在最危急的情况，三代目火影被逼入绝境的时候，两名有着万花筒写轮眼的宇智波家忍者加入战斗，彻底改变了战局，两名拔地而起的战神，合作默契地化解晓组织成员一波又一波凶猛的进攻。
而跟在他们后面加入战场的人，更是令本就受伤过重的日斩吐出一口老血，他盯着站在宛如巨龙的长蛇头顶上的黑发金瞳男人，果断闭上眼睛选择装死——他实在是不想再看到大蛇丸攻打木叶的场面。
在双方僵持不分高低的情况下，姗姗来迟的一人暂时制止了此次突袭。
转生进辉夜君麻吕身体的旗木佐雨，一边大喊着‘对不起，我来晚了’，一边结印发动封印术，成功封印了佩恩的行动，并在众人不可思议的眼神下，将过去的一段不为人知的往事告知。
原来几年前的那场绑架案□□是，山椒鱼半藏被木叶高层志村团藏用利益所诱惑，听信了他的谗言，绑架小南做人质，才使得弥彦自杀于长门手上，也就是现在的佩恩本体。
“长门，我知道这件事情对你来说是个毁灭性的打击，但是都已经过去了不是吗？”佐雨看似在对佩恩说，实际上是对着千里之外的佩恩本体长门说。“弥彦如果地下有知，也不愿看你和小南以这种方式替他报仇，你们已经在黑暗里走了太久，你们本应该继承弥彦遗志彻底地结束战争，而不是……”
“君麻吕！”橙发佩恩突然出声打断，轮回眼幽幽地看向面色苍白的男子，开口道。“我和小南怎样还轮不到你来插手。”
“宇智波鼬和鬼鲛去风之国的情报，是你偷偷传给宇智波佐助的吧？我早就怀疑你了，只是没想到你会这么快就背叛组织。”
“我并不是想要背叛组织，而是我找到了能够解决战争的最好办法。”说到这里，佐雨侧眸看向半跪在三代目火影的金发少女，大概是查克拉消耗过度的原因，少女的脸色泛着不正常的白，然而她的眼神却很亮很坚定，警惕又毫无破绽地看着他们。
“人与人之间相互理解才会从根本上避免战争。”他说出在死神封印结界中，少女与卡卡西曾对他说过的话。
七年前的他虽然失败了，但他很快就从失败中走了出来，并且总结了原因，他试着想用另一种方法来改变这个有光明又有黑暗的世界，他试着假想如果自己是旗木佐云，会怎么办。
经过激烈的思想斗争，他决定重新做回旗木佐雨，木叶的旗木佐雨。
他做的第一件事情便是将晓组织意图收集尾兽——将尾兽从人柱力体内抽出，人柱力便会死亡——的情报状似无意地透露给宇智波鼬，表面身份是叛忍，实际身份是三代目安插在晓组织的卧底。
不出他所料，宇智波鼬很快想办法将此消息传达给了三代目，三代目才会有派遣卡卡西小队前往风之国的举动，然而他还是仗着自己能够看到未来的能力，太过自负，看轻了长门和小南。
这个世界本来的轨迹已因为他能够看到未来而改变，本来应该三代目火影猿飞日斩在三年前大蛇丸发动的木叶毁灭计划中牺牲，唯一知晓宇智波鼬卧底身份的高层死亡，宇智波鼬再无重见天日之时，只能继续潜伏晓组织。随着时间的推移，战斗数量强度的增加，外加从未抛却灭族思想上的负担，宇智波鼬积劳成疾将会在不久长辞人世，他在死之前做的最后一件事，便是帮助他的弟弟宇智波佐助封印大蛇丸在他身上留下的咒印。
然而，因为他与漩涡鸣子的蝴蝶效应，使得三代目火影没有在三年前牺牲，这三年期间宇智波鼬曾与三代目火影秘密接触过，这个举动不知道何时被长门与小南发觉，所以他们才会派遣宇智波鼬与鬼鲛前往风之国抓捕一尾人柱力，而实际上自己则是带着其余组织成员前来突袭木叶。
聪明如旗木佐雨，他早已看穿长门计划，亦担心宇智波鼬受身体状态束缚而不是鬼鲛对手，便在他们出发前将此情报传递给不知到底想作何计划的宇智波佐助。
宇智波佐助在短短的七天内做了很多事情，首先便是没有经过战斗就将大蛇丸与药师兜招揽，大蛇丸是个工于心计并且十分自负的人，佐雨怀疑他早有所预谋。第二件事便是将七年后的鹰小队成员招揽，随后便像是人间蒸发般彻底没了音讯，他也是通过绝的能力才找到的他。
不出他所料，在佐助知道鬼鲛很可能在去风之国的路上杀死宇智波鼬后，便率领鹰小队和大蛇丸、药师兜等人火速赶往风之国，结局很明显是他们合力战胜了鬼鲛，并且他还成功地将宇智波鼬带回了木叶，成为了抵抗晓组织最关键的中坚力量。
但有一件事情出乎他的意料，也因自负竟然以为佩恩不会怀疑他。
也正是这个原因，导致佩恩在两天前以任务为名将他支出雨之国的时候，他并没有想到他会这么快地攻打木叶，这便是他姗姗来迟的原因。
“你在说什么天真的话，人与人之间相互理解？”佩恩转动轮回眼一一扫过参与战斗的木叶忍者，最终视线落在鸣子身上，冷笑道。“人没有经历痛苦就不会成长，他们又怎么懂得我所经历的绝望？”
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