建安七年（202年），袁绍病逝，其子袁尚派自己设置的河东太守郭援、并州刺史高干与匈奴南单于攻打平阳，又遣使与马腾、韩遂等人联合，马腾等人暗中答应。钟繇派张既对马腾晓以利害。
傅干又对马腾说：“古人说‘顺道者昌，逆德者亡’。曹公奉迎天子，诛除暴乱，法纪严谨，政治清明，上下听从命令，有义必赏，无义必罚，可以说是顺道。袁氏背弃王命，驱率胡人侵略中国，宽而多忌，仁而无断，兵士虽强，实际已让天下人失望，可以说是逆德。如今将军已经听命有道的人，却不尽全力，在两边摇摆不定，打算坐观成败，我担心事情结束后，曹公奉辞责罪，将军就要首当其诛了。”
马腾听了害怕。傅干又说：“智者转祸为福。如今曹公与袁氏相持，而高干、郭援独制河东，曹公虽然有万全之计，也不能制止河东的危机。将军如果能引兵讨伐郭援，内外夹击，必能成功。将军这一举，能断袁氏之臂，解一方之急，到时曹公必定重重感激将军，将军的大功和名声，竹帛也不够记述。希望将军能谨慎决定！”
马腾说：“我愿意听从您的教导。”
于是派儿子马超带领精兵万余人出征，与韩遂军一同帮助钟繇，大破郭援军，庞德在战场上亲手杀死了郭援，单于与高干投降。
曹操表拜马腾为征南将军，韩遂为征西将军，俱开府。
马腾在三辅时，北防胡寇，东备白骑，优待士人推荐贤才，怜悯救援百姓，受到三辅百姓爱戴。
建安十年（205年），高干举并州作乱，张晟寇略崤、渑之间，河东卫固、弘农张琰起兵响应他们。曹操派张既征集马腾等人击败了高干、张晟军，斩杀了张琰、卫固等人。
另据《庞德传》记载，张白骑叛于弘农，马腾率庞德出征，击破张白骑于二崤之间。
后来，马腾拜为前将军、假节，封槐里侯。
建安十三年（208年），曹操令张既劝说马腾放弃部队入朝。马腾虽已经许诺，但始终犹豫不决。张既担心生变，于是令诸县储备物资，又令二千石俸禄的官吏出郊迎接，马腾不得已，只得东行。曹操表马腾为卫尉，其子马超为偏将军，代替马腾统领部队，屯于原地，又封其子马休为奉车都尉，马铁为骑都尉，同其余家属徙往邺城。
（注：《马超传》称马腾与韩遂不和而请求入京，《典略》称马腾自见年老而入京，《张既传》则称马腾不得已东行，诸书记载各不同。）
建安十六年（211年）三月，马超、韩遂等十部起兵，号称十万，屯驻潼关，抗拒欲攻汉中的曹操，同年九月被曹操击败。
建安十七年（212年）正月，马超袭击陇上，围攻凉州刺史韦康。同年五月，马腾被诛杀，并被夷灭三族。（史载马腾死于癸未日，但此年五月无癸未）
历史评价
鱼豢：①“腾为人长八尺馀，身体洪大，面鼻雄异，而性贤厚，人多敬之。”②“北备胡寇，东备白骑，待士进贤，矜救民命，三辅甚安爱之。”
袁宏：“长乐卫尉马腾，其长八尺，身体洪大，面鼻雄异，而性贤厚，人多敬之。”
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