起初，孔有德对待这些被俘虏南明遗老还敬如座上宾，但后来因截获瞿式耜暗约焦琏攻城的密檄后，便将瞿、张二人处死于桂林风洞山仙鹤岭下，而“靖江王”朱亨歅则在西门外的民房中被孔有德命人缢死。
孔有德在随后一年时间中，几乎占领了广西全境。顺治九年（西元1652年），南明“西宁王”李定国率东路军收复湖南大部，并南下广西，直趋桂林。同年六月，清朝“定南王”孔有德亲自率军前往桂北兴安县“严关”扼险拒守。但是，南明军却以象阵大破清军，不仅取得“严关之战”的胜利，而且还穷追不舍继续打。
孔有德狼狈奔回桂林，并下令紧闭城门，惶惶不可终日。随后，南明李定国乘胜追至桂林，将城包围。至七月初四，南明军登云梯攻城，而孔有德额头已中一箭，自知走投无路，便令其妻妾们上吊自杀。
也有人说孔有德担心自己的妻妾们会在自己死后被南明军霸占凌辱而失节，让自己“戴绿帽子”，于是便拔剑能将妻妾们都亲手杀死了，然后自己在王府中纵火，并北向再拜清廷，最后自刎而死，也不投降。
其子孔廷训在逃跑过程中被明军俘获，仅有一女孔四贞成功逃脱。清朝顺治帝听说了孔有德的死讯后，赐谥号“武壮”。两年后，其女孔四贞奉其父遗骸还京，而顺治帝则命“三品”以上大臣郊迎，给予厚葬。
孔有德之子孔廷训在顺治十五年（西元1659年）被南明李定国下令处斩，导致孔有德绝嗣。其女孔四贞则被清朝孝庄太后收为养女，受封“和硕格格”。由于孔四贞出身将门，随父军中，导致从小性情刚烈。
后来，她以“大清公主”身份下嫁给孙延龄后，在丈夫面前趾高气扬，令丈夫心生怨怼。但孙延龄心机颇深，最初对孔四贞百般恭敬，而孔四贞在得到“爱情滋润”后遂为他在宫廷游说，更让孙延龄得宠朝中。
康熙四年（西元1665年），孙延龄怂恿孔四贞请求朝廷准许他们“就食广西”，得到了康熙帝的批准。
后来，孙延龄夫妇举家南下，但“山高皇帝远”。于是，孙延龄便渐次排挤了孔四贞，夫妻感情恶化。
“三藩之乱”爆发后，孙延龄首鼠两端，终被吴世琮所杀。后来，吴三桂把孔四贞接到云南，以为他笼络原定南王的部属，但事实上却形同软禁，因为孔四贞思想太简单，丝毫没有一点厚脸心黑的官场属性。
孔四贞被迫待在昆明八年，直到“三藩之乱”被平定后，她才得以辗转返回京师，但晚景却非常凄凉。
传说孔四贞死后葬在今北京的“公主坟”，于是该地乃因此得名。但终归道听途说，已考证此说不实。
言归正传，孙元化的人生结局跟武之望的也大同小异，因为他们不擅长工于心计，甚至做不到厚脸心黑，几乎完全不懂“官场变通”，即便在搞科学技术方面很牛，但在官场危机到来时束手无策，注定凄惨。
孙元化被杀时只有51岁，对于科学家来说，这算是年富力强的年龄，却死得相当可惜。以上是两位明末时期比较着名的科学家式的官员，做官把自己作死的基本情况，却远不如孔有德、孙延龄等厚黑高手。
还有如宋应星、方以智这样的科学家类型的明朝官员，好不容易挨到晚年，干脆老老实实离开官场，甚至不愿在清朝做官，只做一心研究的科学家。他们的人生结局虽也在郁闷中度过，但至少能有个善终。
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