内务处：主任杨静，负责机要、情报、电讯、军纪等项工作，
后勤处：主任金莺，负责财务、医护、战利品管理，武器弹药粮食物资供应储存分配等工作。
一营营长侯敬贤、教导员刘树斌
二营营长沈德基、教导员江大元；
三营营长李维、教导员肖雄；
特务连、机炮连、辎重连的连长指导员都是从河北过来的老独立团班排长。
独立团全团2256人，对于地方独立团，这属于最高标准的配置了，但还不违反规定。剩下的2769人包括832名尚未痊愈的重伤员都编入了基地，基地下设一个特务大队、一个教导大队、一个工兵大队，一个炮兵大队、一个后勤大队、一个基地医院。
基地主任由杨毅兼任，副主任由杨静、丁岚兼任。
特务大队大队长孙北啸，下设警卫连、侦察连、骑兵连。
教导大队大队长郭松，下设三个新兵连，一个干部排。
工兵大队大队长肖大牛，下设一个舟桥连、一个工程连、一个爆破连。
炮兵大队长邱宇亮，下设一个战防炮连，一个步兵炮连，一个高射机枪连。
后勤大队长杜勤成，下设基地仓库、运输连、被服厂、枪械所。
基地医院院长丁岚。
如果教导大队整训完毕，基地的战斗力甚至比独立团还要强悍，这是杨毅的隐秘力量，对外对内都保密，反正上级也不拨款拨粮，只要自己不增加当地政府和群众的负担，就是有一天露馅了也不是什么大错。
一直以来，杨毅对国民党部队军官吃空饷的做法不理解，部队是要打仗的，有那个编制上级就会给你分派相应的战斗任务，你手上兵力不足就很难完成上级交给的任务，弄不好就要损兵折将甚至把命搭上，想发财干什么都行但吃空饷喝兵血那就是作死。聪明的办法是暗蓄兵力，实际力量比明面力量大一些，这样执行上级任务就能轻松些，关键时候真能救命，这十年杨毅实在尝到了暗蓄兵力的好处，宁可违反纪律，也要瞒报一些实力。
不过有些东西怎么瞒也是难以瞒住的，比如说南下缴获的那些重炮，除非永不使用，一旦拖出去参加战斗，立刻就露陷，绝对留不住，野战军主力现在没有重炮，独立团配重炮太扎眼了，只要军区、军分区一成立，立即就会把这些重炮收上去，与其到时候被动执行上缴命令，还不如现在趁军分区还没设置，直接送给野战军，为方新奇他们做个人情。另外独立团配置重炮确实是大材小用，以独立团的力量以后面对的，也就是团级规模以下的敌人，国军团以下的炮火一般没有山炮和野炮，只有师旅一级才配置山炮、野炮，军一级配置榴弹炮，所以，地方独立团有战防炮、步兵炮已经很奢侈了，一般也就配置一些迫击炮。所以杨毅给独立团直属炮兵连，只配备了3门战防炮、3门步兵炮、12门80口径迫击炮。也是出于避免太扎眼的原因，杨毅让炮兵连和基地炮兵大队把那些战防炮、步兵炮的护盾和笨重的支架都拆掉了，配上活动简易支架，三匹驮马就能驮带走一门步兵炮和四箱炮弹，大大提高了山区作战的机动能力。
不过杨毅也没打算把重炮全给野战军，他留了4门山炮4门野炮，准备安置在双龙山南北的山口要塞做固定炮台，用于保卫基地。
各连的指导员都是当年土山儿童团的团员担任，当年的几百个儿童团员有些牺牲了，活下来的经过10年的战争考验锻炼，都已经成长起来成了独6团、独9团、独立总队和游击队的中坚骨干，杨毅亲自培训出来的指挥班学员肖雄、刘树斌、江大元等人已经成为营一级干部，其他人也成为了连一级的军政骨干，尤其是这次方新奇等82人去了主力部队，空出来的位置都让土山儿童团员给占据了，那些女团员们也在机要、电讯、医护、后勤部门挑起了大梁，像李慧敏这次南下顶替林颖代理电讯科科长一职做的就非常出色。
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