新老兵合营、授旗结束之后，扩编后的湖广镇已经有了正规军的样子，接下来需要的便是大量严格而系统的训练，以及将来在战场上的磨练。
等到被编入各营和老兵一起训练时，新兵们才发现自己在前半个月的那些训练简直就是毛毛雨。在这里，不仅训练时间更长，强度也更大，要求也更严格。校场边上长期站着一队队手持皮鞭大棒的督导军士，虎视眈眈地看着训练中的官兵们。一旦有士兵出现动作不达标的情况或稍微表现出偷懒迹象，便会立刻被军官呵斥着揪出，然后交给场边的督导军士们进行鞭打。
在这种环境下，不少新兵都吃了亏。尤其是那些技术兵种，如炮兵和火枪兵，只要动作稍微出点差池便会倒大霉。关于这一点，炮营的新兵们感受最深。在他们的眼里，营官王大人还好一些，虽然在训练场上比较严厉，但好歹不会做得太出格，训练场下对大家也很关心。最可怕的是那个不知道从哪里来的，黄头发蓝眼睛、如同鬼魅般的彪形大汉，就好像是吃饱了撑得慌一样，成天变着法地折磨大家。推炮车、估算距离、装填弹药……只要谁有一点做得不合他的心意，他便会几脚踢来，一阵屋里哇啦的大骂，紧接着还会有其它的处罚。至于处罚的方式，就五花八门了，可能是光着身子背上实心炮弹沿着校场跑圈，也有可能是倒立等等。新兵们由于不知道那个鬼脸大汉究竟是什么品级，只是从老兵那里依稀得知他叫马什么奥，于是便在暗地里称他为“马阎王”。
在全体将士发奋训练的同时，庞岳又对军队的某些机构进行了调整。直接隶属于总兵官的参谋处、军情处分别改名为参谋司、情报司，并增设了督导司和医护司。
其中，情报司的最高长官依旧是总监，仍然由马元成担任，负责各个方向的情报搜集以及排查内奸等工作。
参谋司的最高长官为总参谋官，目前这一职务由副总兵张云礼兼任。参谋司的主要工作为协助军事主官负责分析各种情报，进行战前推演，制定作战计划等等。其具体机构设置，分为直接听命于总兵，战时跟随总兵一起行动的总司以及设立在各基层作战单位上的分司。其中，总司由总参谋官和三十名参谋组成。此外，在千总队和营两级单位上也设立分司和参谋官，千总队的参谋分司由参谋官和五名参谋组成，各营的参谋分司由参谋官和十名参谋组成，并且。各营、各队的参谋官直接由总参谋官进行提名后上报总兵进行任命或撤免，并分别享受与营副和队副同等的官衔以及待遇。
同时，总参谋官还有一项特殊的权力，便是在总兵和副总兵都无法指挥作战的情况下接管对全军的指挥权，可谓位高权重。
督导司的主要工作为监督军纪的执行、对触犯军纪的行为进行处罚、战时负责战果以及战功的记录、战后负责勋章的评定以及战后的抚恤工作，最高长官为总督导官，授游击衔。
经过庞岳于副总兵张云礼以及首席幕僚田世尊的一番商讨，第一任总督导官由原刚锋营营副史万春担任。史万春是北直隶人，也属于初跟随庞岳的那一批人，他三十五六的年纪，老成持重又颇讲究原则，无论在谁面前都只认死理，是担任这一职务的最佳人选。
督导司和参谋司一样，同样分为总司和下属各分司，而且下设机构和成员更多。总司由总督导官和若干文吏以及一百名督导官兵组成。此外，局以上作战机构设立督导分司和督导官。各局的督导分司由督导官、一名文吏以及四名督导军士组成；各司的督导分司由督导官、两名文吏和八名督导军士组成；各千总队的督导分司由督导官、三名文吏和二十名督导军士组成；各营的督导分司由督导官、六名文吏以及五十名督导军士组成。各分司的督导官同样由总督导官提名上报总兵进行任免。
医护司，顾名思义，当然是为了救治伤员而设置的机构。可以说，老兵是军队的财富，而那些从血雨中生还的老兵更是一支强军的基础。正是考虑到这一点，庞岳才决定成立医护司，将军中的随军郎中有效地组织起来，将来在战场上便可以挽救更多伤兵的性命。
医护司和参谋司、情报司不同，不属于军事机构，其最高管理人员（不称为最高长官）为总医官，由原赣州镇首席医官邹原海担任。医护司的主要工作场所为湖广镇下辖的野战医院，但同时在局以上的作战单位中同样派设随军郎中和经过救护训练的辅兵，并对其进行统一管理。虽然军中以前也有随军郎中，但却没有一个统一的管理机构，如今但有了医护司之后，应该能更有效地发挥战场救护作用。
除了设立参谋司、情报司、督导司、医护司等机构之外，庞岳还从军中选拔出骁勇善战、胆大心细的官兵成立了一个直接听命于自己的军事侦察单位——侦骑队。编制为一个司，最高指挥官为把总，下辖三百多军士都为骑兵，如果将来有条件，每人配双马甚至三匹战马。如遇战事，侦骑队则负责在大军行进、宿营时侦察行军路线和地形，以及担任外围警戒等工作。
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