韩遂亦引军退守凉州，至此，关陇战役结束，曹操完胜，班师回朝。
不久，曹操进军安定，杨秋投降。曹操率军撤回，命夏侯渊督众将继续西征，在两年内，逐马超、破韩遂、灭宋建、横扫羌、氐，虎步关右，凉州地区基本平定。
在这场惊天动地的大决战中，关陇诸将的武装力量基本损失殆尽，从此结束了关陇军阀割据的局面，关陇各郡进入了朝廷直接掌控的范围。
大汉建安十七年正月，曹操回到邺城。天子刘协下诏，规定曹操朝拜时赞礼官不必在旁点名唱礼，入朝时可以不像别的大臣那样小步快走，可以穿靴、佩剑，就像西汉丞相萧何那样。马超的余党梁兴等人驻守蓝田县，曹操命令夏侯渊出兵征伐，平定了他们。划割出河内郡的荡阴、朝歌、林虑等县，东郡的卫国、顿丘、东武阳、发干等县，巨鹿郡的睰陶、曲周、南和等县，广平郡的任城县，赵郡的襄国、邯郸、易阳县以扩充魏郡。
为消除隐患，曹操命令许褚率虎卫军包围了马府，将马腾一家老小二百余口，尽数拘拿，押赴市曹斩首。
曹操的理由是，家族里有人叛乱，株连九族。
荀彧、许褚、邵婷、桂香请求曹操放马腾一马，曹操不同意，但流下了热泪。说为了一统华夏，必须剪除像马腾那样有声望的诸侯。
尽管马腾为官清正，但长子马超做了大汉朝的叛将，马氏一门，惨遭横祸。
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