1565年9月，他再次胜利归来，女工授予他一枚奖章以资褒奖。
1567年10月2日，他第三次出海。
女王借给他王室海军战船“Y稣”号和“米尼翁”号。
他的表弟弗朗西斯·德雷克也参加了船队。
霍金斯首先在几内亚海岸附近，捕获、购买了500多名黑人，然后驶往西印度群岛，把他们秘密地卖给当地的西班牙殖民者。
不料，在返航途中，船队遭遇飓风。
于是，他避人西属港口桑约安港。
恰巧，西班牙新上任的墨西哥总督恩里奎斯，也率领舰队进港躲避风暴。
几天后，恩里奎斯向霍金斯发起突然袭击，杀伤了300多名英国船员，击毁了“Y稣”号。
霍金斯和德雷克猝不及防，只好率残部仓促逃走。
他历经艰辛，才于1569年1月回到普里茅斯。
正当尼德兰和海盗问题，搅得英、西关系不得安宁之时，西欧政局也发生了变化。
1560年12月5日，弗朗西斯二世逝世，他的弟弟查理士九世（1560～1574年在位）继承法国王位，并暂由其母摄政。
1561年8月，玛丽·斯图亚特回到苏格兰。
1567年，她和情夫布恩华尔伯爵，合谋暗杀了她的第二任丈夫达恩里勋爵。
1568年5月，玛丽·斯图亚特因此被废黜，逃往英格兰避难，从此被伊丽莎白拘禁。
她的年仅13个月的儿子，继位苏格兰国王，称詹姆士六世。
对腓力二世来说，来自法国的威胁已经不存在了，可以放心大胆的吞并英国。
他向伊丽莎白求婚，但遭到拒绝，遂改变对英政策，利用玛丽·斯图亚特造伊丽莎白的反。
1568年，发生的另一件事，终于使英、西关系走向紧张。
霍金斯的兄弟、普里茅斯市长威廉·霍金斯，也组织了私掠船队，不时抢劫西班牙财宝船。
为了不把英国女王牵涉进去，他们的船只，都悬挂着尼德兰抵抗领袖，威廉·范·奥伦治的旗帜，
12月，私掠船把一支，满载金条的西班牙船队，赶进了罕威、普里茅斯和南安普顿等，英国港口内。
船上的钱财属于热内亚银行，准备交付给，正在安特卫普的西班牙将领阿尔伐公爵，作为镇压尼德兰起义的军费。
伊丽莎白设法夺取了这批饷银，将其中一部分，转送给欧洲大陆上的新J诸候。
阿尔伐哪受过如此奇耻大辱，就把留在尼德兰的英国船只和货物一律没收。
伊丽莎白也毫不示弱，照样没收了留在英国的西班牙船只和货物。
正在此时，传来了“Y稣”号被西班牙击毁的消息，更是火上浇油。
失去饷银的阿尔伐公爵，一方面禁止尼德兰与英国通商，另一方面，只好征收极其繁重的捐税，结果，激起尼德兰人更猛烈的反抗。
而英国海盗，则继续大肆抢劫，西班牙在美洲殖民地的财富。
就这样，从1568年起，英、西关系逐渐紧张。
腓力二世支持英国的TZ教徒，伊丽莎白也开放英格兰，供荷兰新J叛徒避难。
从1568年10月起，英国国内外的TZ教势力，就开始议论英国最后一个TZ教公爵，诺福克公爵与玛丽·斯图亚特的婚事，并展开一系列阴谋活动，企图拥立玛丽·斯图亚特为英国女王。
1571年，腓力发动了李多费阴谋，想用阿尔伐所属的6000人，支持英格兰境内的TZ教叛变，并在英国重建TZ教的X仰。
但伊丽莎白发觉了这个阴谋，镇压了贵族叛乱，并于1572年6月，处死了诺福克公爵。
于是，英国与西班牙的矛盾更加尖锐。
由于腓力二世正在对土耳其人和荷兰人作战，所以一时间无暇顾及英国。
伊丽莎认为腓力的克制只是暂时的，一旦他腾出手来，就会设法剥夺她的王位。
因此，她着手加强英国的防御，开始重建一度曾被忽视的英国海军。
霍金斯奉命重建海军，他对战船和火炮进行了改革。
霍金斯设计的快速舰，取消了高耸的前后船楼和舰首的撞角，这种战船重量轻，航速快，机动性强，威力更大。
他还在战船上，安装了射程较远的长炮，又叫寇非林。
当时军舰上普遍使用的火炮有三种：加农、寇非林和皮里尔。
皮里尔是一种落伍的火炮。
它射程较短，且只能发射20磅的石弹。
加农和寇非林则是战船上的主要装备。
这两种火炮的特性如下表：加农口径为7.25英寸、弹重50磅、最小射程340米、最大射程2000米。
寇菲林口径为5.25英寸、弹重17磅、最小射程400、最大射程2500米。
西班牙人的战术目标为，先使敌船丧失战斗能力，然后再攀登上敌船进行白刃格斗，所以，船上多装备加农炮。
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