中平五年（公元188年），黄巾余部再度发动起义。二月，郭泰等于西河白波谷起事，攻略太原郡、河东郡等地。四月，汝南郡葛陂黄巾军再起，攻没郡县。十月，青州、徐州黄巾贼又起，攻略郡县。十一月，汉廷派遣鲍鸿进讨声势最大的葛陂黄巾，双方大战于葛陂，鲍鸿军败。黄巾各部此伏彼起，声势虽然没有第一次黄巾起义般盛，但却令汉室十分头痛。
为了有效镇压起义，于中平五年（公元188年）三月，灵帝接受太常刘焉的建议，将部分刺史改为州牧，由宗室或重臣担任，让其拥有地方军、政之权，以便加强地方政权的实力，更易控制地方，有效进剿黄巾残部。而正因汉灵帝下放权力，助长地方军拥兵自重，各群雄互相攻击，逐鹿中原，甚至东汉皇帝在军阀手中如同无物，所以黄巾起义是促使东汉灭亡的导火线，也是三国时代的序幕。虽然如此，乱事仍造就了大赦党人，令许多文人、官吏得以重新受任。
东汉末期黄巾大起义，经过了十几年的秘密准备，但起义后仅历经9个月的时间，主力就被镇压，究其原因：
其一，黄巾军面对的敌人强大。起义爆发后，镇压黄巾军不仅有庞大的东汉官军，而且还有各地豪强的大小武装，他们面对的是整个地主阶级的疯狂镇压，最终寡不敌众，终于失败。
其二，由于起义计划被叛徒出卖，使起义不得不仓促发动，各地起义军之间的相互配合发生了极大的困难。尤其是洛阳起义流产，使东汉政府解除了后顾之忧，得以全力镇压外围起义军。
其三，农民起义的历史局限性。从主观方面来说，黄巾军缺乏有战略头脑的军事领袖人物，其起义计划的制定极不完备，起义后各地起义军没有迅速地集结起来，而是分散在各地孤立行动，甚至不进行相互支援配合，终于被官军各个击破。同时起义军首领缺乏军事指挥才能，张角、张梁、张宝、波才、张曼成、赵弘、韩忠等，个个都是只知固守一城一池，或久围坚城，与东汉军拼消耗，不懂得运用灵活的战术战法，取得主动，始终被动挨打，直至失败。
其四，东汉派来镇压黄巾起义的将领，如皇甫嵩、朱儁、曹操等都是一些能征善战的悍将，他们的统兵作战的能力，军事指挥的才能、战术计谋的运用，都高于黄巾军首领，因而往往能够以少胜多，以弱胜强，最终击败黄巾军。
历史影响
黄巾起义对于东汉末年的政局产生了深远的影响。为了尽快平定战事，中央下放军权至地方，使得黄巾起义的浪潮无法快速蔓延至全国，减缓了东汉覆亡的危机。但是却造成了地方轻视中央，使得具有野心的将领或官员借着在镇压黄巾起义的过程中拥有兵力割据地方，为东汉末年军阀混战揭开了序幕，更为三国分立种下远因。在农民起义的打击下，腐朽的东汉王朝名存实亡，并最终走向了灭亡。
黄巾起义，是我国历史上第三次全国规模的农民革命战争。比起秦末、西汉末两次起义，这是一次有周密计划、有长期准备、有明确目标的农民起义。同时，这次起义不再利用某些统治者的旗号，而是公开提出“黄天当立”的口号，表明了农民起义有了新的发展。这表明，起义更缜密，因为领导人大部分为农民，极大的动摇了顽固派的利益，以杨维旭为代表的富人便支持政府，抗压黄巾军
黄巾农民起义战争的成功经验，主要表现在：第一，它提出了明确的斗争目标，即消灭东汉政权，建立自己的统治，这对号召和团结人民参加起义起到了重要的作用。第二，利用宗教形式进行起义的宣传和组织工作，麻痹了官府，积蓄了力量，为举行起义作好了比较充分的准备。第三，起义计划制订得比较周密、具体。所谓“内外俱起”、“八州并发”就反映了这一特点。尽管后来由于叛徒的告密，使这一起义计划的实施遇到很大的困难，但经张角果断处置，它基本上还是得到了落实，从而给东汉王朝予沉重的打击。第四，斗志坚决，宁死不屈，敢于攻坚，勇于牺牲，以此向天下昭示了起义将士的斗争精神和高尚气节。
黄巾农民战争失败的教训同样是非常深刻的：一、它没有远大的战略眼光，因此提不出更具体的策略方针；
二、它没有建立起后方基地和有组织的战斗部队，因此部队保障受到限制，战斗行动受到掣肘；
三、它缺乏统一的指挥和互相的配合，各自为战，因此造成战区上的孤立、分割态势，以致为敌占优势的主力军所各个击破；四、它不懂得在敌强我弱形势下采取运动战、游击战等机动作战形式的重要性，因此热衷于城池的攻守，将起义军主力胶着于一地，同敌人打硬仗、拼消耗，直至耗尽自己战斗力而被击败。所有这些，都是起义军在战略上和作战指导方面的严重失策，也是直接导致这场轰轰烈烈的农民革命战争不幸失败的主要原因。
黄巾起义和在它影响下的各地人民起义，持续了二十多年。由于起义农民本身的弱点，起义被残酷镇压，但在农民起义的打击下，腐朽的东汉王朝已名存实亡。
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