建安三年（198年），从征张绣，曹仁别攻周围县地，略城虏众达三千馀人。曹操军退还之际，张绣派军追击，曹军不利，士卒丧气，曹仁起而激厉将士，军心甚奋，曹操壮其所为，最终击破张绣。
建安四年（199年）二月，张杨为部将杨丑所杀，杨丑又被眭固所杀，眭固引众欲投袁绍，屯于射犬。四月，曹军进军临河，曹仁与史涣、乐进、于禁、徐晃等人渡河击眭固。眭固使张杨故长史薛洪、河内太守缪尚留守射犬，自己则带兵北寻袁绍求救，然而与曹仁等人相遇于犬城。双军交战，曹军大胜，史涣斩杀眭固，尽收其众。
从平河北
建安五年（200年），曹操、袁绍相持于官渡，汝南降贼刘辟等响应袁绍反叛，侵扰许地，袁绍遣刘备出袭濦强（濦强是颍川郡下属的一个县，曹操从妹夫宋奇曾被封为濦强侯），诸县多举众响应之。使自许县以南之地，吏民皆甚不安，曹操亦以之为忧。此时曹仁进言：“南方诸县以为我军当下有官渡之急，不能解救他们，而刘备此时却以大军压境，他们的背叛是正常的事。但刘备刚刚带领袁绍的兵，还未能得其所用，一击便可破了。”曹操同意其言，于是令曹仁遣骑攻打刘备，将其击走，曹仁终于尽复收各个叛县而还。后来袁绍遣别将韩荀想抄断曹军西道，却被曹仁破之于鸡洛山。
袁绍自此不敢再别遣分军。曹仁又与史涣等抄截绍运粮车，尽烧其粮。
建安十年（205年），河北既定，曹仁从围高干于壶关。当时曹操下令：“城陷之后，尽坑敌军。”结果连月不下。曹仁向曹操劝谏：“围城攻郭，必须向敌军宣示活门，这是为了替其开辟生路。如今主公向敌军宣告城陷必死，那敌人势将坚心死守。而且此城坚固粮多，要攻，则士卒疲伤，要守，则迁延日久；这样顿兵于坚城之下，强攻死守之兵，不是良计。”曹操听从其言，果然城池立降。于是收录曹仁前后军功，封都亭侯。
江陵战瑜
建安十三年（208年），从曹操讨平荆州，曹仁成为行征南将军。赤壁之战后，曹操留曹仁留守南郡（治所江陵）。
周瑜、程普率领几万人马，和曹仁隔江相持。两军尚未交锋，周瑜先派甘宁前往占据夷陵。夷陵城内基本没有曹仁的兵马，以致于甘宁刚刚到达那里，就立即得到了夷陵。曹仁不得不分出一部分兵马去攻打夷陵。甘宁向周瑜告急。周瑜采用了吕蒙的计谋，留下凌统守卫后方，亲自带兵去救甘宁，在夷陵大破曹仁，解除了甘宁之围。周瑜乘势渡过长江，驻兵北岸，与曹仁相持。
建安十四年（209年），周瑜率军数万攻打南郡，其前锋数千人已至，曹仁登城远望，募得三百人，便令部曲将牛金迎军挑战。但吴军甚多，牛金众少，于是被围。曹仁与长史陈矫俱在城上，望见牛金等三百人垂危频没，左右之众皆失色惊惧。惟曹仁意气奋怒，呼左右取马来，陈矫等知曹仁欲下城救牛金，于是一起拉着曹仁说：“贼众强盛，势不可当。何不放弃这数百众人，而将军却要以身相赴！”曹仁不应，披甲上马，带领其麾下壮士数十骑出城。与吴军距百馀步之遥，迫近城沟，陈矫等以为曹仁只是在沟上当住，为牛金支持作势，谁知曹仁竟渡沟直前，冲入敌围，牛金等乃得解救。但敌围之中有馀众尚未尽出，曹仁复又直还突入，将余兵从围中拔出，又杀吴军数人，把吴军击退。陈矫等初见曹仁冲出，皆惶惧无措，直到亲见曹仁还城，不得不叹道：“将军真是天人！”三军都佩服他的勇敢，曹操更器重他，转封安平亭侯。
后来，徐晃到达江陵，欲与曹仁共击周瑜。 周瑜也与曹仁约定日期来进行交战。周瑜为流矢所伤，伤势严重，引军还阵。曹仁闻知周瑜伤得不能起来，亲自督军到周瑜阵前，周瑜乃起身行到军营激厉士气，曹仁见状便撤退。在长达一年的交战中，周瑜对曹仁“所杀伤甚重”，曹仁在经历了惨痛的损失后，弃城而走。孙权任命周瑜为南郡太守，屯据江陵。
建安十六年（211年），征西将军夏侯渊兵出河东，关中诸将皆反。 曹操西征关中，曹仁为安西将军，督领诸将拒守潼关，曹操派人对潼关诸将说：“关西兵精悍，坚壁勿与战”。曹仁坚守潼关至七月，曹操领大军来援。曹仁参加渭南之战，击破了马超。
冀州河间的苏伯、田银造反，曹仁遂行骁骑将军，都督七支大军讨破田银等众。
建安十八年（213年），群臣劝进曹操进封魏公、受九锡，“行骁骑将军安平亭侯曹仁”也是在劝进者的名单之中。
建安二十一年（216年）十月，曹仁跟从曹操征讨孙权。
建安二十二年（217年）二月，在曹军的进攻下，孙权军队退走。三月，孙权遣使徐详请降求和。于是，曹操率先返回京城，留下夏侯惇、曹仁、张辽等屯驻于扬州境内的居巢。
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