被圈禁一个月后，莽古歹暴病而亡，死得让人惊诧。他究竟是怎么死的，没人看到，也没人听到，只有人在茶余饭后不断提起，有传言他是窝心火出不来，气死的；也有人说饮食饭菜里被人下了毒；还有人说是压根就没人给他送东西吃，他就那么捆着饿死的，都烂成骨骸了才收殓......
在为莽古歹举行的盛大葬礼上，黄台及亲自到灵堂前祭奠，他在追悼会上总结了莽古歹戎马一生的功绩，肯定了莽为大金政权做出的杰出贡献，并称莽是大金杰出的军事家和政治家，父汗的好儿子，本汗的好兄弟，蓝旗的好旗主，最后，黄台及嚎啕大哭一场才罢休，伤心到在众侍卫搀扶下才勉强回到宫里。
莽古歹最后还是以和硕贝勒的规格下葬，下葬时，正蓝旗的一千多人集体去祭奠他，声势之浩大，恸哭声之响亮，让黄台及坐立不安。
其后，假德格类也离奇暴毙。天启十二年二月二十八日，黄台及以为莽古歹和德格类的幼子们重新分配牛录为由，将蓝旗所有的牛录额真、巴牙喇、参领、协领、都统都召到了宫里，他们都被要求先解除兵器，坐到高墙下的院子里，等人到齐后，大小院门一起关闭，惨无人道的大屠杀开始，与会的两百多人很快被利箭、火铳和炸药包屠戮殆尽。与此同时，两黄旗的士兵也冲进了正蓝旗这些官员的家里，将其家属直接斩杀。其他人吓得关门闭户，只从门缝中看到累计拉出十六车尸体。
这次屠杀前后延续一个多月，累计杀死一千多人，正蓝旗里凡是敢说莽古歹好话的人基本都被清除了。消息传到莽古歹姐姐莽古济所在的蒙古敖汉部，莽古济的家奴冷僧机连夜奔到沈阳驾前来告发莽古歹与莽古济、德格类曾经在佛像前焚香祷告，图谋不轨。黄台及派人抄家时搜出十六块木牌，木牌有“大金皇帝”字样，被视为确凿证据。莽古济的丈夫，额驸索诺木杜陵为求自保出面自首，为冷僧机提供旁证。黄台及将莽古济处死。而真正的德格类带着家眷和莽的大儿子潜逃到了外兴安岭，从此没人再见过他们的踪影。
事后，黄台及要将正蓝旗的钱财家产与众贝勒均分，众贝勒哪里敢要？于是黄索性便把钱财自己收了，将其好马以一百二三十两、次马以八九十两，好牛六七十两，小米一斗二钱的价格向外售卖，所得钱还了去年向朝鲜和国内富商的欠债还略有盈余。正蓝旗被杀剩下的部众则被打散编入两黄旗，此后一段时间里，八旗变成了七旗。后来，等人心安定得差不多了，黄又把两黄旗分出一部分人，加上新附民，重新组成了正蓝旗，交给自己儿子硕塞统领，自此正黄、镶黄、正蓝被称为上三旗，皆由黄台及统辖，其实力也超过其它五旗之和。
代鳝在看透阿敏和莽古歹两事后心灰意冷，先是自请撤坐，坚持和小贝勒们同列，然后主动陆续卸去所有职位，安心在家溜猫逗狗种花喂鸟当寓公，乐得悠闲。他再次出山要等到黄台及突然暴毙之后了。
有诗曰：
唐有建成元吉事，
金有莽族尽屠杀，
功勋荣华成一梦，
何苦生于帝王家。
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