崇祯琢磨了一阵之后，觉得于孝天这么做似乎有点道理，而且这么做可以控制地方官员权力过大，于是第一次点头称赞了一下。
随着于孝天掌权之后，进入到秋季的时候，崇祯开始从简报上看到了一些更好的消息，为祸中原一带的流民军因为建奴入关，于家军入京，朝廷抽调洪承畴以及大批陕兵入卫的空挡得以喘息，重新开始复振。
但是随着于孝天掌权，重新安排调配官吏以及安排洪承畴和孙传庭返回中原各省督剿流民军开始，流民军的日子很显然不好过了。
随着各种新政的实施，老百姓的负担被大副降低，许多闹得厉害的地方，朝廷直接下旨，免除了那些当地百姓积年拖欠的各种税负，而且当年的粮赋也全部减免，争取吸引离家的百姓返乡复耕。
至于很多连年遭受灾的地方，同样也下旨免去所有拖欠的税负，并且承诺将会重新丈量土地，大幅度削减之前朝廷的各种加派。
这使得老百姓们看到了希望，不再发愁交不起皇粮，所以老百姓开始渐渐的安心了下来，不愿意再轻易加入流民军为祸一方。
流民军渐渐的开始失血，许多流民军之中的乱民，听闻到了朝廷宣布的各种惠民政策之后，再也无心跟着那些匪首们混下去了，于是大批大批的开始当了逃兵，向官府投降，然后回乡重新当他们的农民。
这么一来相当多流民军无法再像以前那样嚣张了，并且在于家军精锐也投入对他们的进剿之后，各路流民军连战连败，活动范围开始被大幅挤压，不断有一股股流民军在各地强力进剿之下灰飞烟灭，匪首要么投降被捕，要么被杀，几个月下来，十余股流民军被洪承畴和孙传庭等人剿灭。
到了十二年底的时候，罗汝才和张献忠授首，只剩下了最大的一股李自成所部，被赶到了庆阳府和平凉府一带。
与此同时于孝天将各地抄没所获的大批资金以投入到赈济灾民的事情之中，着令各地官府大力赈济灾民，恢复灾民重新回到他们的土地上进行耕作，配合新政的推行，遏制了土地兼并的势头，使得老百姓看到了希望，渐渐的回归他们的故土重新复耕。
在此期间，于孝天令锦衣卫明察暗访，同时也让他的手下进行监控，着实抓住了一大批手长的官吏，这帮家伙贪习惯了，现如今经手这么大量的赈济钱粮，岂能不伸手捞钱，于是一个个撸胳膊挽袖子准备大捞一笔。
于孝天等的就是他们这么干，正愁找不到杀这帮家伙的借口，这一次他们伸手捞钱，可以说是正中于孝天的下怀。
于孝天双管齐下，在赈灾的同时，抓住了相当多官吏的脏手，这一次他可不会客气了，对付这帮贪官污吏，直接就是大开杀戒，杀的可以说是人头滚滚，甚至有的县城，从知县到下面的差役，被抓了个干净，连办事的官吏都没有了。
于孝天不管这些，这天底下最不缺的就是想当官的人，他下令拟旨，选拔大批以前想当官但是没机会的生员，直接外放到各地补缺，至于那些控制地方事务的家族性的小吏，则也使用新人补缺，不怕他们把以前的水搅浑，大不了把之前地方上的那本烂账打个结，开新账，总之确保地方事务有人管就成。
虽然这么做出现了不少的弊端，可是总好过沿袭旧制，继续让地方官场烂下去，如此雷霆手段，在大明史上，也除了当初的朱重八这么干过，就算是心狠手辣的朱棣也没于孝天如此狠辣。
于孝天还想方设法的筹措了种粮，并且在北方各地推广种植良种稻米和谷麦，让老百姓先有粮种可用，从南方调集大量粮食北运，投入对灾民的赈济之中，让老百姓起码能先有口饭吃，撑到过了年夏收之际，只要北方到了崇祯十三年夏收之后，乱象便基本上可以得到控制。
崇祯从简报上看到这么多流民军纷纷被剿灭，不由得暗自有些惭愧，他当了十几年皇帝，但是流民军却越剿越多，中原是越来越乱，可是于孝天才执掌大权活，弄不好还搞得倾家荡产。
这也是朱元璋立国之后，虽然对官吏们采取了极为严苛的管理，甚至推出了剥皮萱草的办法，杀了很多官吏，可是却依旧没有办法彻底制住整个大明上下官吏的贪-腐之风，而薪俸太低无疑是一个很重要的原因，官吏拿不到丰厚的薪俸，还要过体面的日子，还要养活很多人，不想办法捞钱，是不可能的事情。
现在于孝天针对这个弊政，大幅度提高官吏们的薪俸，并且将以前一些需要官吏们自掏腰包养活的体制之外的人，也纳入到体制之内，由国家给予俸禄，使其可以体面的生活。
但是仅凭这一项，就想高薪-养廉是绝对不成的，这也是于孝天改组锦衣卫，将其归入都察院之下，来监控各地地方官员的初衷。
这时候都察院和其下辖的新锦衣卫，其实就成了一个监察部门，专司监察官吏们平时做事，查办他们之中贪赃枉法之人。
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