天启二年正月，辽东爆发广宁之役，七百里疆土拱手相让。正逢冬季，秦良玉趁机请示朝廷为驻守山海关的白杆兵拨冬衣，实则还是为了调兵回乡，以免子弟重蹈覆辙、被人送到前线无意义牺牲。
天启依旧不准，让兵部筹备齐全，兵部最终提供了一千五百套冬衣，只有一半人配冬衣，皇帝‘左右为难’，借口京郊没有战兵‘防匪’，干脆令京营为白杆兵在京郊筑营，调他们入京拱卫都城。
但皇帝也不好意思强留三千人，从这个时间点开始，白杆军正式分两部，大约一千五到两千人驻守京城约七年时间（这期间没有参与任何事）。
天启二年夏季，明朝调集云南、贵州、陕西三省大军与白杆兵四面围剿奢崇明，历经一年时间百余场战斗，奢崇明败退水西（明属四川省叙永县，今属贵州省），第一阶段战事结束。
因外省大军对地形不熟悉，天启三年秋到崇祯二年，白杆军长期对峙、围困山里的奢崇明残部。
京城的白杆军何时回乡没有确切记载，根据四川巡抚朱燮元崇祯元年给皇帝的奏报，‘西南缺勇、闲将留京、宜援剿贼’，这里的闲将应该就是京城白杆兵，以此推断大约是崇祯元年才回乡。
崇祯二年八月，奢崇明战死，秦良玉大获全胜，可惜休息不到一年，后金入关，白杆兵再次北上勤王。
勤王这事与本书没什么关系，明史各处记载，秦良玉平叛第一阶段只有四千兵新兵、中间变为六千、第二阶段变成了八千，等北上勤王，白杆军已是万余人，剿灭农民军期间，秦良玉、马祥麟母子、还有侄子秦翼明各自分领一部，巅峰期白杆兵达到三万人，成为明末唯一的全疆域机动作战兵力。
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