至此，大势初定。太一以混沌钟镇压鸿蒙世界，登为天帝；女娲造化天地生灵，登为万灵之宗。
妖天巫地，分立族系】
而后女娲尊鸿钧法旨，捏土造人，人类开始繁衍。又创立妖教。为妖教教主，人道妖道，合为一体。东皇太一带领上古妖族，一部分为天庭，掌天，立有天条；一部分为下界子民。此时称为天皇年间。彼时，妖族为三界正统，东皇太一乃天庭至尊，其弟帝俊称为妖皇，共管妖族。但东皇忌惮女娲为圣，是以女娲不管妖皇之位。
六道轮回附近，鸿蒙开辟以来，生成了冥界地狱黄泉。又有一有幽冥血海，天生孕育了一个胎盘，后成冥河教祖，有大神通，演阿修罗一族，有四大弟子，为：自在天波旬、欲色天、大梵天、湿婆。自在天波旬又为阿修罗魔王，与其妻天妃乌摩育有七十二阿修罗公主。另有因陀罗、毗湿奴、鲁托罗、鬼母等。阿修罗一族吞噬六道轮回的生灵魂魄，增强自身实力。因巫族势大，阿修罗一族不出血海，潜心静修。而冥河老祖本欲效仿女娲造物，得取功德，反因造化了阿修罗一族而遭天谴。
十二祖巫掌管六道轮回，立有地规，六道轮回中的盘古精血随人类、妖族的轮回，附着于魂魄之上，再生出来，便有天生神通，是为大巫，形成巫族。
巫门一脉，无盘古元神烙印，空有无边法力，却不能参悟天机。是以先就性情缺失，断无人性，凶狠暴戾，不能立教。大巫无元神，祖巫却有，只是先天不足，以至不能成道。除非得三清圣人盘古元神烙印；或祖巫归一，聚集盘古真身，再以混沌钟力证。是以祖巫之间不合，混沌钟更在妖族手中，为巫妖之争种下因果。而大巫，虽无元神，但天生神通，法力高强，形成共工、祝融、强良、蓐收等许多部落。大巫有夸父、后羿、蚩尤、刑天等。
天庭中，太一为天帝，帝俊为妖皇，手下众多上古妖兽，都是肉身修炼，三百六十五路妖族大圣，分管周天星斗、日月更替，可借星力修炼，那星斗就是以此命名。东皇太一为因果纠缠，只得完过巫妖杀劫，以力证道。那星斗至尊太阳星，更是由自己十子三足金乌交替管理。妖皇帝俊又据后天之数，创两大守护阵法，一是周天星斗大阵，二是混元河洛大阵。鲲鹏祖师为天庭万妖之师，又有计蒙、英招、毕方、饕餮、鬼车、商羊等共十大妖神。
彼时，三清亦开门建派。老子创人教，尊为道德天尊。元始创伊始阐教，尊为元始天尊。通天创伊始截教，尊为灵宝天尊。三教皆将圣人道场立于昆仑山，只因洪荒缥缈，天命未到，三教未曾大势。而其中通天因遵守有教无类，门下一位乱收，使得元始圣人反感，渐生分歧，虽有老子和解，也绝难调停。最终三教分家，阐教独占昆仑山，通天率领众徒迁往金鳌岛，而老子则于大罗天自设道场，不问尘世。
洪荒第一大教仍为妖教。
至此，妖掌天庭，巫行人间。人族人教尚不成气候。
【巫妖大战，洪荒破碎】
人间界中，祖巫好战，共工与祝融不知何故在不周山大战，双双身殒，其间共工怒触不周山，天柱断，女娲补天。东皇十子犯过天条，东皇责罚轻，大巫夸父不满，行逐日之事，东皇十子杀夸父。大巫后羿大怒，举部落之力，加以巫族各种秘术，造箭射杀九只金乌。东皇第十子取夸父、后羿精气于一葫芦，是为斩仙飞刀。后在封神大劫时，东皇第十子化身为陆压道君，大放异彩。
由此，引起巫妖大战。巫族有剩余十祖巫，妖族有东皇太一凭借周天星斗大阵和混元河洛大阵守护天庭。女娲由于身为圣人，不可逆了天数，又碍于与玄冥后土两女交好，故未插手妖巫之争。其中，帝江遭仙道围攻而殒。妖族天庭本以为胜券在握，却因妖师鲲鹏早与太一、帝俊不和，于摆阵决战时握河图洛书脱逃，独自回北海隐居，而群妖大坏。
经此一战，其余祖巫殒尽，玄冥修为最强，与太一同归于尽，妖巫俱殒。若干上古妖族身亡，剩余有的躲藏起来，有的归附通天教主所创截教。巫妖两族由此势弱。祖巫后土存活于世，她见尘世纷乱，忽然生了怜悯之心，便身化轮回，永掌冥界，得大功德。妖教娲皇兄长羲皇丧命巫妖之战，不久重生为人，即为伏羲。
巫妖一战，洪荒（即人间界）泯灭，碎片化成太虚星空、人间地球，因地域狭小，诸天修士迁移地仙界。
【人巫大战，人教大兴】
此后人教、阐教、截教兴起。接引道人演沙门，立西方教，发四十八大宏愿，天降功德证道。自此，接引非大事不出西方以还大愿，准提奔走四方广收有缘。接引道人即为佛主阿弥陀佛，准提道人则为佛母菩提祖师。女娲的妖教则随巫妖大战泯灭。
三清继承盘古元神，又因座下大弟子名号，是为亲传弟子，三清各自所创的人教、阐教、截教合在一起称为盘古正宗，也称玄门，后统称道教。其中，人教宣扬清静无为之思想，多次为人间帝王之师；阐教主张阐明道统，修身养性已成仙了道；截教以截取一线生机为目标，有教无类，广受门徒。三教中截教势力最盛。
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