公元1368年，明朝取代元朝，采用收缴元朝旧敕旧印，换发明朝新敕新印的形式和平过渡，继承了对西藏地方的国家主权。明朝没有沿用元朝的职官制度，而是建立了一套别具特色的僧官封授制度。各地有代表性的政教首领人物，明朝均赐封以不同的名号，颁给他们印章和封号，命其管理各自的地方，其职位的承袭须经皇帝批准，皆可直通名号于天子。公元1644年，清朝定都北京，进而统一中国。清朝循历史定例在西藏行使主权，只要前朝所封官员进送旧朝印信，即改授新朝印信，其原有地位不变。1652年，藏传佛教格鲁派五世达赖喇嘛应召到北京觐见清世祖顺治皇帝，次年受到清朝正式册封；后来，五世班禅又受到康熙皇帝的册封。达赖喇嘛和班禅额尔德尼的封号和他们在西藏的政治宗教地位由此被正式确立，此后历世达赖、班禅须经中央政府册封遂成定制。1727年，雍正皇帝正式设立驻藏大臣处理西藏事务。1912年7月，民国政府设立管理蒙藏事务的中央机构——蒙藏事务局（1914年5月改称蒙藏院），并任命中央驻藏办事长官，直属国务总理，例行清朝驻藏大臣职权。1929年蒙藏院改制为蒙藏委员会。
这次的西藏大捷给全国的民众都带来欢快的声音，还有很多地区要求南京政府和江西的那帮人和谈共同抗击日寇，收复大好的河山。
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