随着片头公映许可证，以及制作公司的名单名单播出，接下来，电影出现了字体燃烧的片名《fate/doomsday》，此外还有一行小字——第六次圣杯战争！
很多观众由于了解此前的第五次圣杯战争的剧情，不由感觉到热血沸腾。
接下来，电影开头出现了第四次圣杯战争的参与者韦伯维尔维特和第五次圣杯战争的参与者卫宫士郎和远坂凛、间桐樱等人。
电影画面中，回顾了圣杯战争的历史，以及历次圣杯战争的破坏。
这些背景资料的介绍，主要是让没有看过前作，也不太了解《fate》设定的观众，可以不需要补上一部电影，就可以无障碍的看新剧情。
“从第三次圣杯战争开始，大圣杯已经被污染了。圣杯战争给这个世界带来了太多的灾难，它并不能够实现善意的愿望！我建议，将大圣杯解体吧！”第四次圣杯战争的幸存者之一韦伯维尔维特向圣杯创始者御三家继承者建议道。
“同意！大圣杯早就被污染，而且，即使没有被污染，也只会吸引越来越多的野心家，不会给世界和世人带来幸福，只会带来灾难！”卫宫士郎点头表示。
“同意，士郎能够代表我的意见！”此时的远坂凛，虽然是远坂家的家主，但另外一个身份却是卫宫士郎的太太。
暗恋卫宫士郎的间桐樱，也代表了间桐家表示：“赞同！”
“好，既然大家都同意，那么，我们就开始分解大圣杯吧！”韦伯维尔维特年轻的时候，是一个很懦弱和胆小的人，但参与第四次的圣杯战争，其强势的英灵大帝和他并肩作战的经历，改变了他的『性』格，其后几十年。通过不断的努力，韦伯维尔维特不仅仅继承家业成为了贵族，另外，他也成为了地位备受尊崇的强大魔术师。虽然，没有成为魔法使，但也能力和知识绝对不容轻视。
接下来，在三位参与过第五次圣杯战争的御主的帮助下，这位前辈韦伯维尔维特开始念诵复杂的咒语。发动大圣杯解体的咒语。
四人共同念诵不同段的咒文，接下来，巨大的圣杯实体开始升空浮现。
“解体吧，大圣杯！”韦伯维尔维特喝到。
接下来，巨大的圣杯开始迅速的崩坏，化作虚无。现场原本组成圣杯的魔术建筑和材料，也纷纷摧毁。
众人怀着愿望，摧毁了大圣杯，希望冬木市能恢复宁静。
但是，另外一批野心家。并不甘心大圣杯被摧毁，反而开始决心复兴大圣杯。这个野心家们既是魔术协会。无数的魔术师，或者是希望获得永生，或者是希望直接抵达根源，升华成为魔术师的终极目标——魔法使。这些目标实现的概率，对于绝大多数人来说几乎是接近于0。但是，却可以通过大圣杯许愿的方式，走这条捷径，完成自己的梦想。
这自然让大圣杯成为了无数魔术师的梦想！
在大圣杯解体之后，来自于魔术协会。以及圣堂教会等等不同势力的野心家们开始勾结，一起联络，共商恢复大圣杯，与此同时。继续采用圣杯战争的方式，获得对大圣杯许愿的权利。
而在解体了大圣杯之后，卫宫士郎游历世界，开始多管闲事，到处惩强扶弱，但实际上。很多被救者都将他当成傻子，恩将仇报不计其数，也幸亏他成为了强大的魔术师，并且拥有阿瓦隆的剑鞘，可以恢复伤势，常规的受伤，几乎并不会对他造成影响，否则，他英雄之旅，肯定会成为花样作死之旅。
远坂凛则是前去英国时钟塔深造学习，尽管身为人妻，但她还是非常好学，对于魔术知识是孜孜不倦，也拥有成为魔法使的梦想。
在大圣杯被破坏不久，反派间桐脏砚出现，这些年假死，身体化身成为虫子的间桐脏砚，身体从一堆虫子中重组成人形。
接下来，间桐脏砚向接见魔术协会的一些代表，向他们介绍大圣杯的历史和构建，在间桐脏砚这个怪物的介绍下，几名强大的魔术师迅速的上钩，开始成为帮凶，帮助他重建大圣杯。
在远坂凛和卫宫士郎不知情的情况下，间桐脏砚等人开始恢复了大圣杯，并且，启动了第六次圣杯战争！
间桐樱知晓老怪物脏砚现身，试图阻止他的阴谋。
间桐樱早就不是吴下阿蒙，原本被圣杯碎片改造成隐藏的小圣杯的间桐樱，在第五次圣杯战争的黑泥污染下，间桐樱拥有不亚于老怪物脏砚的力量。
但是，老怪物间桐脏砚利用间桐樱的心理弱点，告诉她，如果间桐樱加入他的计划中，以她强大的力量，必然会成为圣杯的胜利者。届时，作为胜利者，间桐樱可以许愿，让卫宫士郎改变心意，甩掉远坂凛，跟樱在一起。
这这个劝说，让本来就有点黑化的樱还是加入了反派联盟中。
但这一次圣杯战争也出了更大的状况，早期的圣杯战争主要是阿赖耶侧的英灵之间进行圣杯战争。阿赖耶是人类意识构成的抑制力，从无到有，随着人类的崛起，越来越成为凌驾于神灵之上的存在。
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