《太平经》则记载有一个叫PY的道士，会稽王司马昱曾请他作法求嗣，当天中夜有黄气起自西南，远远坠入室内，随后李陵容怀上了司马曜。
《真诰》卷八《甄命授》则记载升平五年（361年）六月二十三日司马昱求嗣时，一连有四位真人降诰，其中紫薇夫人所作之诰是：“灵草荫玄方，仰感旋曜精。洗洗繁茂萌，重德必克昌。”后来孝武帝之名“曜”及字“昌明”，均见于紫薇夫人诗中。
拒绝哭临
简文帝司马昱驾崩后，十一岁的司马曜登基。当时还在为简文帝服丧，司马曜到晚上却仍不哭临，左右禀告：“按惯例该哭临了。”司马曜说：“哀痛到位了自然会哭，哪有什么惯例可言！”
精于玄理
司马曜“幼称聪悟”，《世说新语》将他的事迹列入“夙慧”目下，记载司马曜十三、四岁的时候，正值冬天，他白天不穿夹衣，只穿着五六层的绢衣，晚上却盖着两床被子。谢安劝谏道：“圣上应该让自己的身体保持规律，现在白天过冷，晚上过热，恐怕不是养生的办法。”司马曜只回答道：“昼动夜静。”谢安出来后赞叹道：“圣上对玄理的掌握不比先帝差啊！”
杯酒劝星
司马曜嗜酒如命，常为“长夜之饮”。太元末年，天空出现长星，司马曜认为这是凶兆，非常厌恶，晚上在华林园喝酒解闷，向天举杯说道：“长星，劝尔一杯酒！自古何时有万岁天子？”刘孝标注《世说新语》则认为此星为蓬星，非长星。
宠信僧尼
孝武帝与其弟司马道子都信奉佛教，许多僧尼出入宫禁，备受宠信，史称“姏姆尼僧，尤为亲昵，并窃弄其权”。最着名的是比丘尼支妙音，她“权倾一朝，威行内外”，太元十七年（392年）十月，荆州刺史王忱病死，孝武帝欲趁机以自己心腹王恭接任，借以牵制司马道子的势力。当时桓玄以南郡公居于荆州，他虽然对王忱不满，但也惧怕王恭，遂派人入京贿赂妙音尼，让孝武帝任命被视为“弱才”的黄门侍郎殷仲堪当荆州刺史，果然孝武帝听从妙音尼的意见，以殷仲堪出刺荆州，从此事足见僧尼对孝武帝时东晋朝政的影响力。
异国献佛
孝武帝司马曜崇尚佛教的名声远播异域，师子国（今斯里兰卡）王听说后派沙门昙摩向孝武帝进贡玉佛，途中历经十多年，抵达中国时已是安帝义熙年间。据说此玉佛像巧夺天工，“高四尺二寸，玉色洁润，形制殊特，殆非人工”，被世人视为“三绝”之一。
个人作品
孝武帝司马曜生逢东晋书法艺术兴盛之时，他本人也是一位书法家，擅长行草书。唐人评价其书法说：“真率孝武，不规不矩。气有余高，体无所主。若露滋蔓草，风送骤雨。”宋代《淳化阁帖》收录了他的《谯王帖》，但只残存了首行，这也是孝武帝唯一传世的书法作品。
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