当地人请求妈祖解害，妈祖道：“灾害是人积恶所致，既然君主有意为民解害，我更是应当祈天赦佑。”于是焚香祷告，突然天开始起大风，并见云端有虬龙飞逝而去，天空晴朗了。
那一年百姓还获得了好收成，人们感激妈祖，地方官于是向君主为妈祖请功并准得到褒奖。
妈祖十六岁那年秋天的一天，其父兄驾船渡海北上之际，海上掀起狂风恶浪，船只遭损，情况危急。
这时妈祖在家织布，忽然闭上眼睛，使劲全力扶住织机，母亲见状，忙叫醒她，妈祖醒来时失手将梭掉在了地上，见梭掉在了地上，妈祖哭道：“父亲得救，哥哥死了！”
不久有人来报，情况属实。兄掉到海里后，妈祖陪着母亲驾船前去大海里寻找，突然发现有一群水族聚集在波涛汹涌的海面，众人十分担心，而妈祖知道是水族受命前来迎接她，这时海水变清，其兄尸体浮了上来，于是将尸体运回去。
此后每当妈祖诞辰之日，夜里鱼群环列湄屿之前，黎明才散去，而这一天也成为当地渔民的休船之日。
有一年，瘟疫盛行，官老爷全家也染上了疾病，有人告知他妈祖有解难之法力。
于是，官老爷亲自拜请妈祖，妈祖念他平时为官不坏，加上他是外来官，告诉他用菖莆九节煎水饮服，并将咒符贴在门口，官老爷回去后遵嘱施行，不日疾病痊愈。
有嘉应和嘉佑二怪，经常出没害民。有一天，一位船客遭怪物作怪，船将沉没。
妈祖见之即化作一货船，前去救难。
嘉佑见货船前来，立即来追货船。妈祖口念神咒，将其制服。
嘉佑当即叩首服罪，妈祖将其收入水阙仙班。为制服嘉应，妈祖施计，于山路独行，嘉应以为只是民间美女，便起歹心前来触犯，妈祖一挥尘拂，嘉应见之不妙逃去。
时隔一年，嘉应又出来为害百姓，妈祖说：“这个怪物不归正道，必然扰害人间。”于是叫村民带符焚香斋戒，自己则乘小舟，到海上出其不意，降服嘉应。妈祖也将嘉应收为水阙仙班一员。
妈祖十六岁的时候，有一次，与一群女伴出去游玩，当她对着井水照妆时，一位后面跟着一班仙人捧着一双铜符，拥井而上，把铜符授给她，一起玩得女伴们都吓跑了，而妈祖则接受铜符，并不怀疑。
妈祖接受铜符后，灵通变化，符咒避邪，法力日见神通，以至她常能神游，腾云渡海，救急救难，人们称她是“仙姑”，“龙女”。
妈祖父母二人多行善积德，父亲年四十多岁时，已生有一男五女，但担忧一子难保传宗接代，所以经常焚香祷告，想再生一个儿子。
这夫妇俩的虔诚感动了上天，一天晚上，慈航真人托梦给妈祖并对其说：“你家行善积德，今赐你一丸，服下当得慈济之赐。”不久其母便怀孕了。
十月后的一日傍晚，她分娩时，西北处一道貌岸然红光射入屋中，并伴有隆鸣之声，妈祖降生了。
因妈祖是女孩，父母非常失望，但妈祖生得奇异，因此十分疼爱。
妈祖从出生到满月，一声不哭，所以，其父母给她取名林默。
妈祖时年二十八岁，佳节的前一天，对家人说：“我心好清净，不愿居于凡尘世界。明天是佳节，想去爬山登高。预先和你们告别。”
家人都以为她要登高远眺，不知将要成仙。
第二天早上，妈祖焚香诵经之后，告别诸姐，一人直上湄峰最高处，这时，峰顶上浓云重重，妈祖化作一道白光冲入天空，乘风而去。
此后妈祖经常显灵显圣，护国佑民，救人危难，当地百姓感激她，在峰顶建起祠庙，虔诚供奉，据传祖庙后的摩崖“升天古迹”处就是妈祖飞天的地方。
妈祖在世时，当地有一座跨海石桥，是当地百姓南来北往的要道。
有一天，忽然怪风刮起，刮断了全部桥桩，一时交通断绝，人们无法过往。
百姓以为是风神所为，于是祈求妈祖解难。
妈祖到石桥处察看，见远处天空一道黑气，知道是有怪所为，于是施展灵术将怪驱逐远去，从此石桥通畅无害。
海上有一怪物叫晏公，时常在海上兴风作浪，弄翻船只。
有一天，妈祖驾船驶到东部大海，怪物又开始兴风作浪，妈祖乘坐的船只摇晃的非常厉害。
妈祖即令抛锚，见前方波涛中一舟上有一金冠绣袖、掀髯突睛之神在作怪。
妈祖不动声色，掀起狂风巨浪与之抗击，晏公害怕妈祖的神威，叩拜荡舟离去。
但怪物一时为法力所制有所不服，于是变成一条神龙，继续兴风作浪，妈祖说到：“此妖不除，风波不息”，在中游抛锚，制服神龙。
妈祖命令晏公统领水阙仙班，共有十八位护卫海上船民，后来晏公成为妈祖部下总管。
相传妈祖在世时，有一个地方出了一个妖怪，当地百姓受其害，染上百病，当地百姓前去求妈祖医治，妈祖给求治者一符咒，叮嘱百姓回去后，将符咒放于病人床头上。
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