（一）门阀势力膨胀
在“虞晃案”中，激烈争斗的双方分别是以朱詹、虞晃为代表的寒门人士和以冉垕、冉由为代表的门阀人士，最终门阀人士依靠其强大的势力，取得了胜利，首先将寒门出身的并州刺史虞晃罢免。此后，在“虞晃案”中取得胜利的门阀人士乘胜追击，进一步在朝堂之上排挤朱詹：
（高隆五年）六月，詹又上策以为：“今鞑靼、瓦剌寇掠北疆，谷浑、特蕃骚扰西境，边关有烽火之警，塞民受劫盗之危，此今之大害也。臣以为，当于边地广开屯田，移民实塞，此可以使边塞之兵卒，不必万里运粮，且讲武黔首，使胡虏不能因隙扰犯，彼进不能克捷，退受我趋击，必当困顿绝心，降伏认罪。再密置烽火，多调强兵，重边关之防御，任善战之能臣，且设方略以间胡，使德我者来臣，畔我者孑孤，以是足以惩恶扬善，褒良剿贼，华夷可为一家，南北不动锋锐，此永绝后患也。”户部尚书薛臻驳之，以为鞑靼不足为患，瓦剌常怀教化，边疆无忧，诸重臣尽然之，事遂寝。詹既不能保虞晃，策复不受听，遂忧愤，屡乞骸骨，帝皆不许。?
此处与薛臻站在一边的“诸重臣”，无疑应当包括当时控制诸部尚书的门阀人士。最终，在高隆六年，以冉垕、严南为代表的门阀人士联合起来，发动了最后的进攻，将朱詹弹劾下台：
（高隆）六年二月，礼部尚书严南上书称尚书台令朱詹尸位素餐，乞免之。御史台令冉垕又以其多失法度于堂上，劾之。三月，诏免詹，詹遂还家，忧苦悲愤，闭门不出。?
朱詹被弹劾免官之后，另一位寒门人士的代表杨运也被弹劾下台：
六年，有司奏运与朱詹有结党之嫌，遂免官还乡。运不堪恚怒，七年病卒，时年五十。?
总之，可以看到，随着“虞晃案”的爆发与结束，寒门人士与门阀人士的争斗急剧白热化，而门阀人士依靠其在朝堂上总体而言占优势的力量，最终将寒门人士的两个代表——朱詹与杨运排挤出朝堂。此后，门阀势力再次垄断了尚书台与中书台的高级官职，而秦穆宗也转而沉迷于享乐之中，无心再对门阀势力进行抑制，于是门阀人士在击败了对手寒门人士之后，势力极度膨胀，这是“虞晃案”的一个极为重要的间接影响。
（二）北境边防废弛
“虞晃案”之后，具有军事才能的寒门人士并州刺史虞晃被免官，门阀人士冉由被任命为新的并州刺史。然而，冉由并非将材，其在并州刺史任上，并未关心东秦的北境边防，而是只顾敛财，最终导致东秦北境的边防极度废弛：
垕又讽群臣，使由补为并州刺史。时由年方二十四，三四年间，自郡尉得为岳牧，天下惊骇。由既临州，索赂贪赃，巧取豪夺，家资遂以亿万计数，而布衣苦之。又专务产业，不事兵防，以是边境居民，屡为鞑靼所略。鞑靼寇犯，由弃州南逃，以是并北诸郡，一时沦陷，朝廷时务抗胡，不遑治之。永皇二年，免由刺史，收付廷尉，以失职丧地，禁锢终身。?
对于这一点，身处当时的鞑靼首领莫佩他的感受最为直接：
七十：莫佩他既为虞并州所破，颇惮畏之。虞并州既免官废诎，事闻于莫佩他，其方在马上狩猎，闻而仰首狂喜大笑，至于坠马，左右急扶其起，问“可汗无恙？”莫佩他对曰：“秦免虞晃，是亲掘坟墓，自毁长城。我今虽坠马，无碍也，而彼将坠者，其社稷江山也！此岂天助我乎？秦可灭矣！”?
莫佩他在得知虞晃被免官之后，直言东秦是在“亲掘坟墓，自毁长城”，并认为“彼将坠者，其社稷江山也”、“秦可灭矣”，足可见虞晃被免官对于当时东秦北境边防的影响。总之，“虞晃案”之后，东秦北境（尤其是并州地区）边防极度废弛，这是“虞晃案”的另一个间接影响。
（三）小结
综上，除虞晃被免官、冉由担任新一任并州刺史这一直接影响外，“虞晃案”还对东秦造成了门阀势力膨胀和北境边防废弛等间接影响。而在后世史家看来，门阀势力膨胀后的朝政腐败堕落与北境边防的极度废弛，是东秦王朝最终灭亡的两个重要原因：
史臣曰：穆宗之时，门阀堕落，赖其资第，坐至公卿。邓灼虚静，尚不为愆；至于冉垕、薛楚，结党排贰，进同弹异，爱私者擢拔，忌恨者黜抑，遂使纲纪混乱，政序衰颓，东都之浸羸，此辈不能辞责也！?
爰及穆宗成皇帝，留心犬马之事，肆意山水之间，怨讟兴于黔首，边防弛乎鄣塞。降及熹宗灵皇帝失御戎旅，崩弑行阵，鞑靼间隙，寇虐神洲，河北罹其荼毒，山东婴厥祸难。?
（都云令注曰：）呜呼，以臣观之，光宗溘然登遐，捐弃烝庶，穆皇奉纂，默然垂拱。而门阀世族，玩珪金銮；骄藩强岳，裂土分疆；豪强庄主，侵贫兼弱；鄣塞边亭，弥废寖弛。以光宗之神资，禀旷代之权略，尚能条理中外，承平朝野；俟穆宗之怠倦，逢熹宗之颠覆，遂罹倒悬陆沉，人危披发。?
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