原来，公司为了破解外星武器，竟然一直偷偷用虾仁进行活体实验。接下来，他们要在博士彻底变异前，在他的身上也进行各种测试。
博士现在的情况从未见过，这是两个物种基因的神奇结合。在接下来的外星武器测试中博士更是受尽了折磨，人们用电击的方式来强迫他开枪，并且还把虾仁当做火把。即便是博士苦苦哀求，最终也没有挽救杀人的性命。
看着测试结果如此成功，身为高层的岳父也非常高兴，因为博士现在的身体就是打开外星武器的钥匙，接下来也是最后的实验。
为了在博士完全变异前获取基因，他们现在要将博士进行活体解剖，就在医生准备动手的时候，强烈的求生欲也让博士选择了反抗。
由于现场没有战斗人员，博士很快就冲出了实验室，公司立即就派出雇佣兵进行追击。他只有在荒郊野岭里四处躲，可是公司的追兵无处不在，并且为了能尽快抓住博士，公司还将博士列位的全程通缉对象。
他们对普通民众宣称，博士和家人发生过不可描述的关系，他身体已经开始变异并具有传染性。周围的市民听闻后，立即避而远之，最终博士只有再次来到了第九区。
此时他的身体疲惫不堪，随便找到一处废墟就开始睡觉。到了白天，他又四处捡垃圾来填保护。可是这根本就不能让博士1吃饱，于是他只有和其他的虾仁一样，来到黑帮这里换取食物。他现在也爱上了猫粮罐头的味道。
可是吃着吃着，博士就感觉到不对，原来是他的牙齿也已经开始脱落了，眼看自己的情况越发严重，博士准备砍掉变异的手臂，这也许可以阻止变异的继续。可是他在一阵思考之后，最终决定还是先砍掉一根手指，一斧头下去。
博士疼的大声哀嚎，就在他准备继续的时候，几架巡逻机也刚好经过附近。博士只有先找个地方进行躲避，没想到机缘巧合之下，他竟然又进入了大虾的房间，看着外面来回盘旋的直升机，他恳求大虾能救救自己。
就在大虾拒绝的时候，博士这时也发现，这屋内竟然有着大量的先进武器，博士立即就想要上前一探究竟。
可是紧接着他又晕倒在地，等到博士重新醒来，他已经来到了一处地下空间。原来这就是当年消失的外星母舰指挥舱，想要尽快回家的小瞎仁无意间说出了逃离地球的计划。本来他们都已经成功，没想到博士拿走了，他们筹集了20年的人。
这时候大虾告诉博士，只要他能够重新回到民间，上面的医疗设备可以帮男主治好手臂。大虾劝说男主帮他一起夺回原谅，可是博士却犹豫不决。
到了晚上，他的变异已经延伸到了胸口和后背，并且这时他也接到了妻子的电话，听着妻子不断哭泣的声音，博士最终决定冒险取回原谅。
然而，此时他们还不知道两人的通话一直都被公司监听，他们已经成功定位到了博士的位置。第二天一早，博士就来到黑帮，准备购买一些武器，没想到首领对他的钱不感兴趣，他更对博士的变异充满好奇，说着便命令手下砍掉博士的手臂。
危机时刻，他无意间触摸到了外星武器，其体内的吓人基因立即就将武器击毁，强大的威力瞬间将周围的小弟解决。首领看见后，却丝毫不觉，这就是他一直梦寐以求的能力。最后在外星武器的威慑下，博士成功的逃离了现场。
与此同时，雇佣兵也根据定位找到了目的。可是他们没有想到，博士已经带着大家来到了实验基地，他们在基地里一路横冲直撞，两人很快就冲进了实验室。
随后，博士找到了燃料，就在他准备撤离的时候，大虾却看见了实验室里的其他场景。这里到处都是被自己杀害的虾仁。面对这残忍的画面，大家顿时陷入了悲痛之中。
这时候保安也已经赶到了，这博士一边抵挡，一边劝说大侠。这句话终于唤醒了大侠，他们使用炸弹直接炸开墙壁，然后抢了一辆汽车，便连忙逃回了第九区。
这时候，博士大侠返回母舰后，要多久才能将它治好。大虾却称需要等三年的时间。原来大家在看见实验室的一切后，他决定必须要先拯救自己的同类。不然地球上的虾仁都会被当成实验品。
博士后大发雷霆，他随即一棍子就将大虾打晕，随后他拿着燃料就冲进了指挥舱。这时小虾仁还不知道外面的情况。
博士的帮助下，成功操控着指挥舱起飞。他现在要自己前往母舰，没想到这时雇佣兵也追到了这里。他们先是抓住了大侠，随后一颗导弹瞬间就将指挥舱击落，博士当场活捉，可是雇佣兵却没有出门，在这里还有一只小虾仁躲在暗处。而雇佣兵所做的一切，也被附近的黑帮首领看在眼里，就在博士被运往总部的路上，首领带着，手下就杀了出来。
虽然他们的装备比较落后，可是凭借着人数上的优势。很快就将雇佣兵打的节节败退。随后众小弟一拥而上，他们将博士了手里面去，现在就要得到变异的方法，而在另一边之前，躲过一劫的小虾仁也再次出现在他的操作下，一直悬浮在空中的外星母舰被成功击毁。
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