒吼声不断，芙卢丝与姐姐忧心忡忡地凝视海面。“我曾口出狂言，如今方知，这暴风雨的考验何其艰难……”芙卢丝低声道。
“妹妹，你要船做什么？”小优不解地问道。
“有人为了微不足道的公事，即将面临危险，而我曾有求于他。此去，乃我之责任。”芙卢丝神色坚定。
暴雨如注，芙卢丝毅然决然地奔向码头，小霞与小建紧随其后。
“你们为何也要来？”芙卢丝疑惑地询问。
“我要去，虽非他的亲妹妹，但我是他恋人！”小霞的眼神坚定无比。
"哦，我明白了，你是与他相伴而来此处的吧？"芙卢丝轻笑。
"我并未跟随他，只是他恰好在我去的方向罢了。"小霞的话语中透露着些许回避。
"确实如此，我也是抱此想法。"小键也加入了对话，"我还期待他能引我拜见大木博士呢。"
三人驾驭着芙卢丝姐姐的快船，追逐着小智的方向。未曾停歇，三个被海浪冲到岸边的倒霉蛋，也悄无声息地爬上了船。
隐蔽在船体甲板上，藏匿于遮雨布之下，武藏得意地笑道，"有小鬼头的地方就有我们火箭队的存在。"
"正是如此。"小次郎笑着附和。
"无需淋雨，还有免费船只可乘，真是好运啊。"喵喵乐在其中，躲在遮雨布里惬意地趴着。
在高高的云层之上，空中堡垒的主人平静地注视着屏幕，"先前那三股力量恰好保持平衡。如今我已掌握其中一股，对于崩溃的部分，就让它隐匿于暗处吧。"
"报告，有迹象显示闪电鸟正在飞向火之
在亚西亚岛上，小优与长老坐在电视机前，聚精会神地关注着滚动播出的新闻。
"全球范围内突然爆发前所未有的天灾，现已查明，这是深层海流出现异常所导致的。深层海流在星球深海中静静流淌，它对全球气候、天气及大自然有着不可估量的影响。"
真新镇亦处在灾难的中心地带，所幸居民稀少，大部分已集结于坚不可摧的庇护之地——大木研究所。
大木博士静坐于电脑前，全神贯注地浏览新闻。
“原来是深层海流发生了显着变化。”大木博士恍然大悟，点头表示理解。
电视新闻继续播报：“这一系列变化的源头，疑似位于橘子群岛附近。”
听到“橘子群岛”四个字，大木博士露出了惊讶的表情，呢喃道：“竟是小智现身处之地。”
此时，大木博士的电话铃声响起，他顺手接通。
画面一闪，视频通话接通，内木博士的面容出现在屏幕上。他眉头紧锁，汇报说：“我是橘子群岛的内木博士，此地宝可梦出现了异常情况。”背景中，小刚正努力将一只宝可梦抱回室内。
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