入主西安以后，额尔齐木毕里克除了军务以外，把所有大小事务一并推给了陈玉成。荣升陕西巡抚兼陕西督办团练大臣以后，更是如此，而且还向清廷荐陈玉成为布政使司左参政，在毛震寿未能履职之前，署理布政使司。
毛震寿由骆秉章推荐为陕西布政使以后，一直在汉中督办军务，所以陈玉成成了实际上的陕西布政使。西安解围前后所有的事务接踵而来，全无从政经验的陈玉成一时手忙脚乱。还好的是布政使衙门的属吏们经验老到，按照事情轻重缓急整理好文书，报呈陈玉成审批，陈玉成只要拿个意见就行了。
为了安定陕西民心，陈玉成首先以陕西巡抚的名义发布了《告陕省民众书》，向民众通告了陕西叛军起事的原因，目前剿匪所取得的进展状况。宣称“只分良荞，不分会汉”，稳定没有参与起事之会众人心。
对于参与起事的叛军也是“只惩首恶，随从不问”。并承诺每月向各府县厅通报一次最新战况。告示印刷了五十余万份，下发各府县，务必张贴于每个乡、里。
其次令各府县尽快落实编联保甲制度以及连坐制度，尤其是省内各会众村坊。由于按察使（又称臬司）刘鸿恩被困同州，由各分巡道负责督促落实。
其三是大力推行轻徭薄赋，奖励农耕，鼓励百姓平整土地，兴修水利，种桑植棉，关中平原以北的山地、台塬地区则鼓励打坝拦洪，蓄水淤地，种植枣粟等耐旱保墒树木以及苜蓿等耐旱性较强的草木植物。
并根据康乾时期的蠲免政策，免除陕西民众历年陈欠赋役；同时抑制土地兼并，强令地主乡绅减租减息；开放矿禁，鼓励乡绅开办工矿等经济政策。
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